139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4887 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4831  cobalt-precorrin-6A synthase  94.78 
 
 		 364 aa  667    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0378133  normal  0.576508 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4709  cobalt-precorrin-6A synthase  95.33 
 
 		 364 aa  671    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.783318 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4887  cobalt-precorrin-6A synthase  100 
 
 		 364 aa  731    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4621  cobalt-precorrin-6A synthase  93.96 
 
 		 364 aa  666    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.199142 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0602  cobalt-precorrin-6A synthase  85.91 
 
 		 365 aa  624  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.533643  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4879  cobalamin biosynthesis protein CbiD  83.75 
 
 		 370 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4419  cobalt-precorrin-6A synthase  82.09 
 
 		 370 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0560665 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2246  cobalt-precorrin-6A synthase  79.56 
 
 		 366 aa  553  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.282523  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26470  cobalt-precorrin-6A synthase  78.95 
 
 		 366 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000249363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1247  cobalt-precorrin-6A synthase  72.24 
 
 		 372 aa  534  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0894006  normal  0.951356 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1566  cobalt-precorrin-6A synthase  73.68 
 
 		 362 aa  528  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169694  normal  0.104683 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1594  cobalt-precorrin-6A synthase  72.85 
 
 		 362 aa  528  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.246342 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2396  cobalt-precorrin-6A synthase  72.85 
 
 		 363 aa  521  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1159  cobalt-precorrin-6A synthase  72.78 
 
 		 363 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.372959  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4827  cobalt-precorrin-6A synthase  73.13 
 
 		 362 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0976791 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1196  cobalt-precorrin-6A synthase  73.41 
 
 		 362 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0530086  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1576  cobalt-precorrin-6A synthase  73.41 
 
 		 363 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0770059  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1676  cobalt-precorrin-6A synthase  73.41 
 
 		 362 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00978786  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1600  cobalt-precorrin-6A synthase  72.78 
 
 		 364 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00632738  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1953  cobalt-precorrin-6A synthase  72.65 
 
 		 364 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0143798  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1970  cobalt-precorrin-6A synthase  72.65 
 
 		 364 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.348164  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1649  cobalt-precorrin-6A synthase  73.13 
 
 		 362 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.358617 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3141  cobalt-precorrin-6A synthase  71.51 
 
 		 366 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.303875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5367  cobalt-precorrin-6A synthase  73.9 
 
 		 365 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.868467 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2115  cobalt-precorrin-6A synthase  72.38 
 
 		 363 aa  514  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.69193  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0261  cobalt-precorrin-6A synthase  72.38 
 
 		 319 aa  451  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.153251  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3378  cobalt-precorrin-6A synthase  59.52 
 
 		 384 aa  415  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.159325 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0798  cobalamin biosynthesis protein CbiD  58.45 
 
 		 369 aa  360  2e-98  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5597  cobalamin biosynthetic protein  56.5 
 
 		 357 aa  330  2e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0631925  normal  0.657816 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0565  cobalamin biosynthesis protein CbiD  52.34 
 
 		 363 aa  311  1e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.381814  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2423  cobalt-precorrin-6A synthase  53.37 
 
 		 421 aa  308  1.0000000000000001e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.293078  normal  0.546954 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2627  cobalt-precorrin-6A synthase  50.15 
 
 		 353 aa  299  5e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.049841  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1887  cobalt-precorrin-6A synthase  46.61 
 
 		 368 aa  292  8e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1691  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  51.43 
 
 		 349 aa  291  1e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0471998  normal  0.0290062 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2158  cobalt-precorrin-6A synthase  48.48 
 
 		 364 aa  288  9e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3277  cobalt-precorrin-6A synthase  48.44 
 
 		 376 aa  285  7e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3153  cobalt-precorrin-6A synthase  50 
 
 		 376 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.769986  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2454  cobalt-precorrin-6A synthase  49.29 
 
 		 364 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.802766  normal  0.0612278 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3517  cobalamin biosynthesis protein CbiD  48.19 
 
 		 367 aa  283  3.0000000000000004e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.190876 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2996  cobalt-precorrin-6A synthase  49.56 
 
 		 357 aa  280  2e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1929  cobalt-precorrin-6A synthase  47.59 
 
 		 373 aa  276  4e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0311511  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1298  cobalt-precorrin-6A synthase  47.41 
 
 		 368 aa  268  7e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5729  cobalamin biosynthesis protein CbiD  47.28 
 
 		 361 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1261  cobalt-precorrin-6A synthase  47.14 
 
 		 368 aa  264  1e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2612  cobalt-precorrin-6A synthase  46.85 
 
 		 372 aa  240  4e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0641  cobalt-precorrin-6A synthase  45.24 
 
 		 388 aa  236  4e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0538699  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4479  cobalamin biosynthesis protein CbiD  41.01 
 
 		 360 aa  229  7e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.065352  normal  0.214546 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0083  cobalamin biosynthesis protein CbiD  37.02 
 
 		 361 aa  227  2e-58  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.25516 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1554  cobalt-precorrin-6A synthase  43.42 
 
