More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3506 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3506  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 199 aa  407  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0158634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4703  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 182 aa  118  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.137172  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2903  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 191 aa  87  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.281452  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4067  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 191 aa  81.6  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.200915  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4231  transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 191 aa  81.6  0.000000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4114  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 191 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3955  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 191 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.915843  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4434  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 191 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4342  transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 191 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4287  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 191 aa  79  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3966  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 191 aa  79  0.00000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4323  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 191 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0910  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 191 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00546748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3014  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 195 aa  59.7  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2636  transcriptional regulator, TetR family  41.82 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  37.5 
 
 		 233 aa  55.1  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 190 aa  54.3  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4304  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.148025  normal  0.676238 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4104  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 438 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 184 aa  53.5  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3694  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 222 aa  52.4  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3360  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 194 aa  52.4  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.372466  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 216 aa  51.6  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6393  TetR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 229 aa  51.6  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0255151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2437  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 216 aa  51.2  0.000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000237388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4682  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000014918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 215 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  36.99 
 
 		 222 aa  50.8  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2400  regulatory protein TetR  34.69 
 
 		 198 aa  51.2  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.133792  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  46.67 
 
 		 215 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 210 aa  50.8  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  43.4 
 
 		 246 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 		 191 aa  50.4  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 213 aa  50.8  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 215 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 		 215 aa  51.2  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.16 
 
 		 216 aa  50.4  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  31.37 
 
 		 230 aa  50.1  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  38.57 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0081  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 202 aa  50.4  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0915  TetR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 213 aa  50.4  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 222 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  39.74 
 
 		 220 aa  50.1  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 190 aa  50.1  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4171  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 203 aa  50.1  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0201849  hitchhiker  0.000462956 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 220 aa  49.7  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 215 aa  49.3  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0166  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 221 aa  49.3  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0611363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  46.94 
 
 		 227 aa  49.3  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0194  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 		 225 aa  48.9  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 182 aa  49.3  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 233 aa  49.3  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16700  transcriptional regulator  37.97 
 
 		 211 aa  48.9  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0266  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 207 aa  49.3  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.437766  hitchhiker  0.000931508 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03730  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 215 aa  49.3  0.00004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0906  transcriptional regulator, TetR family  46.94 
 
 		 232 aa  49.3  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.052988  normal  0.0196 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  46 
 
 		 226 aa  48.9  0.00005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03760  transcriptional regulator, TetR family  45.61 
 
 		 201 aa  48.9  0.00005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.599281  normal  0.484799 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 540 aa  48.9  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 243 aa  48.9  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0940  transcriptional regulator  30.89 
 
 		 210 aa  48.9  0.00005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00130273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 201 aa  48.9  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2744  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 187 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.184508  normal  0.510089 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 200 aa  48.9  0.00005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 257 aa  48.9  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1421  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 190 aa  48.9  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.216023 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 210 aa  48.9  0.00005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 214 aa  48.9  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4046  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 222 aa  48.5  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.933953  normal  0.278605 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 261 aa  48.5  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  40 
 
 		 205 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 193 aa  48.5  0.00006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 211 aa  48.5  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11503  transcriptional regulator  36.96 
 
 		 187 aa  48.5  0.00006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.243571 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 		 208 aa  48.5  0.00006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 204 aa  48.5  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  40 
 
 		 207 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1142  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 202 aa  48.1  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.180703  normal  0.158777 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3834  TetR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 216 aa  48.1  0.00009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000963392 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0599  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 200 aa  48.1  0.00009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000153581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 216 aa  48.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4955  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 218 aa  48.1  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00123858  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 219 aa  48.1  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 206 aa  48.1  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2292  intercellular adhesion regulator  37.78 
 
 		 185 aa  47.4  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0364892  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 213 aa  47.4  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 200 aa  47.8  0.0001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3666  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 187 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.356922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 218 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6979  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 220 aa  47.4  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.941023  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 203 aa  47.4  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0868  transcriptional regulator, TetR family  32.05 
 
 		 222 aa  47.8  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000486929  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 		 219 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 205 aa  47.4  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 200 aa  47.4  0.0001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>