More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4288 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1127  beta-lactamase  97.38 
 
 
381 aa  738    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0013499 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1434  beta-lactamase  79 
 
 
381 aa  639    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.908777 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4119  carboxylesterase  81.36 
 
 
382 aa  656    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3855  Beta-lactamase  81.63 
 
 
382 aa  655    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.026011  normal  0.421452 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1148  beta-lactamase  96.59 
 
 
381 aa  729    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.295491  normal  0.227659 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1227  Beta-lactamase  88.98 
 
 
381 aa  709    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1163  beta-lactamase  97.11 
 
 
422 aa  735    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4288  beta-lactamase  100 
 
 
381 aa  777    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19470  Carboxylesterase EstC  75.92 
 
 
383 aa  602  1.0000000000000001e-171  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50820  esterase  73.75 
 
 
392 aa  592  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808433 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4333  esterase  73.75 
 
 
381 aa  590  1e-167  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.277959  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2666  beta-lactamase  40.83 
 
 
390 aa  301  1e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00146634  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2050  beta-lactamase  38.94 
 
 
414 aa  249  6e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4393  beta-lactamase  42.82 
 
 
392 aa  247  2e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.662219 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1384  beta-lactamase  37.37 
 
 
408 aa  246  6e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1998  beta-lactamase  35.84 
 
 
409 aa  231  1e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4621  beta-lactamase  36.95 
 
 
375 aa  228  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0571  beta-lactamase  38.64 
 
 
406 aa  224  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0050  beta-lactamase  34.55 
 
 
383 aa  219  8.999999999999998e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0164  beta-lactamase  36.91 
 
 
373 aa  212  7e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.105868  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3079  beta-lactamase  37.78 
 
 
373 aa  212  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.597951  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0868  beta-lactamase  36.48 
 
 
407 aa  209  5e-53  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4403  carboxylesterase  35.53 
 
 
380 aa  209  8e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.12783  normal  0.0117181 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4193  beta-lactamase  34.36 
 
 
377 aa  209  8e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5383  beta-lactamase  34.45 
 
 
390 aa  206  4e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.994545  hitchhiker  0.00195175 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3600  beta-lactamase  36.92 
 
 
397 aa  205  8e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0635885  normal  0.972653 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3595  beta-lactamase  36.92 
 
 
397 aa  205  9e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3668  beta-lactamase  36.92 
 
 
397 aa  205  9e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12488  esterase/lipase lipP  38.13 
 
 
394 aa  205  1e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3355  beta-lactamase  38.46 
 
 
395 aa  204  2e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00303958  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5550  beta-lactamase  42.44 
 
 
364 aa  200  3e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.432624  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07085  beta-lactamase (AFU_orthologue; AFUA_5G09790)  31.68 
 
 
737 aa  191  2e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2880  beta-lactamase  34.63 
 
 
379 aa  190  4e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.912429 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1655  beta-lactamase  35.84 
 
 
415 aa  179  8e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16190  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  36.22 
 
 
367 aa  178  1e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2803  beta-lactamase  33.97 
 
 
368 aa  178  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00599204  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08528  beta-lactamase (AFU_orthologue; AFUA_5G09790)  31.89 
 
 
402 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.234552 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1577  beta-lactamase  35.05 
 
 
415 aa  172  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3097  beta-lactamase  38.16 
 
 
377 aa  170  5e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3120  beta-lactamase  34.7 
 
 
431 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.468026  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3181  beta-lactamase  34.7 
 
 
431 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0616495  normal  0.23112 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4375  beta-lactamase  35.4 
 
 
363 aa  166  5.9999999999999996e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3131  beta-lactamase  34.45 
 
 
431 aa  166  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.141589  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2099  beta-lactamase  36.19 
 
 
384 aa  164  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.303658 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0367  beta-lactamase  33.25 
 
 
380 aa  161  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.219007  normal  0.709022 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2295  Beta-lactamase  35.48 
 
 
415 aa  159  9e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6892  beta-lactamase  33.33 
 
 
388 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11527  esterase lipL  33.77 
 
 
428 aa  158  2e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.160563 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3310  beta-lactamase  34.44 
 
