58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2868 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2868  hypothetical protein  100 
 
 		 233 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831742 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2776  hypothetical protein  96.57 
 
 		 233 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2915  hypothetical protein  95.71 
 
 		 233 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.57602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2338  hypothetical protein  67.52 
 
 		 234 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.598155 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3574  hypothetical protein  66.67 
 
 		 233 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.507075 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2528  hypothetical protein  69.08 
 
 		 209 aa  271  6e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.409014  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03150  hypothetical protein  72.04 
 
 		 228 aa  257  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.198774  hitchhiker  0.00000000973841 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0339  hypothetical protein  69.96 
 
 		 233 aa  249  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4051  protein of unknown function DUF1275  51.18 
 
 		 240 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4372  protein of unknown function DUF1275  50.71 
 
 		 240 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218545 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0070  hypothetical protein  44.38 
 
 		 212 aa  104  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4078  protein of unknown function DUF1275  40.43 
 
 		 231 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.316044 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6302  hypothetical protein  37.5 
 
 		 250 aa  92  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2541  hypothetical protein  38.94 
 
 		 214 aa  87.8  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.383476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3429  protein of unknown function DUF1275  36.22 
 
 		 252 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3694  hypothetical protein  39.46 
 
 		 264 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1526  bicupin, oxalate decarboxylase family  36.27 
 
 		 658 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2609  protein of unknown function DUF1275  38.8 
 
 		 238 aa  83.2  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.167706 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2182  protein of unknown function DUF1275  38.07 
 
 		 224 aa  81.6  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1703  hypothetical protein  41.86 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.346955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3234  hypothetical protein  34.81 
 
 		 252 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3558  protein of unknown function DUF1275  34.81 
 
 		 252 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.208123  normal  0.326326 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0092  hypothetical protein  35.05 
 
 		 224 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4963  hypothetical protein  41.3 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0199  hypothetical protein  33.98 
 
 		 241 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.423078 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5273  hypothetical protein  43.72 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5631  protein of unknown function DUF1275  39.23 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2290  protein of unknown function DUF1275  38.07 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.879142  normal  0.347075 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2614  protein of unknown function DUF1275  38.07 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0358979 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2335  hypothetical protein  38.07 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.000447759  normal  0.901794 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1423  hypothetical protein  29.72 
 
 		 231 aa  64.3  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.108069  normal  0.24451 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1046  putative transmembrane protein of unknown function  29.72 
 
 		 231 aa  64.3  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.650406 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0780  hypothetical protein  31.12 
 
 		 220 aa  57  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1206  protein of unknown function DUF1275  31.11 
 
 		 262 aa  55.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1238  hypothetical protein  25.81 
 
 		 203 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1016  hypothetical protein  29.35 
 
 		 224 aa  53.9  0.000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115286  hitchhiker  0.00109091 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1483  protein of unknown function DUF1275  25.48 
 
 		 227 aa  53.5  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0331  hypothetical protein  32.34 
 
 		 253 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.522463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0305  hypothetical protein  30.54 
 
 		 260 aa  53.5  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3646  hypothetical protein  31.22 
 
 		 222 aa  52.8  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0181  hypothetical protein  32.89 
 
 		 253 aa  51.2  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.534704  normal  0.624731 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10129  transmembrane protein  29.78 
 
 		 259 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1834  hypothetical protein  34.18 
 
 		 214 aa  50.1  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.361018  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1767  hypothetical protein  34.18 
 
 		 214 aa  50.1  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.208506  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4228  hypothetical protein  41.18 
 
 		 207 aa  50.1  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.468664  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2095  hypothetical protein  29.13 
 
 		 225 aa  49.7  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00423191  normal  0.636208 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4662  hypothetical protein  30.32 
 
 		 386 aa  49.3  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.627824 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4821  hypothetical protein  28.57 
 
 		 254 aa  47.8  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6064  hypothetical protein  30.72 
 
 		 259 aa  47  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.667221  hitchhiker  0.000289526 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1066  hypothetical protein  33.67 
 
 		 214 aa  47.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4285  hypothetical protein  35.15 
 
 		 289 aa  47.4  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.108694  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1506  protein of unknown function DUF1275  33.33 
 
 		 222 aa  47  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.128269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0240  membrane protein  32.65 
 
 		 220 aa  46.2  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1457  protein of unknown function DUF1275  26.79 
 
 		 247 aa  45.1  0.0009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2051  hypothetical protein  28.65 
 
 		 253 aa  43.9  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.6044  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0243  hypothetical protein  30.86 
 
 		 256 aa  44.3  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1535  protein of unknown function DUF1275  27.74 
 
 		 250 aa  43.5  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.297465 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0107  protein of unknown function DUF1275  23.75 
 
 		 241 aa  42  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>