82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3880 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3880  hypothetical protein  100 
 
 		 313 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1315  hypothetical protein  55.74 
 
 		 324 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.158959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2409  integral membrane protein  53.31 
 
 		 322 aa  308  9e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.246175  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3283  hypothetical protein  53 
 
 		 322 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.793801  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2029  hypothetical protein  53.31 
 
 		 322 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.827093  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2556  integral membrane protein  53.31 
 
 		 322 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1529  hypothetical protein  53.31 
 
 		 322 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.326947  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2463  integral membrane protein  53.31 
 
 		 322 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.126131  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1300  hypothetical protein  53 
 
 		 322 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2432  protein of unknown function DUF6 transmembrane  55.08 
 
 		 325 aa  305  7e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.532838  normal  0.11306 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5306  hypothetical protein  54.75 
 
 		 327 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.146478 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2052  hypothetical protein  53 
 
 		 322 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0439765  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2016  hypothetical protein  55.16 
 
 		 321 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.558153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1705  DMT family permease  55.19 
 
 		 325 aa  300  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1996  hypothetical protein  54.84 
 
 		 321 aa  298  9e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269533  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6081  hypothetical protein  54.84 
 
 		 321 aa  298  9e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1280  hypothetical protein  53.11 
 
 		 327 aa  293  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162856  normal  0.301034 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2029  hypothetical protein  53.21 
 
 		 323 aa  287  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0982031  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1898  hypothetical protein  52.24 
 
 		 324 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1460  hypothetical protein  45.77 
 
 		 319 aa  246  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0082  protein of unknown function DUF6 transmembrane  46.67 
 
 		 326 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1857  transmembrane protein  45.28 
 
 		 319 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0090  protein of unknown function DUF6 transmembrane  46.33 
 
 		 326 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1369  hypothetical protein  45.86 
 
 		 314 aa  236  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1305  putative transmembrane protein  45.86 
 
 		 314 aa  233  3e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.508017  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1428  hypothetical protein  46.96 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0113552  hitchhiker  0.00361312 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0233  putative integral membrane transmembrane protein  47.1 
 
 		 326 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1748  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.86 
 
 		 316 aa  211  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0355136 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0952  hypothetical protein  48.16 
 
 		 328 aa  206  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.330098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0911  hypothetical protein  38.83 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2508  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.55 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0727  hypothetical protein  39.62 
 
 		 325 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563319  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3644  hypothetical protein  38.96 
 
 		 347 aa  181  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.379203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1790  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.5 
 
 		 325 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4798  inner membrane protein YtfF  36.1 
 
 		 321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1271  hypothetical protein  40.79 
 
 		 327 aa  172  7.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4763  inner membrane protein YtfF  35.78 
 
 		 321 aa  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4668  inner membrane protein YtfF  35.78 
 
 		 321 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4678  inner membrane protein YtfF  35.78 
 
 		 321 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.121802  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2538  hypothetical protein  37.5 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.975656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4818  hypothetical protein  35.78 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.451451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0510  hypothetical protein  38.41 
 
 		 322 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00686238 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1288  protein of unknown function DUF6 transmembrane  40.51 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4751  hypothetical protein  35.53 
 
 		 321 aa  161  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.289249  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04082  predicted inner membrane protein  35.53 
 
 		 324 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0217591  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04045  hypothetical protein  35.53 
 
 		 324 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0254567  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5727  hypothetical protein  35.85 
 
 		 321 aa  161  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.229908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3796  hypothetical protein  35.53 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0293258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4689  hypothetical protein  35.53 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.16874  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3783  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.22 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.242799  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0381  hypothetical protein  35.24 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.822543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4779  hypothetical protein  35.22 
 
 		 321 aa  157  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00613349  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4464  hypothetical protein  35.22 
 
 		 321 aa  157  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0577375  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1392  hypothetical protein  38.02 
 
 		 323 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04617  integral membrane protein  34.48 
 
 		 400 aa  133  3e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.938571  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4210  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.55 
 
 		 329 aa  126  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.633325  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1897  hypothetical protein  35.39 
 
 		 310 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3016  putative transmembrane protein  33.86 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2678  hypothetical protein  34.06 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1941  hypothetical protein  26.33 
 
 		 315 aa  95.1  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.205515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3714  putative transmembrane protein  29.62 
 
 		 322 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.543491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5570  putative transmembrane protein  27.87 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0431678 
 
 
-
 
NC_002620  TC0303  hypothetical protein  24.52 
 
 		 341 aa  80.1  0.00000000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.277394  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3565  hypothetical protein  27.1 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.28529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2192  hypothetical protein  23.67 
 
 		 302 aa  53.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.702436  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5885  hypothetical protein  23.67 
 
 		 302 aa  53.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5521  hypothetical protein  23.66 
 
 		 297 aa  53.9  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.459565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2217  hypothetical protein  22.97 
 
 		 302 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.207326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1939  hypothetical protein  22.96 
 
 		 299 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2110  hypothetical protein  22.61 
 
 		 302 aa  49.7  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2231  hypothetical protein  23.32 
 
 		 302 aa  49.7  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.556701  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1415  protein of unknown function DUF6 transmembrane  22.22 
 
 		 286 aa  47.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0303245  normal  0.0347946 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1069  hypothetical protein  21.67 
 
 		 305 aa  46.6  0.0005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.113736  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3205  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.03 
 
 		 306 aa  44.3  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4318  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.87 
 
 		 305 aa  43.9  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.342879 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2018  hypothetical protein  22.55 
 
 		 299 aa  43.9  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0623689  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4208  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.87 
 
 		 305 aa  43.9  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0577458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1938  hypothetical protein  21.74 
 
 		 299 aa  43.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0626  hypothetical protein  21.74 
 
 		 299 aa  43.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.750963  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0529  hypothetical protein  21.74 
 
 		 299 aa  43.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2331  rarD protein  25.56 
 
 		 301 aa  43.1  0.006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4453  hypothetical protein  24.05 
 
 		 296 aa  43.1  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.309026 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>