57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3052 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3052  nonspecific acid phosphatase  100 
 
 
336 aa  691    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2981  NapD-like protein  58.88 
 
 
340 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0598995  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1196  NapD-like protein  58.51 
 
 
346 aa  397  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8071  NapD-like protein  57.23 
 
 
346 aa  392  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3412  NapD-like protein  56.16 
 
 
336 aa  389  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.536677 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3120  NapD-like protein  57.62 
 
 
354 aa  376  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1238  NapD-like protein  54.57 
 
 
337 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.596763  normal  0.131697 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3383  putative nonspecific acid phosphatase precursor  55.03 
 
 
327 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.937467 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2938  NapD-like protein  54.37 
 
 
360 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3553  putative nonspecific acid phosphatase precursor  56.11 
 
 
327 aa  369  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4528  nonspecific acid phosphatase precursor napD-like protein  56.13 
 
 
358 aa  370  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0141528  normal  0.0226415 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0900  NapD-like protein  54.46 
 
 
341 aa  369  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0570  putative nonspecific acid phosphatase precursor  56.77 
 
 
327 aa  368  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3792  nonspecific acid phosphatase precursor  54.72 
 
 
334 aa  366  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5769  NapD-like protein  54.46 
 
 
337 aa  365  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6905  Haloacid dehalogenase domain protein hydrolase  57.28 
 
 
336 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.380175 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2894  putative nonspecific acid phosphatase precursor  57.24 
 
 
364 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.851127  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2133  putative nonspecific acid phosphatase, NapD-like  57.33 
 
 
352 aa  363  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00991818 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003596  putative nonspecific acid phosphatase precursor  51.83 
 
 
333 aa  361  1e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5134  nonspecific acid phosphatase precursor  50.74 
 
 
337 aa  354  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.261937  normal  0.117341 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1241  Haloacid dehalogenase domain protein hydrolase  50.48 
 
 
333 aa  345  5e-94  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3112  nonspecific acid phosphatase  51.41 
 
 
318 aa  338  9e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.880914  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6682  putative nonspecific acid phosphatase, NapD-like protein  50.5 
 
 
365 aa  330  3e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0090  nonspecific acid phosphatase precursor  50.51 
 
 
358 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.800809 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3847  nonspecific acid phosphatase precursor  50.34 
 
 
355 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5556  putative nonspecific acid phosphatase, NapD-like protein  51.82 
 
 
354 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.61312  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2251  nonspecific acid phosphatase precursor  48.04 
 
 
339 aa  325  7e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1878  hypothetical protein  48.11 
 
 
325 aa  298  6e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324693  normal  0.526559 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1143  hypothetical protein  39.41 
 
 
338 aa  256  3e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1203  hypothetical protein  39.87 
 
 
340 aa  256  4e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.376258 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3086  nonspecific acid phosphatase precursor  40.32 
 
 
305 aa  244  9.999999999999999e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.376229  normal  0.0718813 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2824  NapD-like protein  40.13 
 
 
376 aa  235  9e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.201083  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4638  putative nonspecific acid phosphatase precursor  41.35 
 
 
297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00694651  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4114  putative nonspecific acid phosphatase precursor  40.19 
 
 
302 aa  209  4e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0702959  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4189  putative nonspecific acid phosphatase precursor  40.19 
 
 
302 aa  209  4e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4345  putative nonspecific acid phosphatase precursor  39.87 
 
 
302 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.966913  normal  0.149502 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0764  hydrolase  38.78 
 
 
307 aa  203  4e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.168912  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3491  NapD-like protein  31.7 
 
 
320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1525  putative nonspecific acid phosphatase  37.14 
 
 
322 aa  194  3e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0728936  normal  0.904277 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1367  acid phosphatase  32.44 
 
 
325 aa  193  4e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000940717  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0425  hypothetical protein  31.78 
 
 
336 aa  144  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.17147  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2649  haloacid dehalogenase-like hydrolase  28.99 
 
 
238 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5319  hypothetical protein  35.71 
 
 
425 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0878389  normal  0.0141688 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4967  hypothetical protein  35.71 
 
 
425 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139442  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3400  twin-arginine translocation pathway signal  35.71 
 
 
527 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7058  hypothetical protein  35.71 
 
 
424 aa  55.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.290652  normal  0.291657 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0700  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  36.61 
 
 
476 aa  55.8  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4908  phosphoserine phosphatase  33.93 
 
 
425 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240321  normal  0.433606 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4389  phosphoserine phosphatase  33.93 
 
 
425 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  normal  0.194055 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0881  hypothetical protein  35.71 
 
 
433 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0085  hypothetical protein  34.82 
 
 
517 aa  53.9  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0712977  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0637  hypothetical protein  34.82 
 
 
517 aa  53.9  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.210974  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1041  phosphoserine phosphatase  34.82 
 
 
519 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0338  hypothetical protein  34.82 
 
 
519 aa  53.9  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.249122  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2471  hypothetical protein  34.82 
 
 
433 aa  53.9  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0283788  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0878  hypothetical protein  33.93 
 
 
433 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.717121  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0094  hypothetical protein  33.63 
 
 
382 aa  49.3  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000042098  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>