50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3439 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3439  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 249 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119584  unclonable  9.09525e-17 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0743  putative replication protein  57.75 
 
 		 249 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3612  putative replication protein  58.45 
 
 		 249 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000425732  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0773  hypothetical protein  57.75 
 
 		 249 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00104231 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1653  hypothetical protein  41.63 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000671597  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2159  replication protein  57.05 
 
 		 274 aa  151  8e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000201859  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0770  hypothetical protein  56.93 
 
 		 244 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0218266  normal  0.283783 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1139  replication protein  57.55 
 
 		 326 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00398063  hitchhiker  2.1893400000000002e-24 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3490  hypothetical protein  60.71 
 
 		 278 aa  138  7e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0314566  unclonable  0.00000747295 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1975  hypothetical protein  60.71 
 
 		 278 aa  138  7e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00555051  normal  0.0479802 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2558  putative replication protein  59.82 
 
 		 263 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3366  putative replication protein  59.82 
 
 		 278 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00263749  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3257  putative replication protein  59.82 
 
 		 278 aa  135  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.699419  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2025  hypothetical protein  55.28 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0214118  normal  0.864983 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1970  putative replication protein  49.3 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.068192  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3394  putative replication protein  63.64 
 
 		 285 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000899226 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1858  putative replication protein  63.64 
 
 		 285 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0634038  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1318  hypothetical protein  28.74 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4130  phage replication protein O  33.58 
 
 		 285 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.763522  normal  0.367122 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1551  phage replication protein O, putative  31.39 
 
 		 284 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000336071 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4446  phage O protein family  42.03 
 
 		 313 aa  56.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0401993  unclonable  0.00000000141211 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3117  hypothetical protein  32.22 
 
 		 197 aa  55.8  0.0000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.240493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1672  gp60  23.48 
 
 		 311 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0382632  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1033  gp60  23.68 
 
 		 311 aa  53.5  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2834  replication protein O  32.43 
 
 		 294 aa  52  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119993  normal  0.314144 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1032  gp69  38.2 
 
 		 86 aa  52  0.000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.110113  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1691  hypothetical protein  36.71 
 
 		 411 aa  50.8  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.073088 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1303  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  21.66 
 
 		 304 aa  50.8  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.187485  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01960  hypothetical protein  28.75 
 
 		 318 aa  50.8  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1906  GP60  22.13 
 
 		 339 aa  49.7  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000000738533  normal  0.0210495 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0794  hypothetical protein  36.36 
 
 		 243 aa  49.7  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000436094 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3746  hypothetical protein  34.33 
 
 		 269 aa  48.5  0.00009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3448  hypothetical protein  29.7 
 
 		 237 aa  48.5  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6266  hypothetical protein  33.33 
 
 		 330 aa  48.5  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6178  hypothetical protein  30.77 
 
 		 431 aa  48.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2497  Terminase  46.3 
 
 		 455 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0224039  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0691  hypothetical protein  85.19 
 
 		 57 aa  48.5  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000499925  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0244  hypothetical protein  44.64 
 
 		 80 aa  47.8  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.201216  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1053  gifsy-1 prophage PrpO  33.66 
 
 		 327 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0283915  hitchhiker  0.00000186889 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2284  gifsy-1 prophage PrpO  33.66 
 
 		 325 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0857509  normal  0.0949977 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1083  gifsy-1 prophage PrpO  33.66 
 
 		 327 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00906063  hitchhiker  0.00000468495 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3263  hypothetical protein  22.86 
 
 		 294 aa  47  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.102407  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3828  hypothetical protein  30.68 
 
 		 285 aa  46.2  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2737  hypothetical protein  35.29 
 
 		 86 aa  45.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2284  protein of unknown function DUF1376  30.68 
 
 		 285 aa  44.7  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.492747  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3853  hypothetical protein  29.25 
 
 		 268 aa  44.3  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878224  hitchhiker  0.000000470201 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1259  phage O family protein  35.71 
 
 		 315 aa  44.3  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000280847  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1441  hypothetical protein  29.07 
 
 		 269 aa  42.4  0.007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1423  hypothetical protein  29.07 
 
 		 269 aa  42.4  0.007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1433  phage O protein family  34.29 
 
 		 320 aa  42  0.008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000630558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>