155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4994 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4994  hypothetical protein  100 
 
 
278 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4945  hypothetical protein  97.48 
 
 
278 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4817  hypothetical protein  97.48 
 
 
278 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0523  hypothetical protein  96.4 
 
 
278 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0490056 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0404  hypothetical protein  78.78 
 
 
278 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4772  hypothetical protein  78.42 
 
 
278 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.105142 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45040  hypothetical protein  75.54 
 
 
300 aa  438  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0458  hypothetical protein  76.98 
 
 
279 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0983546  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66340  hypothetical protein  67.63 
 
 
278 aa  400  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5756  hypothetical protein  67.27 
 
 
278 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0569  hypothetical protein  70.14 
 
 
282 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000849382 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3970  DNA utilization protein YhiR  43.73 
 
 
280 aa  262  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3801  DNA utilization protein YhiR  43.73 
 
 
280 aa  261  6e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3909  DNA utilization protein YhiR  43.73 
 
 
280 aa  261  6e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3867  DNA utilization protein YhiR  43.73 
 
 
280 aa  261  6e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3789  DNA utilization protein YhiR  43.37 
 
 
280 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.201983  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03348  predicted DNA (exogenous) processing protein  43.37 
 
 
280 aa  258  8e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.664942  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03301  hypothetical protein  43.37 
 
 
280 aa  258  8e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.864633  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3788  DNA utilization protein YhiR  43.37 
 
 
280 aa  258  8e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3981  DNA utilization protein YhiR  43.37 
 
 
280 aa  258  8e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0216  protein of unknown function DUF519  43.37 
 
 
280 aa  258  9e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0217  hypothetical protein  43.37 
 
 
280 aa  258  9e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3699  DNA utilization protein YhiR  43.37 
 
 
280 aa  258  9e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4846  DNA utilization protein YhiR  43.37 
 
 
280 aa  258  9e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.780347 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3823  DNA utilization protein YhiR  43.37 
 
 
280 aa  258  1e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3912  hypothetical protein  42.29 
 
 
280 aa  253  3e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2569  hypothetical protein  41.73 
 
 
279 aa  251  6e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0012  protein of unknown function DUF519  42.65 
 
 
280 aa  251  7e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4187  hypothetical protein  43.18 
 
 
280 aa  248  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0115  hypothetical protein  42.65 
 
 
280 aa  248  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.795354  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0009  protein of unknown function DUF519  41.58 
 
 
280 aa  247  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4048  hypothetical protein  42.65 
 
 
280 aa  248  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4713  hypothetical protein  41.58 
 
 
280 aa  248  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1107  hypothetical protein  42.86 
 
 
281 aa  246  2e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001953  hypothetical protein  41.01 
 
 
279 aa  246  3e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4085  hypothetical protein  42.29 
 
 
280 aa  245  4.9999999999999997e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.515626 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00525  hypothetical protein  40.65 
 
 
285 aa  244  8e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4472  protein of unknown function DUF519  43.18 
 
 
280 aa  244  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514564  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0121  hypothetical protein  39.57 
 
 
279 aa  238  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2581  hypothetical protein  41.26 
 
 
290 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.456932  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1236  protein of unknown function DUF519  44.68 
 
 
289 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.187373  hitchhiker  0.0000201181 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1938  hypothetical protein  45.36 
 
 
287 aa  230  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1564  hypothetical protein  44.68 
 
 
283 aa  228  7e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1090  protein of unknown function DUF519  43.97 
 
 
290 aa  228  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0580192  hitchhiker  0.000491386 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1970  hypothetical protein  43.66 
 
 
286 aa  227  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445046  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1917  hypothetical protein  41.22 
 
 
282 aa  227  2e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0705  hypothetical protein  40.91 
 
 
290 aa  227  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0696  hypothetical protein  40.56 
 
 
305 aa  223  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0788  hypothetical protein  42.55 
 
 
289 aa  223  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0241921  normal  0.12768 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5822  protein of unknown function DUF519  42.75 
 
