More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3692 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4120  NADH dehydrogenase subunit B  99.56 
 
 
225 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0655225  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1872  NADH dehydrogenase subunit B  99.56 
 
 
225 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.681353  normal  0.231818 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3692  NADH dehydrogenase subunit B  100 
 
 
225 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.779049  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1745  NADH dehydrogenase subunit B  99.56 
 
 
225 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.440453  normal  0.328312 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3366  NADH dehydrogenase I, B subunit  94.22 
 
 
224 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.381632  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3198  NADH dehydrogenase subunit B  94.22 
 
 
224 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722049  normal  0.022092 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3604  NADH dehydrogenase subunit B  94.22 
 
 
224 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2413  NADH dehydrogenase subunit B  91.56 
 
 
225 aa  443  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.119197  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2569  NADH dehydrogenase subunit B  91.56 
 
 
225 aa  440  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30010  NADH dehydrogenase subunit B  92 
 
 
225 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28450  NADH dehydrogenase subunit B  92 
 
 
224 aa  435  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3131  NADH dehydrogenase subunit B  78.85 
 
 
226 aa  384  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1020  NADH dehydrogenase subunit B  78.67 
 
 
224 aa  380  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1493  NADH dehydrogenase subunit B  76 
 
 
224 aa  379  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.195904  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1815  NADH dehydrogenase subunit B  75.56 
 
 
225 aa  380  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1561  NADH dehydrogenase subunit B  75.56 
 
 
225 aa  380  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2771  NADH dehydrogenase subunit B  75.56 
 
 
224 aa  377  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.320877  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3307  NADH dehydrogenase subunit B  75.56 
 
 
224 aa  375  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000318013  normal  0.583268 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2831  NADH dehydrogenase subunit B  74.22 
 
 
224 aa  373  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00179676  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2511  NADH dehydrogenase subunit B  75.11 
 
 
220 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0438233  normal  0.552577 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02212  NADH dehydrogenase subunit B  75.11 
 
 
220 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1370  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  75.11 
 
 
220 aa  369  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00721379  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02172  hypothetical protein  75.11 
 
 
220 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2566  NADH dehydrogenase subunit B  75.11 
 
 
220 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.112494  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2673  NADH dehydrogenase subunit B  75.11 
 
 
220 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.104558  normal  0.525556 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2436  NADH dehydrogenase subunit B  75.11 
 
 
220 aa  369  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2466  NADH dehydrogenase subunit B  75.11 
 
 
220 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000315164  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1455  NADH dehydrogenase subunit B  74.89 
 
 
227 aa  367  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2663  NADH dehydrogenase subunit B  75.11 
 
 
220 aa  369  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102783  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1365  NADH dehydrogenase subunit B  75.11 
 
 
220 aa  369  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.806532  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2441  NADH dehydrogenase subunit B  75.11 
 
 
220 aa  369  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.675859  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2555  NADH dehydrogenase subunit B  75.11 
 
 
220 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.225165  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2580  NADH dehydrogenase subunit B  75.11 
 
 
220 aa  369  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0400998  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3426  NADH dehydrogenase subunit B  75.11 
 
 
220 aa  369  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.101338  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2549  NADH dehydrogenase subunit B  73.78 
 
 
224 aa  366  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.541718  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1395  NADH dehydrogenase subunit B  73.33 
 
 
224 aa  362  2e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.125456  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0380  NADH dehydrogenase subunit B  68.89 
 
 
224 aa  343  2e-93  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.8672  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1698  NADH dehydrogenase subunit B  70.22 
 
 
222 aa  342  2e-93  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0268752  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0585  NADH dehydrogenase subunit B  69.33 
 
 
222 aa  338  4e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0574  NADH dehydrogenase subunit B  68.89 
 
 
222 aa  337  5.9999999999999996e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1126  NADH dehydrogenase subunit B  71.43 
 
 
212 aa  308  4e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1014  NADH dehydrogenase subunit B  63.11 
 
 
221 aa  303  2.0000000000000002e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0717  NADH dehydrogenase subunit B  62.67 
 
 
211 aa  299  2e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.813135  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1358  NADH dehydrogenase subunit B  64.13 
 
 
213 aa  295  3e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3824  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  64.8 
 
 
212 aa  288  6e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1119  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  66.33 
 
 
231 aa  286  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.722994  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2861  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  59.51 
 
 
213 aa  259  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0909969  hitchhiker  0.00517541 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0101  NADH dehydrogenase subunit B  60.31 
 
 
205 aa  240  1e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0879346  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1737  NADH dehydrogenase subunit B  60.31 
 
