131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2682 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3167  benzoate transporter  93.03 
 
 		 423 aa  652    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.267314  normal  0.62461 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2548  benzoate transporter  93.98 
 
 		 399 aa  650    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2682  benzoate transporter  100 
 
 		 405 aa  780    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2702  benzoate transporter  91.23 
 
 		 399 aa  641    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.796248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2960  benzoate membrane transport protein  72.54 
 
 		 399 aa  542  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2316  benzoate membrane transport protein  53.16 
 
 		 401 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.688329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2678  benzoate transporter  50.39 
 
 		 396 aa  380  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3317  benzoate membrane transport protein  49.48 
 
 		 406 aa  363  3e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0943  benzoate transporter  48.05 
 
 		 402 aa  361  1e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.516309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2107  benzoate transporter  49.74 
 
 		 393 aa  360  3e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.07884  normal  0.334527 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1722  benzoate transporter  49.35 
 
 		 403 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.982368  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2334  benzoate transporter  49.35 
 
 		 403 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2357  benzoate transporter  49.35 
 
 		 403 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0963  benzoate transport protein  47.01 
 
 		 405 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2373  benzoate transporter  48.7 
 
 		 403 aa  351  1e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3891  benzoate transporter  48.44 
 
 		 396 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.228348 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1229  benzoate transporter  48.95 
 
 		 406 aa  351  1e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.803319  normal  0.810178 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1820  benzoate transporter  48.18 
 
 		 398 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0615207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42070  Benzoate membrane transport protein  49.35 
 
 		 406 aa  351  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2253  benzoate transporter  48.7 
 
 		 403 aa  350  2e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.763643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3994  benzoate transporter  48.56 
 
 		 395 aa  351  2e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000979992  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1839  benzoate membrane transport protein  48.44 
 
 		 397 aa  350  3e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.25228  normal  0.411896 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3621  putative transporter  48.95 
 
 		 430 aa  349  4e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1428  benzoate transporter  47.66 
 
 		 396 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.110565  normal  0.345439 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4316  benzoate transporter  47.94 
 
 		 400 aa  348  9e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.860854  hitchhiker  0.000181126 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4997  benzoate transporter  47.31 
 
 		 402 aa  348  1e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5863  benzoate transporter  47.31 
 
 		 402 aa  348  1e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1398  benzoate transporter  47.92 
 
 		 396 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1938  benzoate transport protein  46.7 
 
 		 405 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.064917  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5676  benzoate membrane transport protein  47.78 
 
 		 403 aa  347  3e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1014  benzoate transporter  46.7 
 
 		 405 aa  347  3e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0851  benzoate transporter  46.7 
 
 		 405 aa  347  3e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.399687  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1168  benzoate transporter  46.7 
 
 		 405 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1176  benzoate transporter  46.7 
 
 		 405 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.254375  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0297  benzoate transporter  46.7 
 
 		 405 aa  347  3e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0295  benzoate transporter  48.2 
 
 		 388 aa  346  5e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1328  benzoate transport protein  46.7 
 
 		 481 aa  345  6e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0713293  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43160  putative transporter  48.43 
 
 		 400 aa  344  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.243206 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1369  benzoate transporter  47.4 
 
 		 398 aa  344  1e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00588057  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3246  benzoate transporter  46.88 
 
 		 400 aa  343  4e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.334236 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2303  benzoate transporter  44.12 
 
 		 421 aa  341  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1792  benzoate membrane transport protein  48.17 
 
 		 396 aa  340  2e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5095  benzoate transporter  46.35 
 
 		 400 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.149673  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1263  benzoate transporter  45.64 
 
 		 409 aa  338  9.999999999999999e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3710  benzoate transporter  43.43 
 
 		 418 aa  338  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0186854 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1567  benzoate transporter  46.45 
 
 		 404 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.963654 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0985  benzoate transporter  44.44 
 
 		 413 aa  335  9e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2976  benzoate membrane transport protein  48.05 
 
 		 440 aa  333  3e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2103  benzoate transporter  48.56 
 
 		 403 aa  333  5e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36671 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5243  benzoate transporter  47.66 
 
