106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5286 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5286  frataxin-like protein  100 
 
 
110 aa  221  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5225  frataxin-like protein  97.27 
 
 
110 aa  215  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.531989  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5134  frataxin-like protein  97.27 
 
 
110 aa  215  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.42123  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0247  frataxin-like protein  94.55 
 
 
110 aa  211  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.568122  normal  0.591263 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0227  cyaY protein  76.36 
 
 
110 aa  179  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0180  frataxin-like protein  77.27 
 
 
110 aa  179  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5496  frataxin-like protein  77.78 
 
 
110 aa  174  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0269  frataxin-like protein  71.82 
 
 
110 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47670  frataxin-like protein  62.73 
 
 
110 aa  151  4e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6018  frataxin-like protein  60.95 
 
 
108 aa  136  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.507932  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69640  frataxin-like protein  61.32 
 
 
111 aa  124  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.735787  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002108  frataxin CyaY  42.86 
 
 
104 aa  94.7  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0181  iron donor protein CyaY  36.11 
 
 
106 aa  91.7  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.116047  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00312  frataxin-like protein  40.95 
 
 
104 aa  90.5  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4270  frataxin-like protein  40.19 
 
 
106 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4222  frataxin-like protein  41.12 
 
 
106 aa  90.5  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4329  frataxin-like protein  41.12 
 
 
106 aa  90.1  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0124  frataxin-like protein  45.78 
 
 
104 aa  89.7  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2396  frataxin-like protein  39.05 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.438011  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0230  iron donor protein CyaY  36.45 
 
 
106 aa  87  7e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0193492  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4153  frataxin-like protein  39.25 
 
 
106 aa  87  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4028  frataxin-like protein  38.32 
 
 
106 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3977  frataxin-like protein  37.04 
 
 
106 aa  85.5  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.114453  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4168  frataxin-like protein  37.04 
 
 
106 aa  82.8  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0203998  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0203  frataxin-like protein  35.78 
 
 
107 aa  82.4  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.59151  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4170  frataxin-like protein  41.12 
 
 
106 aa  81.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.120152  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0539  frataxin-like protein  35.51 
 
 
106 aa  80.9  0.000000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4013  frataxin-like protein  35.51 
 
 
106 aa  80.5  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814357  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3985  frataxin-like protein  38.32 
 
 
107 aa  78.2  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0375  frataxin family protein  35.45 
 
 
109 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5245  frataxin-like protein  38.32 
 
 
106 aa  77.8  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03682  frataxin-like protein  38.32 
 
 
106 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.166664  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4172  iron donor protein CyaY  38.32 
 
 
106 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0793818  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4322  frataxin-like protein  38.32 
 
 
106 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4200  frataxin-like protein  38.32 
 
 
106 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.446633  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4172  frataxin-like protein  38.32 
 
 
106 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0115981 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4266  frataxin-like protein  38.32 
 
 
106 aa  77.4  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03631  hypothetical protein  38.32 
 
 
106 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.190762  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0042  frataxin family protein  33.64 
 
 
105 aa  75.9  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.175622  hitchhiker  0.00555697 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0180  frataxin-like protein  34.58 
 
 
106 aa  74.3  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1138  iron donor protein CyaY  40 
 
 
110 aa  72.8  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.280189  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0442  frataxin family protein  37.65 
 
 
111 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0389  frataxin-like protein  31.19 
 
 
111 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0320  frataxin family protein  35.56 
 
 
124 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3252  CyaY protein  34.83 
 
 
110 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.684977 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0670  frataxin family protein  34.02 
 
 
116 aa  69.7  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.211669  normal  0.139029 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3998  frataxin family protein  31.53 
 
 
109 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3976  frataxin family protein  31.53 
 
 
109 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4092  frataxin family protein  31.53 
 
 
109 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0393834 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0485  iron donor protein CyaY  35.96 
 
 
109 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.184241  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3899  iron donor protein CyaY  31.53 
 
 
109 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.14365 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3585  frataxin family protein  31.53 
 
 
109 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2908  frataxin-like protein  33.65 
 
 
128 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00590139 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4131  frataxin family protein  33.71 
 
 
109 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.86894 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0346  frataxin-like  32.53 
 
 
108 aa  66.2  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.961592  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0390  frataxin family protein  29.73 
 
 
109 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3636  frataxin family protein  29.73 
 
 
109 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.968946  normal  0.703584 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0388  frataxin family protein  29.73 
 
 
109 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.867162  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5583  iron donor protein CyaY  32.99 
 
 
112 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4311  cyay protein  37.35 
 
 
107 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3115  CyaY protein  33.64 
 
 
121 aa  65.5  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.104076 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1194  iron donor protein CyaY  40.26 
 
 
107 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.983196  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0779  frataxin-like  28.18 
 
 
116 aa  64.7  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3255  frataxin-like protein  32.69 
 
 
114 aa  65.1  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3409  iron donor protein CyaY  32.43 
 
 
128 aa  64.3  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000205462 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1712  frataxin-like protein  29.52 
 
 
102 aa  63.5  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.663673  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0832  iron donor protein CyaY  31.73 
 
 
108 aa  62.4  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2977  frataxin-like protein  33.65 
 
 
113 aa  62  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2917  frataxin-like  29.29 
 
 
109 aa  61.6  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.344873  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0075  cyaY protein  28.16 
 
 
106 aa  60.8  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0227  CyaY protein  34.29 
 
 
116 aa  60.8  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0697  iron donor protein CyaY  30.1 
 
 
109 aa  60.5  0.000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0728  frataxin family protein  30.1 
 
 
109 aa  60.5  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.492597  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2800  frataxin-like protein  33.8 
 
 
105 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0353  frataxin-like protein  28.3 
 
 
105 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00838228 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3604  frataxin-like protein  28.57 
 
 
105 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0010997  hitchhiker  0.000000104783 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0889  iron donor protein CyaY  35.71 
 
 
107 aa  59.3  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.923629 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0287  frataxin-like protein  32.43 
 
 
108 aa  57  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.105821  normal  0.61824 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3485  frataxin-like protein  31.08 
 
 
109 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2721  frataxin-like protein  32.35 
 
 
108 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0305  frataxin-like protein  37.74 
 
 
108 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0386  frataxin-like protein  32.35 
 
 
108 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0994  frataxin family protein  30.93 
 
 
110 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0024  frataxin family protein  29.9 
 
 
109 aa  55.8  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0365  frataxin-like protein  32.35 
 
 
108 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.445482  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0314  frataxin-like protein  37.74 
 
 
108 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2754  frataxin-like protein  28.74 
 
 
108 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3735  frataxin-like protein  28.74 
 
 
108 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.571505  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3030  frataxin-like protein  28.74 
 
 
108 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3199  frataxin-like protein  28.74 
 
 
108 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.778991  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1895  frataxin-like protein  28.74 
 
 
108 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.89819  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3706  frataxin-like protein  28.74 
 
 
108 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3764  frataxin-like protein  28.74 
 
 
108 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351658  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3449  frataxin-like protein  28.74 
 
 
108 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3137  frataxin-like protein  38.81 
 
 
111 aa  52.8  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0084  iron donor protein CyaY  32.95 
 
 
125 aa  52.4  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00107695 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0691  CyaY protein  31.52 
 
 
109 aa  49.7  0.00001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.218617  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2685  hypothetical protein  25.24 
 
 
110 aa  49.7  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.700369  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30187  predicted protein  30.69 
 
 
167 aa  49.3  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0208  frataxin-like  27.88 
 
 
105 aa  48.5  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>