 
382 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.146111  normal  0.517695 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11952  lipase lipD  33.51 
 
 
446 aa  152  8e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2148  beta-lactamase  32.22 
 
 
378 aa  152  1e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0217937  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3647  beta-lactamase  33.51 
 
 
430 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2765  beta-lactamase  33.33 
 
 
430 aa  144  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.737297  normal  0.79762 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1895  beta-lactamase  32.15 
 
 
369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000574027 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0097  beta-lactamase  29.76 
 
 
428 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.734776  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0106  beta-lactamase  26.7 
 
 
378 aa  109  7.000000000000001e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1067  beta-lactamase  30.18 
 
 
355 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.279878 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5757  beta-lactamase  29.29 
 
 
363 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1266  beta-lactamase  29.01 
 
 
364 aa  93.6  5e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270012  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1386  beta-lactamase  31.91 
 
 
453 aa  90.9  4e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000523067  unclonable  0.000000000545429 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2265  beta-lactamase  30.68 
 
 
417 aa  87.4  3e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.205356  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1306  beta-lactamase protein  26.02 
 
 
490 aa  86.7  6e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000704134  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0627  beta-lactamase  40.6 
 
 
566 aa  85.5  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35970  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  35 
 
 
582 aa  84.7  0.000000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796833  normal  0.223324 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13809  lipase lipE  28.45 
 
 
415 aa  83.6  0.000000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0420294  normal  0.302132 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1072  beta-lactamase  27.51 
 
 
490 aa  83.6  0.000000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0371318  normal  0.635304 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4539  hypothetical protein  32.89 
 
 
796 aa  83.2  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00469106 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4406  hypothetical protein  32.89 
 
 
796 aa  83.2  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.343081  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5183  beta-lactamase  28.99 
 
 
427 aa  83.2  0.000000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5272  beta-lactamase  28.99 
 
 
427 aa  83.2  0.000000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5564  beta-lactamase  28.99 
 
 
427 aa  82.8  0.000000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3069  alkaline D-peptidase  27.79 
 
 
388 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0417304  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2171  beta-lactamase  26.05 
 
 
380 aa  81.3  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5607  hypothetical protein  40.83 
 
 
784 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2172  beta-lactamase  26.57 
 
 
428 aa  81.3  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.65714  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34700  putative beta lactamase  28.08 
 
 
391 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00182422  normal  0.248771 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1830  beta-lactamase  26.57 
 
 
452 aa  81.3  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.162579  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2755  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  27.76 
 
 
388 aa  80.5  0.00000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0494186  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0368  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.77 
 
 
399 aa  79.7  0.00000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00562308  normal  0.495103 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4727  beta-lactamase  25.95 
 
 
366 aa  79.3  0.00000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0925  beta-lactamase, putative  42.37 
 
 
790 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2824  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.34 
 
 
388 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.130693  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3030  alkaline D-peptidase  27.73 
 
 
388 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5870  hypothetical protein  37.41 
 
 
785 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3027  alkaline D-peptidase  27.76 
 
 
388 aa  76.3  0.0000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6218  hypothetical protein  37.04 
 
 
792 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2217  alkaline D-peptidase  27.34 
 
 
388 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  3.66047e-16 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3064  alkaline D-peptidase  26.93 
 
 
388 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0312865  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0925  beta-lactamase  34.1 
 
 
966 aa  75.5  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0954  Beta-lactamase  29.06 
 
 
416 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6205  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  35.26 
 
 
378 aa  74.7  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5243  beta-lactamase  27.65 
 
 
362 aa  75.1  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4688  beta-lactamase  36.22 
 
 
462 aa  74.3  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.331113  normal  0.125502 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1364  beta-lactamase  36.57 
 
 
574 aa  74.3  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.185265  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0727  alkaline D-peptidase  28.33 
 
 
429 aa  74.7  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2769  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  27.76 
 
 
389 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.48212  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13238  penicillin-binding protein, putative  26.37 
 
 
431 aa  73.9  0.000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.652866  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2819  alkaline D-peptidase  27.76 
 
 
388 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118082  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3033  alkaline d-peptidase  27.76 
 
 
388 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.400662  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1013  beta-lactamase  38.46 
 
 
449 aa  73.2  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>