 		 365 aa  223  4e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.998598  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1315  cobalamin biosynthesis protein CbiD  42.73 
 
 		 403 aa  219  7e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0676629  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0568  cobalt-precorrin-6A synthase  40.66 
 
 		 413 aa  218  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0641  cobalt-precorrin-6A synthase  40.11 
 
 		 413 aa  217  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2704  cobalt-precorrin-6A synthase  43.02 
 
 		 380 aa  212  9e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.197164  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1021  cobalt-precorrin-6A synthase  40.73 
 
 		 365 aa  210  3e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1268  cobalt-precorrin-6A synthase  44.79 
 
 		 411 aa  208  1e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2997  cobalamin biosynthesis protein CbiD  42.65 
 
 		 362 aa  207  2e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1286  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  47.52 
 
 		 369 aa  207  2e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2080  cobalamin biosynthesis protein  38.83 
 
 		 371 aa  207  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0807  cobalamin biosynthesis protein CbiD  45.49 
 
 		 353 aa  206  5e-52  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2776  cobalt-precorrin-6A synthase  40.33 
 
 		 373 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0736251 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0309  cobalt-precorrin-6A synthase  37.06 
 
 		 366 aa  203  4e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1270  cobalamin biosynthesis protein CbiD  36.8 
 
 		 384 aa  199  6e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2160  cobalt-precorrin-6A synthase  38.87 
 
 		 365 aa  199  6e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2297  cobalt-precorrin-6A synthase  37.32 
 
 		 381 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.327427  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0478  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  41.3 
 
 		 369 aa  196  7e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1690  cobalt-precorrin-6A synthase  38.87 
 
 		 393 aa  195  9e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.189304 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3740  cobalt-precorrin-6A synthase  40.4 
 
 		 388 aa  194  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.72099  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0441  cobalt-precorrin-6A synthase  42.86 
 
 		 367 aa  193  4e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.246554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0476  cobalt-precorrin-6A synthase  42.86 
 
 		 367 aa  193  4e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3133  cobalt-precorrin-6A synthase  41.41 
 
 		 381 aa  193  5e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2359  cobalamin biosynthesis protein CbiD  40.28 
 
 		 371 aa  189  5e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0071  cobalt-precorrin-6A synthase  40.98 
 
 		 375 aa  188  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.328807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0622  cobalamin biosynthesis D transmembrane protein  39.04 
 
 		 383 aa  188  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158551  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3544  cobalamin biosynthesis protein CbiD  37.05 
 
 		 356 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.762429  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3610  cobalamin biosynthesis protein CbiD  36.75 
 
 		 356 aa  187  2e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1088  cobalt-precorrin-6A synthase  37.61 
 
 		 365 aa  181  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.042526  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0210  precorrin-6x reductase/cobalamin biosynthetic protein CbiD  35.71 
 
 		 602 aa  179  7e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1297  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  36.36 
 
 		 392 aa  179  7e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000854469  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0804  cobalamin biosynthesis protein CbiD  35.36 
 
 		 410 aa  179  8e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0034  cobalamin biosynthesis protein CbiD  36.76 
 
 		 369 aa  179  8e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0557  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  42.4 
 
 		 351 aa  179  9e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.382508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2714  cobalt-precorrin-6A synthase  39.5 
 
 		 370 aa  179  9e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0358853  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1374  cobalamin biosynthesis protein CbiD  35.26 
 
 		 385 aa  178  1e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1290  cobalt-precorrin-6A synthase  41.96 
 
 		 373 aa  177  3e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.191656 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0475  cobalamin biosynthesis protein CbiD  39.58 
 
 		 350 aa  176  6e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0931  cobalamin biosynthesis protein CbiD  43.23 
 
 		 576 aa  176  6e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.738737  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2131  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  33.42 
 
 		 437 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1716  cobalamin biosynthesis protein CbiD  42.72 
 
 		 362 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.3857  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1856  cobalamin biosynthesis protein CbiD  39.66 
 
 		 369 aa  174  2.9999999999999996e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3651  cobalamin biosynthesis protein CbiD  41.61 
 
 		 358 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.880674 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1295  cobalt-precorrin-6A synthase  38.59 
 
 		 381 aa  169  7e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1009  cobalamin biosynthesis protein CbiD  33.77 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1174  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  44.8 
 
 		 449 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.793158 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2522  cobalt-precorrin-6A synthase  41.31 
 
 		 380 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0994742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1719  cobalt-precorrin-6A synthase  38.2 
 
 		 383 aa  165  1.0000000000000001e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2101  cobalamin biosynthesis protein CbiD  31.14 
 
 		 382 aa  163  3e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.753139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0698  cobalt-precorrin-6A synthase  30.68 
 
 		 352 aa  162  7e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21220  cobalamin biosynthesis protein CbiD  40.51 
 
 		 481 aa  161  2e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.982335  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1595  cobalt-precorrin-6A synthase  33.01 
 
 		 363 aa  158  1e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0052  cobalamin biosynthesis protein CbiD  36.27 
 
 		 359 aa  157  3e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>