 		 398 aa  332  8e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5351  benzoate membrane transport protein  49.22 
 
 		 405 aa  332  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0629  benzoate transporter  45.03 
 
 		 398 aa  330  4e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0329  benzoate transporter  44.27 
 
 		 395 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000780494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0425  benzoate transporter  44.27 
 
 		 395 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4140  benzoate transporter  43.77 
 
 		 411 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3707  benzoate transporter  45.69 
 
 		 404 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2035  benzoate transporter  45.69 
 
 		 404 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0324  benzoate transporter  44.47 
 
 		 395 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000364152  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0328  benzoate transporter  44.27 
 
 		 395 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1144  benzoate membrane transport protein  44.22 
 
 		 408 aa  326  5e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1783  benzoate transporter  43.11 
 
 		 398 aa  325  8.000000000000001e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.01116 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0322  benzoate transporter  44.47 
 
 		 395 aa  324  2e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000013011  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3137  benzoate transporter  44.16 
 
 		 410 aa  320  3e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2321  benzoate transporter  41.65 
 
 		 390 aa  315  9e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2541  benzoate transporter  45.48 
 
 		 395 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.630125 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2362  benzoate membrane transport protein  47.33 
 
 		 392 aa  311  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3699  benzoate transporter  44.92 
 
 		 398 aa  310  2e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00161934  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0320  benzoate transporter  44.71 
 
 		 396 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2485  benzoate transporter  43.04 
 
 		 392 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0546857 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2241  benzoate transporter  43.97 
 
 		 407 aa  302  6.000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.739572 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0325  benzoate transporter  44.77 
 
 		 386 aa  300  3e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.072313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3908  benzoate transporter  42.43 
 
 		 402 aa  299  5e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00157906  normal  0.79315 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0179  benzoate transporter  43.44 
 
 		 390 aa  294  2e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0927  benzoate transporter  43.11 
 
 		 395 aa  293  4e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3257  benzoate transporter  42.08 
 
 		 403 aa  287  2e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00676766  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1641  benzoate transporter  44.47 
 
 		 392 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0221313  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4540  benzoate transporter  41.48 
 
 		 395 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4590  benzoate transporter  40.79 
 
 		 394 aa  281  1e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5995  benzoate transporter  41.94 
 
 		 393 aa  276  6e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00202849 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4269  benzoate transporter  41.05 
 
 		 394 aa  273  3e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1612  benzoate transporter  40 
 
 		 422 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.795088  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01391  predicted benzoate transporter  40 
 
 		 391 aa  271  1e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2213  benzoate transporter  40 
 
 		 391 aa  271  1e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.8089  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01401  hypothetical protein  40 
 
 		 391 aa  271  1e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1518  benzoate transporter  39.74 
 
 		 422 aa  271  1e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2226  benzoate transporter  40 
 
 		 391 aa  271  1e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.711061 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1662  benzoate transporter  34.11 
 
 		 392 aa  267  2.9999999999999995e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.760414  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0431  benzoate transporter  42.82 
 
 		 421 aa  265  8.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.586868  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2230  benzoate transporter  41.3 
 
 		 397 aa  265  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000339357 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1981  benzoate transporter  38.62 
 
 		 388 aa  253  6e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3526  benzoate transporter  43.09 
 
 		 477 aa  250  4e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1720  benzoate transporter  39.11 
 
 		 392 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1555  benzoate transporter  39.11 
 
 		 392 aa  239  5.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1723  benzoate transporter  39.11 
 
 		 392 aa  238  9e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.26811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1736  benzoate transporter  38.85 
 
 		 392 aa  237  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0805  benzoate transporter  37.11 
 
 		 383 aa  237  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2115  benzoate transport protein, putative  37.63 
 
 		 383 aa  233  4.0000000000000004e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.63913  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03312  benzoate transporter  44.79 
 
 		 332 aa  233  5e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000811175  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2031  putative benzoate transport protein  37.63 
 
 		 647 aa  233  6e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3247  benzoate transport protein  37.53 
 
 		 394 aa  222  9e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.760281  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>