More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5370 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5370  peptidase M23B  100 
 
 		 298 aa  600  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531415 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5323  M24/M37 family peptidase  98.66 
 
 		 298 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0259905 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5231  peptidase M23B  97.32 
 
 		 298 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.347786  normal  0.103229 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0151  peptidase M23B  73.99 
 
 		 300 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5035  peptidase M23B  58.39 
 
 		 300 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.112753 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5609  peptidase M23B  57.14 
 
 		 298 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0185  peptidase M23B  56.71 
 
 		 298 aa  333  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70780  hypothetical protein  60.51 
 
 		 299 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.848669 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6142  hypothetical protein  60.51 
 
 		 299 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5480  peptidase, M23/M37 family  59.02 
 
 		 268 aa  305  6e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48550  peptidase M23B family protein  49.84 
 
 		 319 aa  295  6e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1475  metalloendopeptidase-like membrane protein  36.08 
 
 		 309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01679  peptidase  47.33 
 
 		 281 aa  135  6.0000000000000005e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1247  M23/37 family peptidase  31.16 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1987  peptidase  36.82 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1916  peptidase M23  36.36 
 
 		 290 aa  125  7e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.636111  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3052  Peptidase M23  37.34 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.346381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1689  peptidase M23B  41.83 
 
 		 261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.708737  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03923  peptidase M23B  49.56 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0458107  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11888  hypothetical protein  36.91 
 
 		 277 aa  91.3  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.298179  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0598  peptidoglycan-binding LysM  45.79 
 
 		 590 aa  83.2  0.000000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  unclonable  0.0000000000165223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4756  peptidase M23B  50 
 
 		 333 aa  82.4  0.000000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0919319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0652  Peptidase M23  40.31 
 
 		 198 aa  80.9  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00716754  normal  0.0927 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0633  Peptidase M23  40.31 
 
 		 198 aa  80.5  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0237  peptidase M23B  45.05 
 
 		 824 aa  80.5  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130715 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  46.15 
 
 		 274 aa  80.1  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2270  Peptidase M23  48.39 
 
 		 727 aa  80.1  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000539525  unclonable  0.00000000807187 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2207  Peptidase M23  48.39 
 
 		 727 aa  80.1  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4631  Peptidase M23  46.15 
 
 		 195 aa  79  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05623  hypothetical protein  35.14 
 
 		 328 aa  79  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5120  Peptidase M23  41.96 
 
 		 288 aa  78.2  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1864  peptidase M23B  48.39 
 
 		 351 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.102724 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4572  peptidase M23B  35.14 
 
 		 995 aa  77.8  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.109216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3195  peptidoglycan-binding LysM  47.31 
 
 		 754 aa  77.4  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000999045  decreased coverage  0.00000682898 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2089  Peptidase M23  45.56 
 
 		 751 aa  77  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000016694 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4871  peptidase M23B  49.46 
 
 		 348 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.289392  normal  0.856578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2270  peptidase M23  37.86 
 
 		 494 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0701101  normal  0.561142 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2213  Peptidase M23  46.24 
 
 		 457 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.987255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04900  metalloendopeptidase-like membrane protein  46.46 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2817  peptidase M23B  42.99 
 
 		 339 aa  74.3  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0656  peptidase M23B  44.57 
 
 		 490 aa  74.3  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.45264  normal  0.700073 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0198  tagE protein  43.14 
 
 		 313 aa  72.8  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2324  metalloendopeptidase-like membrane protein  38.66 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.37146e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1134  peptidase M23B  39.84 
 
 		 550 aa  72.8  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.0000017693  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6574  peptidase M23B  38.68 
 
 		 501 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189098  normal  0.018456 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2272  peptidase M23B  30.06 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6511  Peptidase M23  40.82 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7396  Peptidase M23  38.68 
 
 		 537 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128641  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2233  peptidase M23B  30.06 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.467623  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2837  Peptidase M23  38.32 
 
