183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4892 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4892  hypothetical protein  100 
 
 
161 aa  325  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.489085  normal  0.697397 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4836  hypothetical protein  98.14 
 
 
161 aa  321  3e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.743142  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4714  hypothetical protein  97.52 
 
 
161 aa  318  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4628  hypothetical protein  88.82 
 
 
159 aa  292  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.102521 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0598  hypothetical protein  69.38 
 
 
159 aa  228  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.338306  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3707  hypothetical protein  58 
 
 
160 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4881  hypothetical protein  62.32 
 
 
153 aa  166  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15120  hypothetical protein  55.63 
 
 
158 aa  156  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0842048  hitchhiker  0.000317485 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4422  hypothetical protein  62.5 
 
 
153 aa  155  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.277534 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1330  hypothetical protein  53.52 
 
 
158 aa  153  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25020  DUF461 family hypothetical protein  42.14 
 
 
184 aa  129  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05561  hypothetical protein  40.13 
 
 
158 aa  124  5e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001589  copper metallochaperone  41.54 
 
 
157 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00860885  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4130  hypothetical protein  35.62 
 
 
160 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0361721  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2103  protein of unknown function DUF461  40.97 
 
 
165 aa  101  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2424  hypothetical protein  38.71 
 
 
174 aa  97.4  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0361451  normal  0.0654459 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2890  hypothetical protein  36.9 
 
 
166 aa  94.4  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.586037 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1374  protein of unknown function DUF461  37.93 
 
 
181 aa  94.4  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.0071254  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3206  hypothetical protein  37.06 
 
 
167 aa  94.4  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0418  hypothetical protein  36.2 
 
 
185 aa  93.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306476  normal  0.598206 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4537  hypothetical protein  39.06 
 
 
172 aa  93.6  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7626  hypothetical protein  36.73 
 
 
307 aa  91.3  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2594  hypothetical protein  37.04 
 
 
175 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10495  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2866  hypothetical protein  36.84 
 
 
173 aa  90.1  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3279  protein of unknown function DUF461  36.18 
 
 
179 aa  90.1  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3421  hypothetical protein  36.8 
 
 
191 aa  88.6  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1171  protein of unknown function DUF461  34.48 
 
 
157 aa  86.7  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.247761 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1994  hypothetical protein  36.97 
 
 
161 aa  86.7  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000011396 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1654  protein of unknown function DUF461  37.59 
 
 
174 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.230933  normal  0.946268 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3432  hypothetical protein  34.27 
 
 
145 aa  86.3  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0144838 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1379  hypothetical protein  37.59 
 
 
174 aa  86.3  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0158945  hitchhiker  0.0000523836 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1887  nuclear export factor GLE1  36.84 
 
 
338 aa  83.2  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.145629  normal  0.0275179 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6066  hypothetical protein  34.75 
 
 
318 aa  80.5  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0341315  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1578  hypothetical protein  31.97 
 
 
160 aa  80.1  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.828878  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4444  hypothetical protein  34.81 
 
 
328 aa  79.7  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0512489  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0618  hypothetical protein  38.26 
 
 
179 aa  79  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0384  hypothetical protein  33.33 
 
 
320 aa  78.2  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2089  protein of unknown function DUF461  34.78 
 
 
337 aa  78.2  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  normal  0.321233 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1867  hypothetical protein  33.59 
 
 
178 aa  78.2  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0951087  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2200  hypothetical protein  32.87 
 
 
176 aa  77.8  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.276125  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0541  hypothetical protein  37.1 
 
 
155 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0312213  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3383  hypothetical protein  41.03 
 
 
148 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4984  hypothetical protein  41.03 
 
 
148 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407405  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2895  hypothetical protein  34.38 
 
 
155 aa  75.5  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.645793  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1335  hypothetical protein  35.21 
 
 
199 aa  74.7  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1360  hypothetical protein  33.88 
 
 
151 aa  74.7  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.399009  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2016  hypothetical protein  35 
 
 
151 aa  74.3  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2165  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0987  hypothetical protein  31.36 
 
 
139 aa  73.6  0.000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1458  protein of unknown function DUF461  31.54 
 
 
138 aa  73.2  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0917  hypothetical protein  31.36 
 
 
139 aa  73.2  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000487122  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0905  hypothetical protein  31.36 
 
