83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3440 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3440  prophage antirepressor  100 
 
 		 285 aa  597  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000105678  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1118  BRO domain-containing protein  54.72 
 
 		 247 aa  118  9e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.296909  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1161  hypothetical protein  50.49 
 
 		 193 aa  105  8e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00000000330342  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1649  BRO-like protein  45.79 
 
 		 265 aa  99.8  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000543299  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1867  prophage antirepressor  44.83 
 
 		 272 aa  99.8  5e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000186522  normal  0.142835 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1740  BRO-like protein  39.07 
 
 		 254 aa  98.2  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000880579  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1644  BRO domain-containing protein  31.58 
 
 		 239 aa  96.3  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0834656  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1205  prophage antirepressor  40 
 
 		 535 aa  96.3  6e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.312147  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1825  prophage antirepressor  40 
 
 		 535 aa  96.3  6e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1060  prophage antirepressor  47.32 
 
 		 262 aa  95.9  7e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000214143  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0803  prophage antirepressor  33.33 
 
 		 257 aa  94.7  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000145423  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0898  prophage antirepressor  45.36 
 
 		 217 aa  91.3  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.798648  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1181  prophage antirepressor  41.59 
 
 		 188 aa  90.9  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000354678  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1877  prophage LambdaSa2, antirepressor protein, putative  34.57 
 
 		 236 aa  91.3  2e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0256664  n/a   
 
 
-
 
NC_013208  Aaci_3150  prophage antirepressor  36.23 
 
 		 206 aa  90.5  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1142  phage antirepressor protein  32.69 
 
 		 267 aa  88.2  2e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000418777  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1177  hypothetical protein  37.41 
 
 		 420 aa  86.7  4e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.163274  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3400  prophage antirepressor  39.5 
 
 		 284 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000183753  unclonable  1.97476e-16 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3227  prophage antirepressor  41.96 
 
 		 252 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.323772  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1874  prophage antirepressor  37.23 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000268327  normal  0.0527213 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1804  prophage antirepressor  47.66 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1073  BRO family protein  42.37 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00174599  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3740  prophage antirepressor  37.5 
 
 		 283 aa  82  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3791  prophage antirepressor  37.5 
 
 		 283 aa  82  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3917  prophage antirepressor  41.67 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0381452  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1235  prophage antirepressor  32.17 
 
 		 263 aa  80.5  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000298657  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2135  phage-encoded protein  35.29 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000332219  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1083  BRO family protein  36.51 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100944  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2642  hypothetical protein  42.37 
 
 		 252 aa  79.3  0.00000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.226633  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1367  prophage antirepressor  34.42 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.0000000214644  unclonable  1.53039e-25 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4013  BRO domain-containing protein  37.31 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1322  prophage antirepressor  38.24 
 
 		 236 aa  77  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000035001  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2462  BRO-like protein  31.51 
 
 		 248 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000468179  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3254  prophage antirepressor  37.04 
 
 		 270 aa  76.3  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000711854  decreased coverage  0.00000000000000707487 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2185  putative antirepressor protein encoded by prophage CP-933N  35.71 
 
 		 192 aa  75.9  0.0000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0690247  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2380  BRO domain-containing protein  34.11 
 
 		 335 aa  75.5  0.0000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.016925  normal  0.26363 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0524  prophage antirepressor  33.07 
 
 		 259 aa  75.1  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.844398  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1315  prophage antirepressor  35.29 
 
 		 256 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.930298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1555  antirepressor protein  38.66 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0345805  hitchhiker  0.000277946 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2133  phage antirepressor protein  31.07 
 
 		 244 aa  72.8  0.000000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_010183  BcerKBAB4_5813  prophage antirepressor  40 
 
 		 256 aa  72.4  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0797  BRO, N-terminal  37.5 
 
 		 111 aa  71.2  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.651064  hitchhiker  0.00000114436 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2513  BRO, N-terminal  35.07 
 
 		 172 aa  70.1  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0512852  normal  0.446294 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2481  hypothetical protein  39.02 
 
 		 255 aa  70.5  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0996832 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0554  prophage antirepressor  43.01 
 
 		 269 aa  70.1  0.00000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.239939  hitchhiker  0.000124341 
 
 
-
 
NC_004310  BR0258  BRO family protein  30.37 
 
 		 140 aa  68.2  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1864  prophage antirepressor  33.12 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.886046 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0278  BRO family protein  30.37 
 
 		 140 aa  68.2  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000343854  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4120  prophage antirepressor  33.1 
 
 		 192 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0152271  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3521  BRO, N-terminal  38.95 
 
 		 199 aa  66.6  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000239324  decreased coverage  0.000343043 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0789  BRO, N-terminal  32.67 
 
 		 172 aa  66.2  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000825833 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0402  hypothetical protein  37.62 
 
 		 145 aa  65.9  0.0000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.434288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1616  hypothetical protein  35.51 
 
 		 151 aa  65.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0345712  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1000  BRO family protein  30.71 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.173667  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1398  prophage antirepressor  32.71 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.178309  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1165  prophage antirepressor  32.61 
 
 		 149 aa  62  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2795  prophage antirepressor-like  36.13 
 
 		 197 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.441436  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0225  prophage antirepressor  38.05 
 
 		 180 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.285205  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0575  prophage antirepressor  32.54 
 
 		 295 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2342  Prophage antirepressor protein  33.9 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21228  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1741  prophage antirepressor-like  37.61 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.729676  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0568  prophage antirepressor  31.45 
 
 		 153 aa  58.9  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.762577  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3107  prophage antirepressor  31.45 
 
 		 153 aa  58.9  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1080  prophage antirepressor-like protein  33.62 
 
 		 206 aa  58.5  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174443  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2402  prophage antirepressor  31.73 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.339438 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3073  prophage antirepressor  31.67 
 
 		 270 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.229766  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2796  hypothetical protein  38.24 
 
 		 277 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.122793  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1061  prophage antirepressor-like protein  30.7 
 
 		 210 aa  54.7  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179859  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1714  BRO family protein, truncation  38.75 
 
 		 101 aa  54.3  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.109606  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2504  BRO family protein  46.51 
 
 		 58 aa  53.9  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.880081 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1739  hypothetical protein  37.25 
 
 		 277 aa  53.5  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.326437  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0930  BRO domain-containing protein  27.92 
 
 		 243 aa  53.1  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0480253  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a013  putative antirepressor, BRO family  27.81 
 
 		 183 aa  52.4  0.000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3395  phage-encoded protein  75 
 
 		 249 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000514274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2805  prophage antirepressor-like  38.36 
 
 		 105 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0292574  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2475  prophage antirepressor  27.67 
 
 		 261 aa  49.3  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000554878  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2622  BRO domain-containing protein  26.6 
 
 		 205 aa  47.4  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000919421  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0855  prophage antirepressor  29.25 
 
 		 255 aa  46.2  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0871  BRO domain-containing protein  29.25 
 
 		 255 aa  46.2  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0139  BRO domain-containing protein  26.45 
 
 		 191 aa  46.2  0.0007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.598761  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3546  BRO-like  26.8 
 
 		 191 aa  43.5  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301745  normal  0.324893 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3552  BRO-like  26.8 
 
 		 191 aa  43.5  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.815124  normal  0.1258 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1040  hypothetical protein  22.13 
 
 		 170 aa  43.1  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.57663 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>