 		 424 aa  72.8  0.000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000204146  normal  0.0350761 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2633  Peptidase M23  40.95 
 
 		 348 aa  72.4  0.000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1230  M24/M37 family peptidase  36.9 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.448984  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000457  peptidase M23  36.28 
 
 		 325 aa  72  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0060  hypothetical protein  40 
 
 		 430 aa  71.6  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  5.86289e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1341  Peptidase M23  37.31 
 
 		 417 aa  71.6  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.734958 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1006  Peptidase M23  31.58 
 
 		 324 aa  72  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0770  peptidase M23B  40.86 
 
 		 533 aa  71.6  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_31778  predicted protein  29.73 
 
 		 361 aa  71.6  0.00000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0798  peptidase M23B  45.36 
 
 		 352 aa  72  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5378  peptidase M23B  42.11 
 
 		 339 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0190  Peptidase M23  42.45 
 
 		 582 aa  71.2  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5984  peptidase M23B  41.59 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0310033  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4601  Peptidase M23  36.89 
 
 		 455 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0813649  normal  0.686442 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2660  Peptidase M23  37.93 
 
 		 245 aa  71.2  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3541  peptidase M23B  40 
 
 		 527 aa  71.6  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59745  normal  0.860043 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2529  peptidase M23B  37.8 
 
 		 445 aa  71.2  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.073989 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2938  M24/M37 family peptidase  45.1 
 
 		 350 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2621  M24/M37 family peptidase  45.1 
 
 		 350 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001076  tagE protein  40.35 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.107425  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1270  Peptidase M23  35.46 
 
 		 341 aa  71.6  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.71077  normal  0.529077 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4231  peptidase M23B  36.89 
 
 		 451 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3964  Peptidase M23  45.16 
 
 		 376 aa  70.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000173675  hitchhiker  0.00000000427958 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1754  peptidase M23B  43.01 
 
 		 569 aa  70.9  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598264 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4750  Peptidase M23  36.19 
 
 		 446 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.282212 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4765  peptidase M23B  31.63 
 
 		 420 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.467777 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1596  peptidase M23B  31.63 
 
 		 400 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.559907  normal  0.338058 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4533  Peptidase M23  35.43 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2623  Peptidase M23  38.17 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4328  peptidase M23B  45.56 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2141  hypothetical protein  39.47 
 
 		 486 aa  70.5  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.0000028881  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4414  peptidase M23B  45.56 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.307323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4708  peptidase M23B  45.56 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01827  predicted peptidase  38.94 
 
 		 419 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000774309  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1784  Peptidase M23  38.94 
 
 		 440 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000497391  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33100  metalloendopeptidase-like membrane protein  38.76 
 
 		 326 aa  70.5  0.00000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.718817 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2592  hypothetical protein  38.94 
 
 		 440 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000737786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0952  hypothetical protein  38.94 
 
 		 440 aa  70.1  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000381632  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1795  peptidase M23B  36.08 
 
 		 449 aa  70.1  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.792228  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1776  hypothetical protein  38.94 
 
 		 440 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000317074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1140  peptidase M23B  31.63 
 
 		 421 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1949  hypothetical protein  38.94 
 
 		 440 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0407362  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2086  hypothetical protein  38.94 
 
 		 440 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000391864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1620  peptidase M23B  31.63 
 
 		 421 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0514  M24/M37 family peptidase  44.09 
 
 		 386 aa  70.1  0.00000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000380878  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2699  peptidase M23  38.83 
 
 		 500 aa  70.1  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349979  normal  0.95229 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01815  hypothetical protein  38.94 
 
 		 440 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1330  hypothetical protein  38.94 
 
 		 440 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0147983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2772  hypothetical protein  39.82 
 
 		 440 aa  70.1  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000802583  hitchhiker  0.00694213 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2030  Peptidase M23  34.41 
 
 		 470 aa  69.7  0.00000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1105  M24/M37 family peptidase  36.31 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>