 
282 aa  218  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3609  hypothetical protein  40.14 
 
 
292 aa  218  1e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1963  hypothetical protein  43.45 
 
 
281 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0614068  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2736  hypothetical protein  42.44 
 
 
281 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.855465  normal  0.779892 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0517  yhiR family protein  40.94 
 
 
288 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.30636  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04743  hypothetical protein  41.28 
 
 
302 aa  216  4e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1806  hypothetical protein  38.52 
 
 
280 aa  215  5.9999999999999996e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000978689 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1807  hypothetical protein  40.22 
 
 
281 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3158  putative protein involved in catabolism of external DNA  41.7 
 
 
281 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.334057 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3149  hypothetical protein  43.06 
 
 
285 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264033  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3738  hypothetical protein  35.84 
 
 
280 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000524629 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3829  hypothetical protein  38.93 
 
 
281 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.341276 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3717  hypothetical protein  42.54 
 
 
280 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3922  hypothetical protein  38.57 
 
 
281 aa  212  7e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1916  hypothetical protein  40.59 
 
 
301 aa  211  9e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0874325  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2040  hypothetical protein  40.22 
 
 
304 aa  211  9e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.894173  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1731  hypothetical protein  40.99 
 
 
286 aa  211  9e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147763 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2382  hypothetical protein  40.2 
 
 
297 aa  211  1e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0256369  normal  0.814662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4038  hypothetical protein  38.57 
 
 
281 aa  211  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1391  protein of unknown function DUF519  41.07 
 
 
308 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.443033  hitchhiker  0.00435595 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2238  hypothetical protein  39.85 
 
 
281 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5863  hypothetical protein  39.85 
 
 
281 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2214  hypothetical protein  39.85 
 
 
281 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5263  hypothetical protein  41.82 
 
 
282 aa  210  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.447718 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1063  hypothetical protein  40.59 
 
 
281 aa  210  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0632007  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4659  hypothetical protein  37.86 
 
 
281 aa  209  3e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0503  hypothetical protein  40.22 
 
 
301 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0599  hypothetical protein  40.22 
 
 
281 aa  209  6e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.558917  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3205  hypothetical protein  35.37 
 
 
295 aa  208  7e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0857675  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3242  protein of unknown function DUF519  40.29 
 
 
285 aa  208  7e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5542  hypothetical protein  39.48 
 
 
281 aa  208  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.467777 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4204  protein of unknown function DUF519  38.21 
 
 
281 aa  208  8e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4243  hypothetical protein  38.21 
 
 
281 aa  208  8e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4377  hypothetical protein  38.21 
 
 
281 aa  208  8e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3566  protein of unknown function DUF519  39.93 
 
 
285 aa  208  9e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0127057  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0874  hypothetical protein  39.85 
 
 
301 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.148142  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0920  hypothetical protein  39.85 
 
 
281 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.202828  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0098  hypothetical protein  37.86 
 
 
281 aa  207  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1203  protein of unknown function DUF519  39.58 
 
 
285 aa  208  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.478331  normal  0.221337 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2252  hypothetical protein  40.22 
 
 
281 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.64987  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3648  hypothetical protein  37.77 
 
 
279 aa  207  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2131  hypothetical protein  39.85 
 
 
281 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.553822  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0020  hypothetical protein  39.48 
 
 
281 aa  204  9e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3389  DNA (exogenous) processing protein  35.84 
 
 
284 aa  204  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3858  hypothetical protein  37.86 
 
 
285 aa  203  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2730  hypothetical protein  41.7 
 
 
286 aa  204  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2915  hypothetical protein  40.43 
 
 
276 aa  203  3e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.407499  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1377  hypothetical protein  40.58 
 
 
285 aa  202  6e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0826832  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1668  protein of unknown function DUF519  40.66 
 
 
281 aa  202  6e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1284  hypothetical protein  40.43 
 
 
285 aa  202  7e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0995661 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1180  hypothetical protein  39.36 
 
 
285 aa  201  8e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.573551  normal  0.143297 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>