 
205 aa  239  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.865113  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1348  NADH dehydrogenase subunit B  58.33 
 
 
208 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.675338 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0333  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  69.14 
 
 
793 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0153  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  65.9 
 
 
791 aa  239  4e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0160  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  65.06 
 
 
794 aa  237  9e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.155081 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3444  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  67.26 
 
 
792 aa  237  1e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1690  NADH dehydrogenase subunit B  58.67 
 
 
205 aa  237  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0178  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  64.46 
 
 
794 aa  236  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4070  NADH dehydrogenase subunit B  59.3 
 
 
205 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1327  NADH dehydrogenase subunit B  58.67 
 
 
208 aa  230  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.107913  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4742  NADH dehydrogenase subunit B  56.92 
 
 
208 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.578905  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0206  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  61.08 
 
 
794 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000609108  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1942  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  66.67 
 
 
787 aa  221  9.999999999999999e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4243  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  56.71 
 
 
170 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000157448  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3358  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  55.92 
 
 
202 aa  193  1e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0158  NADH-quinone oxidoreductase chain b  52.26 
 
 
168 aa  191  5e-48  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4009  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  54.27 
 
 
170 aa  191  8e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.02735e-29 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2252  NADH dehydrogenase subunit B  59.31 
 
 
213 aa  189  2e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3925  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  53.66 
 
 
170 aa  190  2e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000298768  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1282  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  57.53 
 
 
179 aa  188  5.999999999999999e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.944506 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1876  NADH-quinone oxidoreductase B subunit  52.76 
 
 
179 aa  187  1e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.522368  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3354  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 20 kDa subunit  57.14 
 
 
170 aa  186  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000291107  hitchhiker  0.00879289 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0364  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  55.33 
 
 
180 aa  187  2e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3137  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  60.84 
 
 
169 aa  186  3e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000706512  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3080  NADH dehydrogenase subunit B  53.42 
 
 
179 aa  186  3e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0688011  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1048  NADH dehydrogenase subunit B  54.11 
 
 
174 aa  186  3e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.675921  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1275  NADH-quinone oxidoreductase B subunit  51.23 
 
 
216 aa  185  5e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.99313  normal  0.170871 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0910  NADH dehydrogenase subunit B  57.64 
 
 
178 aa  185  5e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.617047 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0744  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  56.69 
 
 
191 aa  184  1.0000000000000001e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.167949 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0339  NADH dehydrogenase I, B subunit  55.1 
 
 
170 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000262724  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03170  NADH dehydrogenase subunit B  54.86 
 
 
182 aa  181  6e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3750  NADH dehydrogenase subunit B  53.9 
 
 
173 aa  181  8.000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  6.75959e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1323  NADH dehydrogenase subunit B  54.11 
 
 
167 aa  181  9.000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2089  NADH dehydrogenase subunit B  60 
 
 
268 aa  180  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.580688  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0539  NADH dehydrogenase subunit B  50 
 
 
271 aa  180  1e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.573079  normal  0.187495 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1630  NADH dehydrogenase subunit B  60 
 
 
264 aa  181  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.298148  normal  0.626931 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2990  NADH dehydrogenase subunit B  60 
 
 
268 aa  181  1e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484766  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3857  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  55.15 
 
 
230 aa  180  1e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0485  NADH dehydrogenase subunit B  52.5 
 
 
171 aa  179  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.130232 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3677  NADH dehydrogenase subunit B  53.42 
 
 
167 aa  179  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00974896 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4981  NADH dehydrogenase subunit B  53.46 
 
 
250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000483357  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6093  NADH dehydrogenase subunit B  50 
 
 
264 aa  179  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.024124 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3622  NADH dehydrogenase subunit B  50.64 
 
 
167 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.623908  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0268  NADH dehydrogenase subunit B  52.7 
 
 
184 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.220523  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0282  NADH-quinone oxidoreductase subunit B  54.61 
 
 
183 aa  179  4e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6681  NADH dehydrogenase subunit B  50.32 
 
 
182 aa  178  4.999999999999999e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0400  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  47.43 
 
 
184 aa  178  5.999999999999999e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4557  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  49.68 
 
 
226 aa  178  5.999999999999999e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.770439  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2812  NADH dehydrogenase subunit B  60.61 
 
 
159 aa  177  9e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.252149 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1264  NADH dehydrogenase subunit B  61.36 
 
 
159 aa  177  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.233516 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0975  NADH dehydrogenase subunit B  50.32 
 
 
199 aa  177  1e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1664  NADH-quinone oxidoreductase, B subunit  56.55 
 
 
183 aa  177  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>