35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4394 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4394  tricarboxylate transport protein TctB  100 
 
 		 152 aa  297  4e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837927 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4304  hypothetical protein  94.08 
 
 		 152 aa  256  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.836999  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1417  tricarboxylate transport protein TctB, putative  94.08 
 
 		 161 aa  236  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.342625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3967  membrane protein TctB, putative  72.37 
 
 		 152 aa  221  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.605379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1057  tricarboxylate transport protein TctB  89.47 
 
 		 152 aa  220  6e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1352  membrane protein TctB, putative  76.97 
 
 		 152 aa  215  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.132061  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4233  membrane protein TctB, putative  70.39 
 
 		 152 aa  211  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4767  hypothetical protein  58.5 
 
 		 156 aa  159  9e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.433731  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54550  hypothetical protein  58.5 
 
 		 156 aa  156  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000543729  normal  0.0724401 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49470  tripartite tricarboxylate transporter small hypothetical protein  52.32 
 
 		 152 aa  129  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0240129  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1826  membrane protein TctB, putative  39.19 
 
 		 167 aa  94.4  6e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1456  hypothetical protein  44.35 
 
 		 147 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4434  putative tricarboxylic transport membrane protein  30.61 
 
 		 146 aa  77  0.00000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2899  tricarboxylic transport  36.55 
 
 		 144 aa  74.7  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0155  TctB protein  37.76 
 
 		 147 aa  73.6  0.0000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3086  tricarboxylic transport  36.62 
 
 		 143 aa  73.6  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2966  tricarboxylic transport  36.62 
 
 		 143 aa  73.6  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00298616 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2983  tricarboxylic transport  36.62 
 
 		 143 aa  73.6  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.545092 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2931  tricarboxylic transport  35.92 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331411  normal  0.167192 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1362  tricarboxylic transport  34.51 
 
 		 142 aa  70.9  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2582  hypothetical protein  31.69 
 
 		 142 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.909963  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0733  hypothetical protein  32.87 
 
 		 143 aa  62.8  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.59707  decreased coverage  0.00107456 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0903  putative tricarboxylic transport membrane protein  25.66 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.530268  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3343  tricarboxylic transport  33.57 
 
 		 143 aa  58.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.363295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0725  putative tricarboxylic transport membrane protein  30.99 
 
 		 149 aa  58.2  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1637  TctB protein  30.41 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3918  putative tricarboxylic transport membrane protein  31.4 
 
 		 165 aa  46.6  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0635614  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1454  putative tricarboxylic transport membrane protein  29.75 
 
 		 151 aa  45.8  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1800  hypothetical protein  27.01 
 
 		 146 aa  45.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.490656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5628  small permease component of tripartite tricarboxylate transporter (TctB)  25.69 
 
 		 179 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0795679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3298  integral membrane protein  26.97 
 
 		 168 aa  41.2  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.172548  normal  0.0280313 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3236  integral membrane protein  26.97 
 
 		 168 aa  41.2  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.687326  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3113  major facilitator transporter  32.86 
 
 		 476 aa  40.4  0.008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2074  hypothetical protein  28.09 
 
 		 169 aa  40.4  0.008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3247  integral membrane protein  26.97 
 
 		 168 aa  40.4  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.461302  normal  0.795605 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>