More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3979 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02547  alanyl-tRNA synthetase  65.77 
 
 		 876 aa  1194    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00107354  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0992  alanyl-tRNA synthetase  65.77 
 
 		 876 aa  1193    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000777298  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0125  alanyl-tRNA synthetase  41.16 
 
 		 875 aa  660    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0050  alanyl-tRNA synthetase  45.09 
 
 		 871 aa  714    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0148  alanyl-tRNA synthetase  52.16 
 
 		 875 aa  875    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.379709  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4474  alanyl-tRNA synthetase  99.2 
 
 		 874 aa  1780    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.41358  normal  0.184311 
 
 
-
 
NC_002950  PG1246  alanyl-tRNA synthetase  42.47 
 
 		 876 aa  648    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1182  alanyl-tRNA synthetase  44.53 
 
 		 876 aa  726    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0389  alanyl-tRNA synthetase  62.3 
 
 		 867 aa  1053    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0862  alanyl-tRNA synthetase  45.38 
 
 		 877 aa  760    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.74806  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0797  alanyl-tRNA synthetase  57.22 
 
 		 884 aa  1014    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4471  alanyl-tRNA synthetase  44.59 
 
 		 880 aa  730    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00256411  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1042  alanyl-tRNA synthetase  60.42 
 
 		 876 aa  1055    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0613  alanyl-tRNA synthetase  44.95 
 
 		 842 aa  695    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1201  alanyl-tRNA synthetase  52.4 
 
 		 885 aa  852    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3428  alanyl-tRNA synthetase  61.81 
 
 		 874 aa  1110    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1842  alanyl-tRNA synthetase  86.73 
 
 		 874 aa  1585    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.742593  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4284  alanyl-tRNA synthetase  44.59 
 
 		 880 aa  729    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4121  alanyl-tRNA synthetase  44.48 
 
 		 880 aa  729    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000164484  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4132  alanyl-tRNA synthetase  44.59 
 
 		 880 aa  730    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0895  alanyl-tRNA synthetase  60.02 
 
 		 874 aa  1027    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131636  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1763  alanyl-tRNA synthetase  57.56 
 
 		 860 aa  1011    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1763  alanyl-tRNA synthetase  57.85 
 
 		 860 aa  1011    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3556  alanyl-tRNA synthetase  87.11 
 
 		 899 aa  1600    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.118826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1460  alanyl-tRNA synthetase  58.82 
 
 		 890 aa  1054    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.124208  hitchhiker  0.00581407 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3303  alanyl-tRNA synthetase  61.87 
 
 		 871 aa  1042    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.243985 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1377  alanyl-tRNA synthetase  42.26 
 
 		 886 aa  635    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0850  alanyl-tRNA synthetase  60.93 
 
 		 874 aa  1075    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0146  alanyl-tRNA synthetase  43.71 
 
 		 891 aa  691    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.00216765  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0553  alanyl-tRNA synthetase  61.15 
 
 		 886 aa  1050    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1287  alanyl-tRNA synthetase  52.39 
 
 		 891 aa  863    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.178643 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0226  alanyl-tRNA synthetase  43.9 
 
 		 880 aa  661    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.821584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1815  alanyl-tRNA synthetase  60.14 
 
 		 874 aa  1031    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124325  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0926  alanine--tRNA ligase  59.86 
 
 		 873 aa  1025    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.961534  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4275  alanyl-tRNA synthetase  90.27 
 
 		 874 aa  1580    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0551773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0451  alanyl-tRNA synthetase  52.46 
 
 		 883 aa  863    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2408  alanyl-tRNA synthetase  53.34 
 
 		 882 aa  907    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00604857  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4553  alanyl-tRNA synthetase  59.46 
 
 		 897 aa  1052    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.468521  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3088  alanyl-tRNA synthetase  42.1 
 
 		 880 aa  650    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.150623  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2173  alanyl-tRNA synthetase  44.34 
 
 		 899 aa  638    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0369  alanyl-tRNA synthetase  45.01 
 
 		 886 aa  670    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.134799  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0201  alanyl-tRNA synthetase  51.48 
 
 		 876 aa  887    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0035752 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2374  alanyl-tRNA synthetase  49.83 
 
 		 880 aa  837    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0815913  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1590  alanyl-tRNA synthetase  59.84 
 
 		 864 aa  1050    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.136396  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4616  alanyl-tRNA synthetase  44.59 
 
 		 880 aa  729    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00215408  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1898  alanyl-tRNA synthetase  46.04 
 
 		 851 aa  689    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.352865  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0045  alanyl-tRNA synthetase  40.86 
 
 		 886 aa  657    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.214669  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0876  alanyl-tRNA synthetase  46.64 
 
 		 899 aa  688    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.27264  normal  0.0167096 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0022  alanyl-tRNA synthetase  57.19 
 
 		 862 aa  966    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.711035  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2818  alanyl-tRNA synthetase  52.64 
 
