More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3578 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3578  alpha/beta hydrolase fold  100 
 
 
268 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.396236 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3943  alpha/beta fold family hydrolase  95.15 
 
 
268 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0615663  normal  0.246043 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1894  alpha/beta hydrolase fold  93.66 
 
 
268 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2141  alpha/beta hydrolase fold  92.16 
 
 
268 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0335838 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2310  alpha/beta hydrolase fold  69.7 
 
 
264 aa  375  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6043  alpha/beta hydrolase fold protein  67.8 
 
 
265 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.17046  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3929  alpha/beta hydrolase fold  68.4 
 
 
278 aa  354  8.999999999999999e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.419283  decreased coverage  0.00575896 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3787  Alpha/beta hydrolase fold  63.87 
 
 
274 aa  351  5.9999999999999994e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2513  Alpha/beta hydrolase fold  64.1 
 
 
276 aa  347  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1851  alpha/beta hydrolase fold  66.54 
 
 
283 aa  335  3.9999999999999995e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0215  alpha/beta family hydrolase  63 
 
 
274 aa  323  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00842638  normal  0.87662 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4284  alpha/beta hydrolase fold protein  57.79 
 
 
268 aa  305  7e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3485  alpha/beta hydrolase fold  58.82 
 
 
276 aa  293  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147662 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4549  alpha/beta hydrolase fold  60.29 
 
 
276 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.565674  normal  0.972542 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4326  alpha/beta hydrolase fold  59.56 
 
 
276 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.703871  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4040  alpha/beta hydrolase fold  59.56 
 
 
276 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103708  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1483  alpha/beta hydrolase fold  30.94 
 
 
275 aa  103  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.768044  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3478  alpha/beta hydrolase fold  30.29 
 
 
295 aa  99  7e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.497712 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2348  alpha/beta hydrolase fold protein  29.59 
 
 
275 aa  89  8e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1647  alpha/beta hydrolase fold protein  30.48 
 
 
276 aa  82.4  0.000000000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2510  alpha/beta hydrolase fold protein  28.02 
 
 
267 aa  77  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00182924  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4072  alpha/beta hydrolase fold  30.86 
 
 
270 aa  76.6  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.523651  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6488  alpha/beta hydrolase fold  39.1 
 
 
299 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6723  alpha/beta hydrolase fold  39.1 
 
 
299 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4111  alpha/beta hydrolase fold protein  33.61 
 
 
288 aa  71.2  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0346007  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2916  alpha/beta hydrolase fold protein  28.37 
 
 
284 aa  69.7  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1492  alpha/beta hydrolase fold  30 
 
 
291 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6337  alpha/beta hydrolase fold  30 
 
 
291 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2748  alpha/beta hydrolase fold protein  34.78 
 
 
311 aa  69.3  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00012747 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7003  alpha/beta hydrolase fold  30 
 
 
291 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00535586 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1083  alpha/beta hydrolase fold  30 
 
 
291 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09470  Alpha/beta hydrolase fold protein  38.46 
 
 
290 aa  67.4  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.688745  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1083  alpha/beta hydrolase fold  36.75 
 
 
291 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25910  putative lipase  25.66 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0600573 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2212  putative lipase  25.66 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.799877  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4425  esterase V  24.43 
 
 
278 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1337  alpha/beta hydrolase fold  24.36 
 
 
289 aa  67  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.432487  normal  0.100219 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5471  alpha/beta hydrolase fold protein  24.43 
 
 
255 aa  66.6  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2417  Alpha/beta hydrolase fold  34.53 
 
 
302 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0271863 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0971  alpha/beta hydrolase fold  36.75 
 
 
287 aa  65.9  0.0000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.419723 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4611  alpha/beta hydrolase fold  35.59 
 
 
259 aa  65.1  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1517  alpha/beta hydrolase fold protein  21.15 
 
 
275 aa  64.7  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3257  alpha/beta hydrolase fold protein  25.57 
 
 
302 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0650  alpha/beta hydrolase fold  25.99 
 
 
307 aa  65.1  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.477317  normal  0.0911874 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1373  alpha/beta hydrolase fold protein  25.36 
 
 
290 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.292438  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2869  alpha/beta hydrolase fold protein  33.9 
 
 
291 aa  63.9  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.415646  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4478  alpha/beta hydrolase fold  38.24 
 
 
317 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.192753 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1760  alpha/beta hydrolase fold  26.24 
 
 
302 aa  64.3  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.176394  normal  0.0428772 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0987  alpha/beta hydrolase fold  25.76 
 
 
312 aa  64.3  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.460826  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3543  alpha/beta hydrolase fold  25.77 
 
 
268 aa  63.9  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.447096  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00660  Alpha/beta hydrolase fold protein  38.46 
 
