52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3754 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3754  hypothetical protein  100 
 
 		 249 aa  507  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.527223  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4183  hypothetical protein  96.79 
 
 		 249 aa  493  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1671  hypothetical protein  93.55 
 
 		 249 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.465572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3506  hypothetical protein  90.76 
 
 		 249 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.661963 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1620  hypothetical protein  85.25 
 
 		 245 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.54156  normal  0.0572625 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2497  hypothetical protein  78.57 
 
 		 244 aa  394  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.214172  normal  0.228117 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43910  hypothetical protein  79.31 
 
 		 254 aa  388  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3683  hypothetical protein  80.44 
 
 		 254 aa  384  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29720  hypothetical protein  74.17 
 
 		 243 aa  384  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1051  hypothetical protein  52.51 
 
 		 246 aa  236  3e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2375  hypothetical protein  50.94 
 
 		 243 aa  210  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0813656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0844  hypothetical protein  43.98 
 
 		 244 aa  195  6e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.124163 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3123  hypothetical protein  43.98 
 
 		 244 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.723349  normal  0.754695 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0817  hypothetical protein  43.98 
 
 		 244 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.875771 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3776  hypothetical protein  43.98 
 
 		 244 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0903  protein of unknown function DUF599  43.52 
 
 		 247 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0912  hypothetical protein  43.52 
 
 		 247 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3459  hypothetical protein  43.52 
 
 		 247 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.442285  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0877  hypothetical protein  43.52 
 
 		 247 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3102  hypothetical protein  43.06 
 
 		 244 aa  191  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2715  hypothetical protein  44.19 
 
 		 243 aa  190  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.172605  hitchhiker  0.0000759068 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3285  hypothetical protein  40.34 
 
 		 244 aa  185  6e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000047604 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2939  hypothetical protein  42.47 
 
 		 246 aa  183  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2896  hypothetical protein  41.82 
 
 		 231 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.581965 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1017  hypothetical protein  42.52 
 
 		 248 aa  180  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.112148  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3000  hypothetical protein  39.25 
 
 		 240 aa  175  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2253  hypothetical protein  38.82 
 
 		 244 aa  171  6.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.422249  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0687  hypothetical protein  40.27 
 
 		 241 aa  167  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.548428 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1890  protein of unknown function DUF599  36.8 
 
 		 233 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.176845  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2967  hypothetical protein  38.71 
 
 		 264 aa  157  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.829543 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0373  hypothetical protein  37.33 
 
 		 231 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.431594 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0754  protein of unknown function DUF599  37.85 
 
 		 229 aa  143  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000312427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3188  protein of unknown function DUF599  35.65 
 
 		 237 aa  142  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2745  hypothetical protein  32.51 
 
 		 257 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.451202  normal  0.356517 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1036  hypothetical protein  33.19 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2999  hypothetical protein  34.72 
 
 		 237 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2884  hypothetical protein  45.05 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.468654  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2066  protein of unknown function DUF599  32.11 
 
 		 254 aa  135  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1863  protein of unknown function DUF599  30.89 
 
 		 254 aa  135  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0415114  normal  0.0846365 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3224  protein of unknown function DUF599  34.26 
 
 		 237 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.373427  normal  0.65288 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1810  hypothetical protein  32.04 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214797  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2613  hypothetical protein  29.63 
 
 		 257 aa  113  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.204724  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1353  hypothetical protein  29.82 
 
 		 244 aa  108  9.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00990342  normal  0.0401411 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2503  hypothetical protein  32.65 
 
 		 240 aa  103  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.194881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2681  hypothetical protein  29.63 
 
 		 251 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.312715 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1021  hypothetical protein  29.63 
 
 		 251 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0474935  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0207  membrane protein-like protein  30 
 
 		 250 aa  95.5  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.289561 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3644  hypothetical protein  30.43 
 
 		 260 aa  94  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00251577  normal  0.378344 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1166  hypothetical protein  29.31 
 
 		 258 aa  90.9  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.553601  normal  0.0291608 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1794  protein of unknown function DUF599  27.71 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.167691  normal  0.050491 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1976  protein of unknown function DUF599  27.8 
 
 		 230 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0287224 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1417  hypothetical protein  25.54 
 
 		 211 aa  44.3  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.367246  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>