More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3438 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3438  IstB ATP binding domain-containing protein  100 
 
 		 268 aa  554  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000228593  unclonable  9.96626e-17 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1552  IstB domain protein ATP-binding protein  70.26 
 
 		 234 aa  347  9e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000031305 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4129  IstB ATP binding domain-containing protein  54.85 
 
 		 264 aa  295  4e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1319  IstB ATP binding domain-containing protein  40.8 
 
 		 257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1434  DNA replication protein DnaC, putative  38 
 
 		 259 aa  158  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3956  IstB ATP binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 260 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0137  IstB domain protein ATP-binding protein  34.83 
 
 		 284 aa  136  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.118943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1277  IstB domain protein ATP-binding protein  34.83 
 
 		 284 aa  136  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0461295 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0638  IstB ATP binding domain-containing protein  33.73 
 
 		 257 aa  135  8e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1566  DNA replication protein DnaC, putative  34.83 
 
 		 286 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0658558  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0516  DNA replication protein DnaC  34.74 
 
 		 245 aa  118  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591707 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4906  DNA replication protein DnaC  34.27 
 
 		 245 aa  116  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000177661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1255  putative replication protein DnaC  30.98 
 
 		 276 aa  117  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0168344  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4797  DNA replication protein DnaC  35.21 
 
 		 245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.849133 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4864  DNA replication protein DnaC  35.21 
 
 		 245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4951  DNA replication protein DnaC  35.21 
 
 		 245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4898  DNA replication protein DnaC  35.21 
 
 		 245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.953972  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0425  hypothetical protein  32.06 
 
 		 267 aa  115  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3827  hypothetical protein  32.06 
 
 		 267 aa  115  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.745457  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0439  hypothetical protein  32.06 
 
 		 267 aa  115  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00568017  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4120  hypothetical protein  32.06 
 
 		 267 aa  115  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04238  DNA biosynthesis protein  34.27 
 
 		 245 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000679952  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3636  AAA ATPase  34.27 
 
 		 245 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000285217  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04204  hypothetical protein  34.27 
 
 		 245 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000534515  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4901  DNA replication protein DnaC  34.27 
 
 		 245 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247783  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5874  DNA replication protein DnaC  34.27 
 
 		 245 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000300612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3694  DNA replication protein DnaC  34.27 
 
 		 245 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000380442  hitchhiker  0.00426992 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4954  DNA replication protein DnaC  34.27 
 
 		 245 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000163404  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4593  DNA replication protein DnaC  34.27 
 
 		 245 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000805827  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4957  DNA replication protein DnaC  34.74 
 
 		 245 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.178341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4023  hypothetical protein  32.79 
 
 		 263 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1054  putative replication protein  32.71 
 
 		 249 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.547763  hitchhiker  0.000000820302 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1084  putative replication protein  32.71 
 
 		 249 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.372508  hitchhiker  0.0000157316 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2283  putative replication protein  32.24 
 
 		 249 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552648  normal  0.146717 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2283  IstB domain protein ATP-binding protein  30.14 
 
 		 248 aa  94  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.681758  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1260  putative replication protein  30.62 
 
 		 248 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000160786  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2275  putative replication protein  29.49 
 
 		 246 aa  89.4  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00200673  hitchhiker  0.0000000000000951726 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1434  putative replication protein  31.1 
 
 		 248 aa  88.6  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00253442  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1153  putative replication protein  30.48 
 
 		 248 aa  87  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.255011 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4220  IstB domain protein ATP-binding protein  29.41 
 
 		 261 aa  86.7  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010183  BcerKBAB4_5818  ATPase  26.17 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0041  hypothetical protein  31.29 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2486  hypothetical protein  25.98 
 
 		 261 aa  82.8  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.126053  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3449  AAA family ATPase  32.06 
 
 		 276 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.539616  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3454  AAA ATPase  32.06 
 
 		 276 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3170  DNA replication protein-like protein  29.19 
 
 		 249 aa  77.4  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0060  DNA replication protein, DNAC-like  29.78 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3534  hypothetical protein  31.3 
 
 		 276 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3818  hypothetical protein  31.3 
 
 		 276 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2785  IstB domain protein ATP-binding protein  34.38 
 
 		 275 aa  74.7  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1147  IstB ATP binding domain-containing protein  34.15 
 
 		 263 aa  72.4  0.000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000971836  decreased coverage  0.00111999 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3988  IstB ATP binding domain-containing protein  30.94 
 
 		 263 aa  72  0.000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00332304 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2606  DNA replication protein-like protein  30.65 
 