 
280 aa  63.9  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1429  Alpha/beta hydrolase fold  28.96 
 
 
267 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.495278  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5449  alpha/beta hydrolase fold  26.04 
 
 
272 aa  63.5  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.343862 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3762  alpha/beta hydrolase fold  25.79 
 
 
260 aa  63.9  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.543729  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0167  alpha/beta hydrolase fold  36.84 
 
 
304 aa  63.9  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.105219 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1227  alpha/beta hydrolase fold protein  37.7 
 
 
387 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3581  alpha/beta hydrolase fold  37.5 
 
 
302 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1348  3-oxoadipate enol-lactonase  24.52 
 
 
256 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.786206 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1295  3-oxoadipate enol-lactonase  27.8 
 
 
265 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523958  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1546  alpha/beta hydrolase fold  33.04 
 
 
285 aa  63.5  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.834926  hitchhiker  0.0047604 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1343  alpha/beta hydrolase fold protein  25 
 
 
290 aa  63.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4521  alpha/beta hydrolase fold  25.93 
 
 
270 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0310  alpha/beta hydrolase fold  35.61 
 
 
324 aa  62.8  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal  0.178465 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3171  alpha/beta hydrolase fold protein  34.19 
 
 
270 aa  62.8  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04345  alpha/beta superfamily hydrolase  21.46 
 
 
253 aa  62.8  0.000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.660124  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1121  hypothetical protein  23.75 
 
 
260 aa  62.4  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.848062  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1084  alpha/beta hydrolase fold  37.93 
 
 
387 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1265  alpha/beta hydrolase fold protein  26.1 
 
 
267 aa  62.4  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.463266  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1579  alpha/beta fold family hydrolase  23.95 
 
 
265 aa  61.2  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3602  alpha/beta hydrolase fold  24.32 
 
 
264 aa  61.6  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3459  alpha/beta hydrolase fold  28.01 
 
 
297 aa  61.6  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.926799 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5788  alpha/beta hydrolase fold protein  34.13 
 
 
321 aa  62  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4283  alpha/beta hydrolase fold  39.25 
 
 
300 aa  61.6  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1681  alpha/beta hydrolase fold  23.77 
 
 
273 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0641945  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3105  alpha/beta hydrolase fold  32.84 
 
 
291 aa  61.6  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4696  alpha/beta hydrolase fold  22.91 
 
 
270 aa  61.6  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0413  alpha/beta hydrolase fold  36.44 
 
 
257 aa  61.2  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.732531  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0531  alpha/beta hydrolase fold protein  37.7 
 
 
273 aa  61.2  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1232  alpha/beta hydrolase fold protein  23.05 
 
 
277 aa  60.8  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0369  alpha/beta hydrolase fold protein  35.29 
 
 
262 aa  60.8  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.598497 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2698  alpha/beta hydrolase fold  27.8 
 
 
306 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.705965  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1310  alpha/beta hydrolase fold protein  28.89 
 
 
301 aa  61.2  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2742  alpha/beta hydrolase fold  27.8 
 
 
306 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.573213 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2728  alpha/beta hydrolase fold  27.8 
 
 
275 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.629642  normal  0.292016 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5071  alpha/beta hydrolase fold protein  25.19 
 
 
258 aa  60.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.1456  normal  0.556154 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4112  alpha/beta hydrolase fold  26.69 
 
 
277 aa  60.5  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000359232  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3063  alpha/beta hydrolase fold protein  26.6 
 
 
295 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.841817  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2696  putative hydrolase  36.89 
 
 
387 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4047  alpha/beta hydrolase fold  25.29 
 
 
270 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0627  Alpha/beta hydrolase  26.91 
 
 
289 aa  60.1  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.355065 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0507  alpha/beta hydrolase fold  24.07 
 
 
264 aa  60.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4540  alpha/beta fold family hydrolase  24.81 
 
 
270 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4089  hydrolase, alpha/beta fold family  25.39 
 
 
262 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.05653  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3398  alpha/beta hydrolase fold protein  41.76 
 
 
292 aa  60.1  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00619315  normal  0.16615 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1391  putative hydrolase  37.07 
 
 
387 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0200  alpha/beta hydrolase fold protein  25.62 
 
 
251 aa  60.1  0.00000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1692  alpha/beta hydrolase fold protein  35.71 
 
 
239 aa  60.1  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.155751 
 
 
-
 
NC_003296  RS05450  putative hydrolase signal peptide protein  34.96 
 
 
412 aa  59.7  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.111492 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0146  alpha/beta hydrolase fold  33.87 
 
 
306 aa  59.7  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.618163 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6643  putative triacylglycerol lipase  24.71 
 
 
275 aa  59.7  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192902  normal  0.181736 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>