72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4855 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4677  hypothetical protein  100 
 
 		 91 aa  186  8e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4855  hypothetical protein  100 
 
 		 91 aa  186  8e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.5929  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4802  hypothetical protein  97.8 
 
 		 91 aa  184  5e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.24458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0619  hypothetical protein  95.6 
 
 		 91 aa  180  6e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.823931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4360  hypothetical protein  75.82 
 
 		 91 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0734729  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4820  hypothetical protein  73.63 
 
 		 91 aa  142  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4965  hypothetical protein  59.34 
 
 		 91 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12110  hypothetical protein  52.81 
 
 		 93 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1111  hypothetical protein  52.81 
 
 		 93 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08440  hypothetical protein  51.09 
 
 		 92 aa  92  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127353  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3793  hypothetical protein  52.17 
 
 		 92 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2409  hypothetical protein  43.48 
 
 		 89 aa  68.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1550  hypothetical protein  40.96 
 
 		 98 aa  65.1  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0382  hypothetical protein  42.68 
 
 		 102 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3190  hypothetical protein  42.68 
 
 		 102 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0460  hypothetical protein  42.68 
 
 		 102 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824675  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0440  hypothetical protein  42.68 
 
 		 102 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1371  hypothetical protein  42.68 
 
 		 102 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0222  hypothetical protein  42.68 
 
 		 102 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0056  hypothetical protein  42.68 
 
 		 102 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0622  hypothetical protein  42.68 
 
 		 102 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.534048  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0413  hypothetical protein  40.7 
 
 		 102 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.327313  normal  0.0225093 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2891  hypothetical protein  38.37 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436457  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2901  hypothetical protein  38.37 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.968413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2276  hypothetical protein  38.37 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6234  hypothetical protein  38.37 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.276957 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2941  hypothetical protein  38.37 
 
 		 102 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2803  hypothetical protein  38.37 
 
 		 102 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3336  hypothetical protein  38.55 
 
 		 90 aa  58.5  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000115113  normal  0.014798 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2843  hypothetical protein  38.04 
 
 		 101 aa  57.8  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00385808  hitchhiker  0.000128319 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0500  protein of unknown function DUF493  37.8 
 
 		 89 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0729827 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0364  hypothetical protein  38.37 
 
 		 103 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395304 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0295  protein of unknown function DUF493  38.37 
 
 		 98 aa  53.1  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.883661  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0300  hypothetical protein  38.37 
 
 		 98 aa  52.4  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00414202 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2499  hypothetical protein  31.87 
 
 		 97 aa  52.8  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0243  protein of unknown function DUF493  40.24 
 
 		 94 aa  51.2  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0213  hypothetical protein  35.37 
 
 		 89 aa  50.4  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3490  hypothetical protein  32.1 
 
 		 88 aa  50.1  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000408093 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4879  protein of unknown function DUF493  36.67 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1968  protein of unknown function DUF493  31.82 
 
 		 89 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2593  hypothetical protein  33.33 
 
 		 88 aa  48.5  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00140819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0289  hypothetical protein  29.27 
 
 		 89 aa  45.8  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.68869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1051  hypothetical protein  30.86 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000671726  hitchhiker  0.00478592 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4239  hypothetical protein  34.15 
 
 		 91 aa  45.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0986  hypothetical protein  30.86 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000105204  normal  0.0165558 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0990  hypothetical protein  30.86 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000075069  normal  0.687839 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0188  hypothetical protein  34.15 
 
 		 99 aa  44.7  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0239865  normal  0.49594 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2874  hypothetical protein  29.63 
 
 		 88 aa  44.7  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000389579  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0268  hypothetical protein  31.71 
 
 		 88 aa  44.3  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1163  hypothetical protein  32.1 
 
 		 88 aa  44.3  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01213  hypothetical protein  33.33 
 
 		 92 aa  44.3  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2705  hypothetical protein  31.71 
 
 		 87 aa  44.3  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004226  UPF0250 protein  33.33 
 
 		 92 aa  44.3  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000561053  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3713  hypothetical protein  30.86 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000213543  hitchhiker  0.00129495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0182  hypothetical protein  34.15 
 
 		 99 aa  43.9  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0316  hypothetical protein  34.15 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.802626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0245  hypothetical protein  31.91 
 
 		 103 aa  43.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1670  protein of unknown function DUF493  34.15 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0412  hypothetical protein  34.15 
 
 		 105 aa  42  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1963  hypothetical protein  32.93 
 
 		 88 aa  41.2  0.004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3280  hypothetical protein  28.4 
 
 		 88 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000870695  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0224  hypothetical protein  29.27 
 
 		 102 aa  41.6  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3458  hypothetical protein  28.4 
 
 		 88 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00375963  normal  0.0238202 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1087  hypothetical protein  28.4 
 
 		 88 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000786654  hitchhiker  0.0000064685 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3322  hypothetical protein  28.4 
 
 		 88 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000559481  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0326  hypothetical protein  31.71 
 
 		 97 aa  41.6  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0317  hypothetical protein  32.1 
 
 		 98 aa  41.2  0.005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.125842  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3936  hypothetical protein  34.15 
 
 		 89 aa  41.2  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.224066  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0469  hypothetical protein  33.33 
 
 		 92 aa  40.8  0.006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000304752  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1197  hypothetical protein  33.33 
 
 		 87 aa  40.8  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1166  hypothetical protein  33.33 
 
 		 87 aa  40.4  0.008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.332478  normal  0.283703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0281  hypothetical protein  30.49 
 
 		 101 aa  40.4  0.009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>