113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2416 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2416  transmembrane pair domain-containing protein  100 
 
 		 142 aa  286  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2263  transmembrane pair domain-containing protein  92.96 
 
 		 146 aa  268  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3512  transmembrane pair domain protein  90.85 
 
 		 146 aa  264  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3037  transmembrane pair domain-containing protein  84.17 
 
 		 147 aa  241  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1025  transmembrane pair domain protein  51.47 
 
 		 156 aa  153  7e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0789  transmembrane pair domain protein  49.26 
 
 		 177 aa  149  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.149154  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3587  hypothetical protein  50.71 
 
 		 169 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3256  transmembrane pair domain protein  48.53 
 
 		 154 aa  140  6e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0010771  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1331  putative transmembrane protein  47.14 
 
 		 158 aa  138  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2729  hypothetical protein  47.14 
 
 		 158 aa  138  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1443  transmembrane pair domain-containing protein  47.14 
 
 		 158 aa  138  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3358  transmembrane pair  49.28 
 
 		 159 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0242065  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3410  transmembrane pair domain-containing protein  52.14 
 
 		 150 aa  135  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3190  transmembrane pair domain protein  43.57 
 
 		 151 aa  134  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3253  transmembrane pair domain protein  43.57 
 
 		 151 aa  133  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0302797 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3239  transmembrane pair domain-containing protein  43.57 
 
 		 151 aa  133  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.722595  hitchhiker  0.00127863 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3173  transmembrane pair domain protein  43.57 
 
 		 151 aa  133  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3354  transmembrane pair domain-containing protein  42.86 
 
 		 151 aa  132  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4322  transmembrane pair  42.96 
 
 		 145 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3301  transmembrane pair domain-containing protein  42.03 
 
 		 152 aa  125  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1143  hypothetical protein  45.74 
 
 		 153 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2213  hypothetical protein  45.74 
 
 		 151 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1304  hypothetical protein  45.74 
 
 		 151 aa  124  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0698  hypothetical protein  45.74 
 
 		 151 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2532  hypothetical protein  45.74 
 
 		 151 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2082  hypothetical protein  45.74 
 
 		 151 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.120286  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0944  hypothetical protein  45.74 
 
 		 151 aa  123  8.000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.244377  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2711  transmembrane pair  46.43 
 
 		 177 aa  123  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.033662  normal  0.02743 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1151  hypothetical protein  44.96 
 
 		 151 aa  122  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.171517  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0923  transmembrane pair domain-containing protein  43.06 
 
 		 148 aa  122  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147874 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26850  hypothetical protein  42.65 
 
 		 171 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2274  hypothetical protein  42.75 
 
 		 156 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.316534  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4117  transmembrane pair domain protein  43.61 
 
 		 145 aa  118  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4004  transmembrane pair domain protein  43.61 
 
 		 145 aa  118  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.502959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2274  transmembrane pair domain-containing protein  42.03 
 
 		 148 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2392  transmembrane pair domain-containing protein  41.3 
 
 		 145 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2542  transmembrane pair domain-containing protein  42.45 
 
 		 149 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.4668 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1744  transmembrane pair  40.28 
 
 		 152 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.808651  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2356  transmembrane pair domain-containing protein  40.28 
 
 		 148 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2377  transmembrane pair domain-containing protein  40.58 
 
 		 148 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5695  hypothetical protein  40.97 
 
 		 148 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.516693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3488  transmembrane pair domain-containing protein  43.26 
 
 		 155 aa  110  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04790  hypothetical protein  42.4 
 
 		 145 aa  106  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791947  normal  0.0241492 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1150  transmembrane pair domain-containing protein  38.24 
 
 		 140 aa  106  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.177691  normal  0.0722868 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0461  membrane protein  40 
 
 		 169 aa  101  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.406706 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003832  hypothetical protein  37.23 
 
 		 152 aa  100  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3200  transmembrane pair  38.4 
 
 		 141 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5167  transmembrane pair domain-containing protein  38.4 
 
 		 141 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.120702  normal  0.846569 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5112  transmembrane pair domain-containing protein  38.4 
 
 		 141 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1725  transmembrane pair domain-containing protein  39.68 
 
