122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2241 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3662  decarboxylase family protein  98.69 
 
 		 457 aa  928    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.358077  normal  0.251066 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1909  decarboxylase family protein  87.47 
 
 		 457 aa  831    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0510531  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3498  hypothetical protein  87.09 
 
 		 468 aa  833    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.587252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3302  hypothetical protein  87.31 
 
 		 457 aa  831    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10730  hypothetical protein  85.49 
 
 		 461 aa  817    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0422  hypothetical protein  81.76 
 
 		 457 aa  783    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2067  hypothetical protein  98.69 
 
 		 457 aa  928    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.841023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0977  hypothetical protein  85.93 
 
 		 461 aa  820    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2241  hypothetical protein  100 
 
 		 457 aa  941    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2241  hypothetical protein  94.53 
 
 		 457 aa  887    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27090  hypothetical protein  85.56 
 
 		 457 aa  813    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.649053  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3091  decarboxylase family protein  61.67 
 
 		 454 aa  588  1e-167  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00268916  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004247  decarboxylase family protein  60.18 
 
 		 458 aa  576  1.0000000000000001e-163  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.124703  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1809  hypothetical protein  59.96 
 
 		 454 aa  577  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0421  hypothetical protein  59.38 
 
 		 457 aa  577  1.0000000000000001e-163  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.100113  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3650  hypothetical protein  60 
 
 		 460 aa  572  1.0000000000000001e-162  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1069  decarboxylase family protein  57.91 
 
 		 454 aa  565  1e-160  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3796  hypothetical protein  60.39 
 
 		 456 aa  565  1e-160  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.024661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01190  hypothetical protein  59.51 
 
 		 458 aa  561  1.0000000000000001e-159  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1290  hypothetical protein  57.72 
 
 		 451 aa  553  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.921441  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1377  hypothetical protein  58.76 
 
 		 462 aa  554  1e-156  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.152492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2783  hypothetical protein  58.17 
 
 		 451 aa  548  1e-155  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.241401  normal  0.0251261 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2715  hypothetical protein  57.94 
 
 		 451 aa  546  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.715742  normal  0.0118371 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1372  hypothetical protein  57.05 
 
 		 451 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1358  hypothetical protein  57.27 
 
 		 451 aa  548  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1397  hypothetical protein  57.05 
 
 		 451 aa  547  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.262603  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2987  hypothetical protein  57.27 
 
 		 451 aa  548  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000362342 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1550  hypothetical protein  57.94 
 
 		 451 aa  544  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3174  hypothetical protein  55.88 
 
 		 454 aa  543  1e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0695  hypothetical protein  55.13 
 
 		 452 aa  543  1e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.360136  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2885  hypothetical protein  57.49 
 
 		 451 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2775  hypothetical protein  54.59 
 
 		 450 aa  540  9.999999999999999e-153  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.10624 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0931  hypothetical protein  55.65 
 
 		 454 aa  538  9.999999999999999e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01319  decarboxylase family protein  57.08 
 
 		 461 aa  540  9.999999999999999e-153  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.12391  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2775  hypothetical protein  56.73 
 
 		 454 aa  537  1e-151  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3373  hypothetical protein  55.43 
 
 		 454 aa  535  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.245822  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1003  putative decarboxylase  54.32 
 
 		 454 aa  531  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0026607  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3801  hypothetical protein  55.68 
 
 		 454 aa  534  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.121315  hitchhiker  0.00000603572 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3156  hypothetical protein  54.32 
 
 		 454 aa  531  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1056  hypothetical protein  54.32 
 
 		 454 aa  531  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2990  hypothetical protein  54.53 
 
 		 457 aa  528  1e-149  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3192  lysine decarboxylase family protein  55.43 
 
 		 454 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3176  lysine decarboxylase family protein  55.43 
 
 		 454 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.133947  normal  0.691033 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3129  lysine decarboxylase family protein  55.43 
 
 		 454 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.325789  normal  0.436667 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3111  lysine decarboxylase family protein  55.43 
 
 		 454 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.113256  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3291  lysine decarboxylase family protein  55.43 
 
 		 454 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3248  hypothetical protein  54.77 
 
 		 454 aa  525  1e-148  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.322877  normal  0.240176 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02640  hypothetical protein  54.55 
 
 		 454 aa  524  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0893  conserved hypothetical protein  54.55 
 
 		 454 aa  524  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0746871  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2557  hypothetical protein  56.95 
 
 		 451 aa  523  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2755  hypothetical protein  57.24 
 
