182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5083 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_5033  urocanate hydratase  99.64 
 
 
557 aa  1150    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1000  urocanate hydratase  60.41 
 
 
549 aa  639    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.208315 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0629  urocanate hydratase  63.42 
 
 
552 aa  713    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.317757  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2647  urocanate hydratase  73.67 
 
 
601 aa  868    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.147461  normal  0.780355 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3679  urocanate hydratase  66.54 
 
 
552 aa  752    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.153823  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0909  urocanate hydratase  79.67 
 
 
564 aa  899    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0932  urocanate hydratase  77.62 
 
 
557 aa  888    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0097  urocanate hydratase  77.57 
 
 
556 aa  855    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5270  urocanate hydratase  90.36 
 
 
607 aa  1041    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3441  urocanate hydratase  66.54 
 
 
552 aa  753    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3404  urocanate hydratase  66.54 
 
 
552 aa  753    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.114749  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3353  urocanate hydratase  66.73 
 
 
552 aa  754    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0647  urocanate hydratase  72.98 
 
 
562 aa  825    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1334  urocanate hydratase  71.64 
 
 
554 aa  823    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1330  urocanate hydratase  71.45 
 
 
554 aa  824    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4828  urocanate hydratase  88.99 
 
 
565 aa  1044    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0896  urocanate hydratase  91.17 
 
 
557 aa  1066    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2715  urocanate hydratase  75.82 
 
 
566 aa  880    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5636  urocanate hydratase  90.81 
 
 
559 aa  1063    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1100  urocanate hydratase  72.79 
 
 
562 aa  831    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103939  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2794  urocanate hydratase  73.16 
 
 
562 aa  827    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0360  urocanate hydratase  92.31 
 
 
560 aa  1075    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2936  urocanase  73.17 
 
 
908 aa  834    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5480  urocanate hydratase  72.79 
 
 
562 aa  829    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4138  urocanate hydratase  88.11 
 
 
568 aa  1028    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.13459  normal  0.0575164 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3711  urocanate hydratase  66.54 
 
 
552 aa  753    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0342728  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1304  urocanate hydratase  79.56 
 
 
556 aa  877    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.235615  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1822  urocanate hydratase  74.08 
 
 
562 aa  836    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1508  urocanate hydratase  63.9 
 
 
546 aa  661    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1042  urocanate hydratase  76.95 
 
 
579 aa  882    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0991609 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1164  urocanate hydratase  74.56 
 
 
572 aa  867    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.587396  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2945  urocanate hydratase  72.06 
 
 
562 aa  820    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0083  urocanate hydratase  75.68 
 
 
564 aa  846    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1930  urocanate hydratase  75.32 
 
 
572 aa  861    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2854  urocanate hydratase  76 
 
 
568 aa  881    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.289939  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5048  urocanate hydratase  90.81 
 
 
559 aa  1055    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1048  urocanate hydratase  62.25 
 
 
557 aa  710    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.155699  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2735  urocanate hydratase  64.04 
 
 
565 aa  712    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.29023  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3007  urocanate hydratase  74.5 
 
 
562 aa  845    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.237465 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1691  urocanate hydratase  78.49 
 
 
553 aa  882    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5907  urocanate hydratase  72.79 
 
 
562 aa  828    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0583  urocanate hydratase  61.26 
 
 
554 aa  679    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1021  urocanate hydratase  76.05 
 
 
566 aa  868    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0150  urocanate hydratase  76.55 
 
 
577 aa  876    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.287406 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5083  urocanate hydratase  100 
 
 
557 aa  1154    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.34014  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2983  urocanate hydratase  76.11 
 
 
562 aa  873    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.41142  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0099  urocanate hydratase  77.57 
 
 
556 aa  855    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0094  urocanate hydratase  77.39 
 
 
556 aa  855    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3953  urocanate hydratase  76.84 
 
 
556 aa  855    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1601  urocanate hydratase  78.02 
 
 
555 aa  871    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.308587 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2209  urocanate hydratase  73.16 
 
 
562 aa  829    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67350  urocanate hydratase  92.09 
 
