212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3474 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2472  hypothetical protein  100 
 
 		 118 aa  242  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3218  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 118 aa  242  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.330484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3474  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 118 aa  242  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00283655 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1974  MerR family transcriptional regulator  98.31 
 
 		 118 aa  237  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0566268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1938  MerR family transcriptional regulator  93.22 
 
 		 118 aa  229  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.24556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28730  putative transcriptional regulator  91.53 
 
 		 118 aa  224  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000134436  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2511  hypothetical protein  91.53 
 
 		 118 aa  224  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1983  MerR family transcriptional regulator  91.53 
 
 		 118 aa  224  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00884217  normal  0.359201 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2169  regulatory protein, MerR  88.89 
 
 		 118 aa  220  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2385  transcriptional regulator, putative  88.03 
 
 		 118 aa  218  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170009  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2054  MerR family transcriptional regulator  81.9 
 
 		 121 aa  201  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1147  MerR family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 118 aa  192  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0571667  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1584  MerR family transcriptional regulator  77.78 
 
 		 118 aa  191  4e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0761  MerR family transcriptional regulator  77.12 
 
 		 118 aa  188  2e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0874748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01390  transcription regulator protein  72.03 
 
 		 118 aa  179  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249906  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0919  transcriptional regulator, MerR family  71.79 
 
 		 118 aa  175  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2798  transcriptional regulator, MerR family  69.49 
 
 		 118 aa  175  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0434  MerR family transcriptional regulator  69.83 
 
 		 120 aa  172  1.9999999999999998e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1457  transcriptional regulator, MerR family  73.33 
 
 		 118 aa  169  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2013  MerR family transcriptional regulator  65.71 
 
 		 120 aa  151  2.9999999999999998e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.065719  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2092  MerR family transcriptional regulator  65.71 
 
 		 118 aa  150  8e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.681298  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2670  regulatory protein, MerR  69.7 
 
 		 125 aa  146  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.988026 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1282  MerR family transcriptional regulator  69.7 
 
 		 143 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1167  MerR family transcriptional regulator  77.01 
 
 		 144 aa  142  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354578  normal  0.670626 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1772  MerR family transcriptional regulator  69.89 
 
 		 136 aa  142  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.328935  normal  0.318397 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1551  MerR family transcriptional regulator  80.49 
 
 		 132 aa  142  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.724017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1996  MerR family transcriptional regulator  75.82 
 
 		 141 aa  142  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000181748  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1640  transcriptional regulator, MerR family  73.91 
 
 		 143 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.402978  normal  0.373133 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1014  MerR family transcriptional regulator  75 
 
 		 121 aa  141  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1970  transcriptional regulator, MerR family  83.12 
 
 		 143 aa  141  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.858434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1459  MerR family transcriptional regulator  73.86 
 
 		 137 aa  141  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.323541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1455  transcriptional regulator, MerR family  75.58 
 
 		 142 aa  141  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1000  MerR family transcriptional regulator  73.86 
 
 		 137 aa  141  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.861508  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1482  MerR family transcriptional regulator  73.86 
 
 		 137 aa  141  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.858746  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2393  MerR family transcriptional regulator  75.58 
 
 		 142 aa  140  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.161279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4622  MerR family transcriptional regulator  82.28 
 
 		 137 aa  140  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206932  normal  0.899334 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3018  transcriptional regulator, MerR family  56.78 
 
 		 126 aa  140  5e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438934  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1378  MerR family transcriptional regulator  74.71 
 
 		 137 aa  140  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0815083  normal  0.541754 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1584  putative transcription regulator protein  75 
 
 		 146 aa  140  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2749  transcriptional regulator, MerR family  82.28 
 
 		 137 aa  140  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1406  MerR family transcriptional regulator  82.28 
 
 		 137 aa  140  7e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2109  MerR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 159 aa  140  8e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.208629  normal  0.127157 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1366  MerR family transcriptional regulator  82.28 
 
 		 137 aa  140  8e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1719  MerR family transcriptional regulator  81.01 
 
 		 134 aa  140  8e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1089  MerR family transcriptional regulator  81.01 
 
 		 134 aa  139  9e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1898  MerR family regulatory protein  81.01 
 
 		 134 aa  139  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2588  MerR family transcriptional regulator  81.01 
 