 		 883 aa  842    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1644  alanyl-tRNA synthetase  50.74 
 
 		 881 aa  815    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.859756  normal  0.0937796 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2661  alanyl-tRNA synthetase  59.57 
 
 		 874 aa  999    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0305008  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3784  alanyl-tRNA synthetase  49.02 
 
 		 905 aa  833    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0683735  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3737  alanyl-tRNA synthetase  51.82 
 
 		 891 aa  843    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0179762  normal  0.845616 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1279  alanyl-tRNA synthetase  52.31 
 
 		 881 aa  838    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302491  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0156  alanyl-tRNA synthetase  41.22 
 
 		 848 aa  642    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0981  alanyl-tRNA synthetase  42.24 
 
 		 887 aa  659    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1987  alanyl-tRNA synthetase  50.8 
 
 		 884 aa  830    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0590  alanyl-tRNA synthetase  57.91 
 
 		 876 aa  1000    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1299  alanyl-tRNA synthetase  63.38 
 
 		 875 aa  1156    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.745017  normal  0.0109857 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1571  alanyl-tRNA synthetase  52.63 
 
 		 890 aa  866    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.673823  decreased coverage  0.000202808 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0568  alanyl-tRNA synthetase  60.71 
 
 		 874 aa  1043    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.678086 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2910  alanyl-tRNA synthetase  59.35 
 
 		 878 aa  994    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.70978 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1311  alanyl-tRNA synthetase  60.37 
 
 		 874 aa  1059    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.290938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1213  alanyl-tRNA synthetase  61.69 
 
 		 874 aa  1107    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0239363  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1734  alanyl-tRNA synthetase  52.51 
 
 		 891 aa  851    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0625  alanyl-tRNA synthetase  62.18 
 
 		 868 aa  1067    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1621  alanyl-tRNA synthetase  51.82 
 
 		 897 aa  851    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1638  alanyl-tRNA synthetase  58.44 
 
 		 890 aa  1074    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107041 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0831  alanyl-tRNA synthetase  61.05 
 
 		 884 aa  1072    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.168627  normal  0.137566 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0205  alanyl-tRNA synthetase  53.59 
 
 		 884 aa  985    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2201  alanyl-tRNA synthetase  43.89 
 
 		 885 aa  647    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1232  alanyl-tRNA synthetase  52.09 
 
 		 902 aa  884    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.224866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1720  alanyl-tRNA synthetase  50.29 
 
 		 884 aa  790    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0927  alanyl-tRNA synthetase  59.68 
 
 		 897 aa  1054    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.540325  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3015  alanyl-tRNA synthetase  60.21 
 
 		 865 aa  1085    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.071786  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1266  alanyl-tRNA synthetase  52.4 
 
 		 909 aa  827    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1446  alanyl-tRNA synthetase  43.58 
 
 		 877 aa  699    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.714674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2033  alanyl-tRNA synthetase  44.78 
 
 		 879 aa  707    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1750  alanyl-tRNA synthetase  44.67 
 
 		 879 aa  705    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1120  alanyl-tRNA synthetase  60.32 
 
 		 874 aa  1109    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00495062  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4806  alanyl-tRNA synthetase  43.79 
 
 		 874 aa  665    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00251805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1127  alanyl-tRNA synthetase  62.73 
 
 		 874 aa  1119    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.435644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1198  alanyl-tRNA synthetase  62.5 
 
 		 874 aa  1117    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.400961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1481  alanyl-tRNA synthetase  61.69 
 
 		 869 aa  1019    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1063  alanyl-tRNA synthetase  62.96 
 
 		 874 aa  1126    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0468  alanyl-tRNA synthetase  49.32 
 
 		 880 aa  801    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00473822  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1008  alanyl-tRNA synthetase  50.28 
 
 		 884 aa  806    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1286  alanyl-tRNA synthetase  59.68 
 
 		 874 aa  1054    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52600  alanyl-tRNA synthetase  85.35 
 
 		 874 aa  1531    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1048  alanyl-tRNA synthetase  63.65 
 
 		 900 aa  1121    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.2697 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0421  alanyl-tRNA synthetase  42.99 
 
 		 882 aa  667    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0493  alanyl-tRNA synthetase  41.6 
 
 		 872 aa  639    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1409  alanyl-tRNA synthetase  59.8 
 
 		 897 aa  1057    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.412076  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2527  alanyl-tRNA synthetase  48.14 
 
 		 885 aa  802    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0013  alanyl-tRNA synthetase  54.59 
 
 		 878 aa  927    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1128  alanyl-tRNA synthetase  62.61 
 
 		 874 aa  1118    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.12986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1029  alanyl-tRNA synthetase  44.49 
 
 		 845 aa  707    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00361534  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3176  alanyl-tRNA synthetase  51.96 
 
 		 878 aa  875    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0243  alanyl-tRNA synthetase  44.06 
 
 		 888 aa  687    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>