More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3548 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3548  response regulator receiver protein  100 
 
 		 117 aa  235  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3833  response regulator receiver protein  94.87 
 
 		 117 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1937  response regulator receiver protein  93.16 
 
 		 117 aa  224  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.29733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3202  response regulator receiver protein  82.05 
 
 		 117 aa  190  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.529191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4784  response regulator receiver protein  50.49 
 
 		 131 aa  96.7  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.724017  normal  0.683358 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4785  response regulator receiver protein  42.24 
 
 		 118 aa  88.6  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526141  normal  0.692787 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5172  response regulator receiver protein  41.28 
 
 		 129 aa  83.6  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.611676  normal  0.0583946 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5999  response regulator receiver protein  38.74 
 
 		 280 aa  82.4  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3956  response regulator receiver protein  39.82 
 
 		 128 aa  82.4  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.314568 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  35.04 
 
 		 229 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0488  response regulator receiver protein  40.66 
 
 		 123 aa  80.5  0.000000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2064  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 128 aa  80.1  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1155  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 132 aa  79.3  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.194588  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1223  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 132 aa  79.3  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0981  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.5 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1095  response regulator receiver domain-containing protein  34.48 
 
 		 138 aa  79.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.117755  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0483  response regulator receiver domain-containing protein  36.84 
 
 		 116 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1134  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 138 aa  79.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.461969  hitchhiker  0.00297359 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.68 
 
 		 1415 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4677  response regulator receiver domain-containing protein  37.82 
 
 		 121 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 576 aa  77.4  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 229 aa  76.3  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  37.29 
 
 		 369 aa  76.6  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.847548  normal  0.236297 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4445  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 229 aa  76.3  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4627  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.07 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0828  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 122 aa  76.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000089442  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0173  response regulator receiver protein  36.75 
 
 		 119 aa  75.1  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0187  response regulator receiver protein  36.67 
 
 		 120 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0372  response regulator receiver protein  38.14 
 
 		 340 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.463682  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5729  response regulator receiver protein  37.74 
 
 		 145 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 235 aa  74.7  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 326 aa  74.3  0.0000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0824  response regulator receiver protein  36.61 
 
 		 122 aa  74.3  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0263767  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6875  response regulator receiver protein  36.44 
 
 		 129 aa  74.3  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 236 aa  74.3  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1343  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 121 aa  73.9  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0146  response regulator receiver protein  33.88 
 
 		 121 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1264  response regulator receiver protein  37.1 
 
 		 122 aa  73.9  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0578681  hitchhiker  0.00155192 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0776  response regulator receiver domain-containing protein  36.61 
 
 		 122 aa  73.9  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0195762  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1702  response regulator receiver protein  40 
 
 		 145 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3494  response regulator receiver protein  34.17 
 
 		 120 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.313433 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1234  response regulator receiver protein  37.1 
 
 		 122 aa  73.9  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0725  response regulator receiver  35.29 
 
 		 121 aa  73.6  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.537285 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0202  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 233 aa  73.6  0.0000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.382528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.29 
 
 		 233 aa  73.6  0.0000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 233 aa  73.6  0.0000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4814  histidine kinase  35.29 
 
 		 919 aa  73.2  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00150972  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1873  response regulator receiver  37.93 
 
 		 326 aa  72.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1860  two component LuxR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0493  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  45.57 
 
 		 440 aa  73.2  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.274957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.07 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1748  response regulator receiver  36.13 
 
 		 123 aa  72.8  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.122601  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4611  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.5 
 
 		 1002 aa  72.8  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.367657 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0301  two component LuxR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 231 aa  72.4  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.54347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  34.75 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2257  response regulator receiver protein  38.05 
 
 		 120 aa  72.8  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1541  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 120 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 234 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4016  response regulator receiver protein  34.21 
 
 		 116 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0580  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 123 aa  71.2  0.000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4050  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.12 
 
 		 227 aa  70.9  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00552008  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2281  response regulator receiver protein  36.44 
 
 		 280 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.217898  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0508  response regulator receiver domain-containing protein  34.96 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.481314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5913  response regulator receiver protein  35.09 
 
 		 163 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.17 
 
 		 232 aa  71.2  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0493  signal transduction histidine kinase, LytS  37.82 
 
 		 1022 aa  70.9  0.000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000359244  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4491  two component LuxR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 233 aa  70.9  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.697305 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0167  response regulator receiver protein  35 
 
 		 120 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3695  response regulator receiver  36.75 
 
 		 236 aa  70.9  0.000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.795948  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1464  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 		 579 aa  70.5  0.000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.164507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3985  response regulator receiver protein  39.47 
 
 		 125 aa  70.5  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1398  response regulator receiver domain-containing protein  31.93 
 
 		 123 aa  70.5  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503734  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0155  chemotaxis response regulator  34.17 
 
 		 120 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0442  response regulator receiver protein  35.65 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3036  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.48 
 
 		 273 aa  70.5  0.000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.106658  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0598  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.79 
 
 		 470 aa  70.5  0.000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.885444  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  32.76 
 
 		 236 aa  70.5  0.000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.13 
 
 		 230 aa  70.5  0.000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 473 aa  70.1  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  33.06 
 
 		 1374 aa  70.5  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1215  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.61 
 
 		 237 aa  70.1  0.000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0932  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 		 374 aa  70.1  0.000000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1246  CheA signal transduction histidine kinases  35.65 
 
 		 1643 aa  70.1  0.000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0708097  normal  0.755815 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  35.04 
 
 		 1334 aa  70.1  0.000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.34 
 
 		 231 aa  70.1  0.000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1289  chemotaxis protein CheY  32.2 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0834  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  37.93 
 
 		 265 aa  69.7  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0108417 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6598  response regulator receiver protein  33.94 
 
 		 122 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0263146  normal  0.165096 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  37.07 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  41.76 
 
 		 1299 aa  69.7  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  33.61 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2290  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 224 aa  69.7  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.66 
 
 		 1003 aa  70.1  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504038  normal  0.0804481 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.53 
 
 		 461 aa  69.7  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.774224  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  33.62 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0870  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 117 aa  69.7  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.226165  normal  0.635424 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0332  response regulator receiver protein  38.05 
 
 		 806 aa  70.1  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.112355  normal  0.937153 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1853  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 121 aa  70.1  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00571982  normal  0.853875 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4210  response regulator receiver protein  35.54 
 
 		 123 aa  70.1  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00926762  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>