 		 134 aa  139  9e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1532  MerR family transcriptional regulator  81.01 
 
 		 134 aa  139  9e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.591284  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0196  MerR family transcriptional regulator  81.01 
 
 		 134 aa  139  9e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1742  MerR family transcriptional regulator  81.01 
 
 		 134 aa  139  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.405254  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0970  MerR family transcriptional regulator  81.01 
 
 		 126 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1471  transcriptional regulator domain-containing protein  56.52 
 
 		 126 aa  138  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.22835  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1408  transcriptional regulator, MerR family  56.52 
 
 		 126 aa  138  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00332069  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2852  MerR family transcriptional regulator  70.65 
 
 		 130 aa  138  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.164617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0494  MerR family transcriptional regulator  73.56 
 
 		 121 aa  137  6e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0739492  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1881  putative transcriptional regulator  80.77 
 
 		 157 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.027165 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1877  transcriptional regulator, MerR family  81.82 
 
 		 159 aa  135  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0836  MerR family transcriptional regulator  60.71 
 
 		 116 aa  136  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3096  MerR family transcriptional regulator  78.21 
 
 		 140 aa  135  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0714876 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1343  MerR family transcriptional regulator  75.95 
 
 		 149 aa  133  9e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1752  MerR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 161 aa  132  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0206721 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4609  MerR family transcriptional regulator  79.22 
 
 		 136 aa  132  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.401376  normal  0.0601167 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2847  MerR family transcriptional regulator  79.22 
 
 		 162 aa  132  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.786709  hitchhiker  0.005225 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1313  transcriptional regulator, MerR family  76.62 
 
 		 173 aa  129  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2236  transcriptional regulator, MerR family  70.13 
 
 		 150 aa  118  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.039823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2607  transcriptional regulator, MerR family  70.13 
 
 		 150 aa  118  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1660  MerR family transcriptional regulator  60 
 
 		 129 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3741  transcriptional regulator, MerR family  41.67 
 
 		 112 aa  97.4  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.274926  normal  0.767741 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1425  transcriptional regulator  47.62 
 
 		 116 aa  92  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000104332  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20490  transcriptional regulator, MerR family  78.18 
 
 		 55 aa  90.1  8e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1889  transcriptional regulator, MerR family  51.95 
 
 		 116 aa  85.1  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000504717  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3922  MerR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 144 aa  85.1  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.856583  normal  0.167239 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2621  MerR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 117 aa  84.3  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.361193  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1522  transcriptional regulator, putative  38.89 
 
 		 117 aa  84  7e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0919543  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3038  MerR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 125 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0025515  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1418  MerR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 116 aa  80.9  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000205103  normal  0.491097 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1416  MerR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 130 aa  79.7  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0849625  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1669  MerR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 241 aa  77  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1148  MerR family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 169 aa  77  0.00000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4387  MerR family transcriptional regulator  52.31 
 
 		 757 aa  76.3  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1521  MerR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 150 aa  76.3  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0401274  normal  0.779885 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2017  transcriptional regulator, MerR family  48.15 
 
 		 165 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2331  transcriptional regulator, MerR family  46.34 
 
 		 160 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.461102 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2056  regulatory protein MerR  46.34 
 
 		 165 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.880106  normal  0.300945 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3558  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 136 aa  75.5  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.994671 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1914  MerR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 282 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.346124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3377  MerR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 208 aa  74.7  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.153202 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2223  transcriptional regulator, MerR family  39.05 
 
 		 112 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000299442 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1997  transcriptional regulator, MerR family  48.65 
 
 		 112 aa  74.3  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1782  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 266 aa  73.9  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.139972 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1268  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 272 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.194356 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0772  hypothetical protein  48 
 
 		 193 aa  74.3  0.0000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0058  hypothetical protein  43.24 
 
 		 108 aa  73.6  0.0000000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0108  MerR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 124 aa  73.9  0.0000000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2610  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 281 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3966  MerR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 167 aa  73.9  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.200799  normal  0.0248998 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1864  MerR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 201 aa  73.6  0.0000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0288491  normal  0.532094 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0831  MerR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 177 aa  72.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.087298  normal  0.0939438 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2925  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 155 aa  73.2  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00455933  hitchhiker  0.00151967 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2516  MerR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 179 aa  73.2  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>