 
139 aa  72.8  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000768649  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0058  hypothetical protein  30.95 
 
 
342 aa  72.8  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5303  hypothetical protein  40.17 
 
 
148 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0691155 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1186  hypothetical protein  34.71 
 
 
327 aa  72.4  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.057245  normal  0.213641 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0693  hypothetical protein  41.03 
 
 
148 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.616261  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3335  hypothetical protein  35.09 
 
 
162 aa  71.6  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0452404  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1136  conserved hypothetical protein (DUF461 domain protein)  28.37 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3108  hypothetical protein  34.78 
 
 
323 aa  70.9  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.210099  normal  0.0486377 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4198  hypothetical protein  35.48 
 
 
158 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00896972  hitchhiker  0.000316349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2380  hypothetical protein  33.75 
 
 
160 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.179232  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1583  hypothetical protein  31.82 
 
 
148 aa  70.1  0.00000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2181  hypothetical protein  30.83 
 
 
167 aa  70.5  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1330  hypothetical protein  28.66 
 
 
172 aa  70.5  0.00000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.318771  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2207  hypothetical protein  37.01 
 
 
158 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1987  hypothetical protein  31.85 
 
 
160 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2476  hypothetical protein  31.62 
 
 
156 aa  69.7  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1893  hypothetical protein  32.59 
 
 
162 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0054  hypothetical protein  29.93 
 
 
334 aa  68.6  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4676  hypothetical protein  34.44 
 
 
168 aa  68.2  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.742423  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0054  hypothetical protein  29.93 
 
 
351 aa  68.6  0.00000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.840539  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5301  protein of unknown function DUF461  33.33 
 
 
319 aa  68.2  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.483616  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1952  hypothetical protein  32.17 
 
 
163 aa  68.2  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3428  hypothetical protein  37.86 
 
 
187 aa  68.2  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0308042  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4927  hypothetical protein  37.29 
 
 
148 aa  67.8  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.955255  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0691  hypothetical protein  36.22 
 
 
158 aa  67.8  0.00000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4408  hypothetical protein  37.29 
 
 
148 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0679  hypothetical protein  30.3 
 
 
150 aa  67.4  0.00000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0702  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4755  hypothetical protein  31.03 
 
 
147 aa  67.4  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2687  hypothetical protein  35.16 
 
 
149 aa  67.4  0.00000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3315  hypothetical protein  30.63 
 
 
160 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.186593 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0963  hypothetical protein  35.85 
 
 
204 aa  66.6  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0417724 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0513  protein of unknown function DUF461  30.33 
 
 
169 aa  67  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2585  hypothetical protein  33.06 
 
 
170 aa  67  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000482687 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1251  hypothetical protein  37.86 
 
 
150 aa  66.6  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.303658 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5608  nuclear export factor GLE1 domain-containing protein  31.09 
 
 
321 aa  66.2  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.514484 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2688  hypothetical protein  31.48 
 
 
159 aa  65.5  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0504943  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2255  hypothetical protein  29.27 
 
 
170 aa  65.5  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347507  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3619  hypothetical protein  30 
 
 
156 aa  65.5  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.205092  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3957  hypothetical protein  30 
 
 
156 aa  65.5  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.140419  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3199  protein of unknown function DUF461  33.33 
 
 
156 aa  65.1  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3482  hypothetical protein  30.37 
 
 
203 aa  64.7  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.635062  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1731  protein of unknown function DUF461  28.46 
 
 
182 aa  64.3  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.779596  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0174  hypothetical protein  32.12 
 
 
158 aa  64.3  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.181733  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1778  protein of unknown function DUF461  30.15 
 
 
187 aa  63.9  0.0000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.321055 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4042  hypothetical protein  37.97 
 
 
147 aa  63.9  0.0000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1814  hypothetical protein  27.63 
 
 
149 aa  63.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.219792  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0803  protein of unknown function DUF461  33.93 
 
 
160 aa  63.5  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000315548  hitchhiker  0.000000000835288 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0765  hypothetical protein  33.05 
 
 
161 aa  63.5  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000429985  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2609  hypothetical protein  31.58 
 
 
162 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189844  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1996  hypothetical protein  33.87 
 
 
154 aa  63.2  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000352963 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>