 		 450 aa  524  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0317572 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2939  hypothetical protein  54.55 
 
 		 454 aa  524  1e-147  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.275577  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3100  hypothetical protein  54.55 
 
 		 454 aa  524  1e-147  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.484247  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2975  hypothetical protein  57.49 
 
 		 450 aa  523  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.202766  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0917  hypothetical protein  54.55 
 
 		 454 aa  524  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2935  hypothetical protein  54.55 
 
 		 454 aa  523  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.153502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3077  hypothetical protein  54.32 
 
 		 454 aa  522  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.465683  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02602  hypothetical protein  54.55 
 
 		 454 aa  524  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4059  hypothetical protein  54.55 
 
 		 454 aa  524  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267999  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3537  lysine decarboxylase family protein  54.57 
 
 		 448 aa  520  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2419  hypothetical protein  58.39 
 
 		 451 aa  520  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.425927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1708  hypothetical protein  55.48 
 
 		 464 aa  519  1e-146  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3459  hypothetical protein  55.33 
 
 		 450 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1770  hypothetical protein  55.51 
 
 		 464 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1882  hypothetical protein  52.89 
 
 		 457 aa  505  9.999999999999999e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000892818  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03047  hypothetical protein  54.59 
 
 		 454 aa  504  9.999999999999999e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0303345  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0850  hypothetical protein  52.23 
 
 		 460 aa  501  1e-141  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0350692  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3310  hypothetical protein  54.44 
 
 		 450 aa  503  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0029835 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3194  hypothetical protein  54.04 
 
 		 451 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4084  hypothetical protein  31.25 
 
 		 275 aa  56.2  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3662  hypothetical protein  27.27 
 
 		 263 aa  55.8  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0914373  normal  0.810533 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3064  hypothetical protein  24.2 
 
 		 342 aa  52.8  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00713435  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0682  putative DNA uptake protein  28.77 
 
 		 313 aa  53.1  0.00001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2461  hypothetical protein  30.33 
 
 		 220 aa  52  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000124566  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2426  lysine decarboxylase family protein  27 
 
 		 249 aa  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3314  hypothetical protein  27.81 
 
 		 270 aa  51.6  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.686515  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1082  hypothetical protein  25.71 
 
 		 225 aa  51.6  0.00003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.396045  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4048  hypothetical protein  24.88 
 
 		 266 aa  50.8  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2520  hypothetical protein  29.6 
 
 		 236 aa  50.4  0.00006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.220081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1849  hypothetical protein  25.15 
 
 		 245 aa  50.8  0.00006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1555  hypothetical protein  25.83 
 
 		 273 aa  50.4  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1267  hypothetical protein  22.44 
 
 		 342 aa  48.9  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.13698e-16  decreased coverage  0.00000000000243562 
 
 
 
NC_008554  Sfum_1863  hypothetical protein  30.71 
 
 		 217 aa  48.5  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.9915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3081  hypothetical protein  28.93 
 
 		 243 aa  48.9  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255019 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2839  hypothetical protein  32.74 
 
 		 271 aa  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0977  hypothetical protein  29.76 
 
 		 268 aa  48.5  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.213763  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3710  hypothetical protein  23.32 
 
 		 351 aa  48.5  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000239361  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19460  conserved hypothetical protein, DprA/Smf-related, family 2  30.34 
 
 		 288 aa  48.1  0.0004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0125018 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0868  conserved hypothetical protein TIGR00730  28.57 
 
 		 266 aa  47.8  0.0005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1207  hypothetical protein  28.35 
 
 		 197 aa  47.4  0.0005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3030  hypothetical protein  24.72 
 
 		 235 aa  47.4  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.862157  hitchhiker  0.00666776 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7947  hypothetical protein  27.06 
 
 		 259 aa  47.4  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2928  hypothetical protein  28.07 
 
 		 263 aa  47  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00045368 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4300  hypothetical protein  26.73 
 
 		 262 aa  46.2  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.336059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0774  hypothetical protein  27.94 
 
 		 255 aa  46.2  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0464  hypothetical protein  28.36 
 
 		 235 aa  46.2  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0709  hypothetical protein  26.24 
 
 		 259 aa  45.8  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6911  hypothetical protein  25.97 
 
 		 261 aa  45.4  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.135288  normal  0.167118 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3379  hypothetical protein  26.77 
 
 		 260 aa  45.4  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.063845 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3751  hypothetical protein  28.24 
 
 		 283 aa  45.8  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0136365  normal  0.197215 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>