 
559 aa  1079    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0374  urocanate hydratase  62 
 
 
564 aa  664    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2170  urocanate hydratase  72.79 
 
 
562 aa  828    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.337819  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2376  urocanate hydratase  60.99 
 
 
570 aa  669    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0100  urocanate hydratase  77.21 
 
 
556 aa  853    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0715  urocanate hydratase  77.22 
 
 
554 aa  877    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4397  urocanate hydratase  61.17 
 
 
555 aa  673    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.458241  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4169  urocanate hydratase  78.12 
 
 
562 aa  874    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1030  urocanate hydratase  74.95 
 
 
559 aa  855    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.235061  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2964  urocanate hydratase  74.91 
 
 
574 aa  857    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0164648  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2364  urocanate hydratase  72.98 
 
 
562 aa  825    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.738454  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3646  urocanate hydratase  71.89 
 
 
573 aa  834    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.455234  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2921  urocanate hydratase  72.98 
 
 
562 aa  825    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1580  urocanate hydratase  73.35 
 
 
560 aa  834    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.21091  normal  0.126486 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4252  urocanate hydratase  77.72 
 
 
555 aa  865    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2665  urocanate hydratase  72.98 
 
 
562 aa  825    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.712116  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0102  urocanate hydratase  77.72 
 
 
555 aa  866    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2721  urocanate hydratase  73.16 
 
 
562 aa  827    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1679  urocanate hydratase  72.98 
 
 
562 aa  825    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3757  urocanate hydratase  77.76 
 
 
556 aa  867    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0181663 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3338  urocanate hydratase  65.81 
 
 
552 aa  743    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0204874  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1110  urocanate hydratase  60.96 
 
 
549 aa  667    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1263  urocanate hydratase  86.73 
 
 
561 aa  1006    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.776789  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0079  urocanate hydratase  77.53 
 
 
555 aa  862    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4070  urocanate hydratase  94.19 
 
 
553 aa  1080    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1295  urocanate hydratase  78.86 
 
 
554 aa  884    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0784383  normal  0.0497778 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0823  urocanate hydratase  78.53 
 
 
565 aa  877    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000435883  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1749  urocanate hydratase  77.47 
 
 
556 aa  865    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.132868  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6450  urocanate hydratase  74.32 
 
 
556 aa  853    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2356  urocanate hydratase  61.83 
 
 
553 aa  728    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0874  urocanate hydratase  77.98 
 
 
557 aa  892    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4630  urocanate hydratase  78.75 
 
 
555 aa  898    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.324948  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4907  urocanate hydratase  99.64 
 
 
557 aa  1150    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.99976  normal  0.401042 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0852  urocanate hydratase  73.7 
 
 
573 aa  859    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.371029  hitchhiker  0.00893346 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1893  urocanate hydratase  61.95 
 
 
550 aa  730    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4656  urocanate hydratase  76.7 
 
 
559 aa  890    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312199  normal  0.0628347 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2399  urocanate hydratase  61.83 
 
 
553 aa  728    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3902  urocanate hydratase  88.09 
 
 
563 aa  1030    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.736698  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5833  urocanate hydratase  92.64 
 
 
559 aa  1077    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.678329  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4452  urocanate hydratase  63.17 
 
 
554 aa  662    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0891581  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0097  urocanate hydratase  77.72 
 
 
555 aa  865    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1433  urocanate hydratase  78.34 
 
 
557 aa  895    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2311  urocanate hydratase  66.18 
 
 
552 aa  744    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.599874  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2315  urocanate hydratase  61.58 
 
 
546 aa  662    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0641522  normal  0.0309572 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4086  urocanate hydratase  88.29 
 
 
563 aa  1029    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1461  urocanate hydratase  62.32 
 
 
549 aa  706    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.801738  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02073  urocanate hydratase  76.7 
 
 
565 aa  861    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4447  urocanate hydratase  77.02 
 
 
556 aa  860    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0805  urocanate hydratase  89.73 
 
 
593 aa  1046    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.392094  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>