 		 211 aa  72  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000882358 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1499  IstB domain protein ATP-binding protein  28.28 
 
 		 247 aa  70.9  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0674056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2940  DNA replication protein DnaC  34.78 
 
 		 331 aa  69.7  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.443717  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2623  DNA replication protein DnaC  34.78 
 
 		 331 aa  68.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1404  IstB ATP binding domain-containing protein  32.14 
 
 		 267 aa  68.9  0.00000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1816  IstB domain protein ATP-binding protein  30.71 
 
 		 280 aa  68.2  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1254  DNA replication protein DnaC  26.32 
 
 		 242 aa  68.2  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.014499  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0089  IstB ATP binding domain-containing protein  32.79 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0785  IstB domain protein ATP-binding protein  29.82 
 
 		 264 aa  67  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.910617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0868  DNA replication protein-like protein  24.35 
 
 		 259 aa  67  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.752635  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0885  phage DnaC-like protein  24.35 
 
 		 259 aa  67  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1802  hypothetical protein  28.57 
 
 		 275 aa  66.2  0.0000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1184  IstB-like ATP-binding protein  30.9 
 
 		 270 aa  65.1  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.580215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2340  IstB domain protein ATP-binding protein  27.01 
 
 		 241 aa  65.1  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0243849  decreased coverage  0.0019144 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1289  AAA ATPase  27.16 
 
 		 247 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.36867 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2013  AAA ATPase  24.26 
 
 		 283 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0083652  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18880  phage DNA replication protein (predicted replicative helicase loader)  34.17 
 
 		 264 aa  62.8  0.000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.614946  normal  0.0813321 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2347  DNA replication protein DnaC  25.41 
 
 		 327 aa  62.4  0.000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.104478  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0538  ATP-binding protein  29.51 
 
 		 426 aa  62  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.436507  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02920  hypothetical protein  30.05 
 
 		 188 aa  61.6  0.00000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.0000000406909  hitchhiker  2.4308e-42 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1702  IstB domain protein ATP-binding protein  29.23 
 
 		 245 aa  60.5  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0552  DNA replication protein DnaC  25.79 
 
 		 311 aa  59.7  0.00000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000116033  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_479  DNA replication protein  28.69 
 
 		 470 aa  59.3  0.00000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0514  IstB ATP binding domain-containing protein  28.69 
 
 		 469 aa  58.9  0.00000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1870  prophage LambdaSa2, DNA replication protein DnaC, putative  22.44 
 
 		 273 aa  57  0.0000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0105  DNA replication protein DnaC  24.16 
 
 		 334 aa  56.6  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0538  Chromosomal replication initiator DnaA  27.7 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23130  AAA ATPase  28.77 
 
 		 348 aa  55.8  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0607  IstB domain protein ATP-binding protein  25.48 
 
 		 275 aa  55.8  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2615  DNA replication protein-like protein  26.01 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00158711  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1004  IstB domain protein ATP-binding protein  30.67 
 
 		 272 aa  55.5  0.0000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.102956  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0604  IstB-like ATP-binding protein  27.18 
 
 		 277 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1001  IstB-like ATP-binding protein  27.18 
 
 		 277 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0045417 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3060  IstB-like ATP-binding protein  27.18 
 
 		 277 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.509299  normal  0.0540885 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4491  IstB-like ATP-binding protein  27.18 
 
 		 277 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.182494 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0893  IstB ATP binding domain-containing protein  28.8 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0806  AAA ATPase  24.87 
 
 		 343 aa  53.9  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.337759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0831  DNA replication protein-like protein  22.49 
 
 		 272 aa  54.3  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1792  putative transposase-related ATP-binding protein  31.87 
 
 		 262 aa  53.9  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0585373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2282  IstB domain protein ATP-binding protein  27.64 
 
 		 236 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2113  IstB domain protein ATP-binding protein  27.64 
 
 		 236 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.461945 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2467  hypothetical protein  26.92 
 
 		 278 aa  53.9  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2975  IstB domain protein ATP-binding protein  27.64 
 
 		 236 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.426273  normal  0.44965 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3692  IstB domain protein ATP-binding protein  27.64 
 
 		 236 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.406827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0041  IstB domain protein ATP-binding protein  27.64 
 
 		 236 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3083  IstB domain protein ATP-binding protein  27.64 
 
 		 236 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0085  IstB domain protein ATP-binding protein  27.64 
 
 		 236 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.0613596 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4316  IstB domain protein ATP-binding protein  27.64 
 
 		 236 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.256962  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>