More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2892 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2892  exonuclease III  100 
 
 		 270 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0279312  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2890  exonuclease III  95.56 
 
 		 270 aa  540  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00987023  normal  0.852311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2800  exonuclease III  96.3 
 
 		 270 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.268451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2393  exonuclease III  95.93 
 
 		 270 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.7029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2476  exonuclease III  85.93 
 
 		 270 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.1362  normal  0.165238 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3649  exonuclease III  85.93 
 
 		 270 aa  496  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0606806 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2747  exodeoxyribonuclease III  85.19 
 
 		 270 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0614534  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2692  exonuclease III  80 
 
 		 270 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31650  exonuclease III  80 
 
 		 270 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.294828 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2436  exonuclease III  77.04 
 
 		 270 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.677359  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28880  exonuclease III  75.84 
 
 		 270 aa  440  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.734088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2270  exonuclease III  69.63 
 
 		 272 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1974  exonuclease III  69.63 
 
 		 272 aa  396  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1964  exodeoxyribonuclease III  69.63 
 
 		 268 aa  391  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2715  exonuclease III  68.52 
 
 		 268 aa  392  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  hitchhiker  0.00098113 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2206  exodeoxyribonuclease III  69.26 
 
 		 268 aa  392  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01718  exonuclease III  66.92 
 
 		 268 aa  387  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1893  exodeoxyribonuclease III  66.92 
 
 		 272 aa  388  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0788201  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01706  hypothetical protein  66.92 
 
 		 268 aa  387  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2468  exonuclease III  67.29 
 
 		 268 aa  389  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.906333 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1997  exonuclease III  66.92 
 
 		 268 aa  387  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.892579  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1883  exonuclease III  66.92 
 
 		 272 aa  388  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382686 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1833  exonuclease III  66.92 
 
 		 268 aa  387  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1972  exonuclease III  66.92 
 
 		 268 aa  387  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3037  exonuclease III  66.54 
 
 		 270 aa  385  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1441  exonuclease III  66.92 
 
 		 268 aa  387  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.377201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2085  exonuclease III  68.15 
 
 		 268 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40103  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2340  exonuclease III  68.15 
 
 		 268 aa  387  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518305  normal  0.0191888 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1976  exonuclease III  68.15 
 
 		 268 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000370761  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1503  exonuclease III  66.92 
 
 		 270 aa  387  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.073629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1695  exonuclease III  66.17 
 
 		 268 aa  382  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1513  exonuclease III  65.79 
 
 		 270 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00343054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1429  exonuclease III  66.17 
 
 		 268 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1413  exonuclease III  66.17 
 
 		 268 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1396  exonuclease III  66.17 
 
 		 268 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0639091 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2044  exonuclease III  66.17 
 
 		 268 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1873  exonuclease III  66.17 
 
 		 268 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.991915  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1447  exonuclease III  65.41 
 
 		 270 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00261577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1649  exonuclease III  65.79 
 
 		 270 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000202985  hitchhiker  0.0000000000656111 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2816  exonuclease III  65.41 
 
 		 270 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000137718  normal  0.625502 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2737  exonuclease III  65.79 
 
 		 270 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000050651  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2715  exonuclease III  65.79 
 
 		 270 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000224276  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2418  exonuclease III  63.91 
 
 		 270 aa  373  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.234508  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1668  exonuclease III  63.91 
 
 		 268 aa  368  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000408122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1490  exodeoxyribonuclease III  63.16 
 
 		 270 aa  366  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1539  exonuclease III  64.68 
 
 		 271 aa  365  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.493203  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1638  exonuclease III  62.22 
 
 		 268 aa  366  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1420  exonuclease III  61.85 
 
 		 268 aa  364  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.608481  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2927  exonuclease III  63.16 
 
 		 268 aa  364  1e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00530845  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3173  exonuclease III  60.37 
 
 		 268 aa  361  8e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1319  exodeoxyribonuclease III  61.85 
 
 		 269 aa  360  1e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2366  exodeoxyribonuclease III  62.96 
 
 		 289 aa  359  2e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.762147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01553  exonuclease III  61.65 
 
 		 268 aa  358  3e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1451  exonuclease III  62.41 
 
 		 268 aa  359  3e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000170984  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2262  exonuclease III  62.41 
 
 		 269 aa  358  4e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000598983  normal  0.0890605 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1637  exonuclease III  61.34 
 
 		 270 aa  358  6e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00257363  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1962  exonuclease III  61.65 
 
 		 268 aa  358  7e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.134155  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1465  exonuclease III  61.48 
 
 		 269 aa  358  7e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00148193  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0836  exonuclease III  60.74 
 
 		 267 aa  356  1.9999999999999998e-97  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.337185  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003967  exodeoxyribonuclease III  61.65 
 
 		 268 aa  356  2.9999999999999997e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000103891  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2379  exonuclease III  60.97 
 
 		 276 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.88562e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02430  exodeoxyribonuclease III  61.19 
 
 		 269 aa  355  3.9999999999999996e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.977241  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1621  exodeoxyribonuclease III  61.85 
 
 		 276 aa  351  5.9999999999999994e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000939978  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1995  exonuclease III  59.41 
 
 		 272 aa  350  1e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.297958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2648  exodeoxyribonuclease III  59.85 
 
 		 269 aa  348  7e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2139  exodeoxyribonuclease III  63.94 
 
 		 268 aa  345  4e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1192  exonuclease III  60.75 
 
 		 274 aa  337  9.999999999999999e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.166558  normal  0.479841 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1199  exonuclease III  60.38 
 
 		 274 aa  333  2e-90  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.712214  normal  0.0221694 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1258  exonuclease III  57.74 
 
 		 271 aa  322  5e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000275406  normal  0.0123433 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2052  exonuclease III  55.35 
 
 		 273 aa  322  6e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169666  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  39.78 
 
 		 254 aa  179  4e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  37.31 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  36.67 
 
 		 279 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  36.67 
 
 		 260 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  37.73 
 
 		 255 aa  169  3e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  36.3 
 
 		 260 aa  170  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  37.64 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  38.97 
 
 		 267 aa  162  5.0000000000000005e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1952  exodeoxyribonuclease III Xth  37.18 
 
 		 269 aa  162  7e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  0.0243221 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2331  exodeoxyribonuclease III Xth  36.8 
 
 		 265 aa  161  8.000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  37.04 
 
 		 265 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05111  exodeoxyribonuclease III  35.16 
 
 		 281 aa  159  4e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0007  exodeoxyribonuclease III  36.76 
 
 		 255 aa  159  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454244  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2071  exodeoxyribonuclease III  37.73 
 
 		 256 aa  159  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.663777 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1624  exodeoxyribonuclease III Xth  36.26 
 
 		 269 aa  159  6e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  35.69 
 
 		 262 aa  159  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  35.9 
 
 		 281 aa  158  7e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  37.04 
 
 		 265 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  33.96 
 
 		 263 aa  158  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0178  exodeoxyribonuclease III  36.8 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  37.27 
 
 		 264 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  34.34 
 
 		 263 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  35.04 
 
 		 263 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0357  exodeoxyribonuclease III Xth  36.8 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.462834  normal  0.596536 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  37.5 
 
 		 254 aa  156  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  35.79 
 
 		 272 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  34.52 
 
 		 281 aa  154  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  36.3 
 
 		 265 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4997  exodeoxyribonuclease III  35.9 
 
 		 258 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.541642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  33.08 
 
 		 263 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>