 		 142 aa  93.6  9e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1826  transmembrane pair domain-containing protein  35.77 
 
 		 141 aa  93.2  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.239684  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4391  transmembrane pair domain-containing protein  40.16 
 
 		 145 aa  92.8  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.52144 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3487  transmembrane pair domain-containing protein  38.89 
 
 		 142 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125843  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01850  hypothetical protein  36.3 
 
 		 140 aa  92.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2251  transmembrane pair domain protein  38.1 
 
 		 142 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.389341  normal  0.485214 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1882  transmembrane pair domain-containing protein  38.1 
 
 		 142 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.285177  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0422  hypothetical protein  34.13 
 
 		 142 aa  90.5  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1343  transmembrane pair domain-containing protein  34.13 
 
 		 136 aa  90.5  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00249061  hitchhiker  0.0000928256 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2480  hypothetical protein  36 
 
 		 147 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3743  hypothetical protein  33.83 
 
 		 150 aa  88.2  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28430  hypothetical protein  36 
 
 		 147 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318843 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4339  transmembrane pair  36.51 
 
 		 146 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1348  transmembrane pair domain-containing protein  33.6 
 
 		 145 aa  85.5  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000078602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0621  hypothetical protein  35.71 
 
 		 138 aa  85.1  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0156  transmembrane pair domain protein  37.01 
 
 		 162 aa  84.3  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0566  transmembrane pair  36.72 
 
 		 149 aa  84  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0063  transmembrane pair domain-containing protein  38.64 
 
 		 147 aa  83.6  8e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0509  hypothetical protein  35.94 
 
 		 153 aa  83.2  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0285417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3338  transmembrane pair domain-containing protein  30.88 
 
 		 141 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0170  transmembrane pair domain protein  37.5 
 
 		 153 aa  82.8  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0196  transmembrane pair domain-containing protein  33.6 
 
 		 154 aa  82.4  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4292  transmembrane pair domain protein  37.1 
 
 		 154 aa  81.6  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.657806 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1959  transmembrane pair  33.85 
 
 		 146 aa  80.9  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.147892 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0403  transmembrane pair  37.9 
 
 		 151 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0138  transmembrane pair domain-containing protein  36.22 
 
 		 162 aa  80.5  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1694  transmembrane pair domain-containing protein  36 
 
 		 169 aa  79.7  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15630  predicted membrane protein  35.43 
 
 		 179 aa  79  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00366593  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2317  transmembrane pair domain-containing protein  40.94 
 
 		 143 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2489  transmembrane pair domain-containing protein  40.94 
 
 		 143 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00588447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0301  transmembrane protein  33.6 
 
 		 149 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3184  transmembrane pair domain-containing protein  32 
 
 		 144 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3328  transmembrane pair domain-containing protein  32 
 
 		 144 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1184  transmembrane pair domain protein  32 
 
 		 144 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4923  transmembrane pair domain-containing protein  36.51 
 
 		 146 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1406  membrane protein  30.71 
 
 		 143 aa  78.2  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3019  transmembrane pair  36.51 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5347  transmembrane pair domain-containing protein  36.51 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0209953  normal  0.410913 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5096  transmembrane pair domain protein  37.01 
 
 		 147 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4695  transmembrane pair domain-containing protein  34.92 
 
 		 146 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.262095 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5226  transmembrane pair domain-containing protein  35.71 
 
 		 146 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1137  transmembrane pair domain-containing protein  33.33 
 
 		 137 aa  77  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3447  transmembrane pair domain protein  41.27 
 
 		 143 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1243  hypothetical protein  34.92 
 
 		 136 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.548617 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2930  transmembrane pair domain-containing protein  38.4 
 
 		 143 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.47404  normal  0.248627 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0217  transmembrane pair domain-containing protein  34.75 
 
 		 164 aa  75.5  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5841  transmembrane pair domain-containing protein  34.88 
 
 		 147 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000571539 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3795  transmembrane pair domain-containing protein  35.82 
 
 		 140 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3382  transmembrane pair domain-containing protein  32.26 
 
 		 146 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1165  transmembrane pair domain protein  32.28 
 
 		 147 aa  70.9  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1038  transmembrane pair domain-containing protein  32.28 
 
 		 147 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0348543 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>