More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2165 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3741  penicillin-binding protein 2  97.3 
 
 
631 aa  1242    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4807  penicillin-binding protein 2  72.1 
 
 
629 aa  933    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0974911 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2165  penicillin-binding protein 2  100 
 
 
655 aa  1348    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.574544 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2509  penicillin-binding protein  76.67 
 
 
629 aa  1007    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.741152  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4825  penicillin-binding protein  72.76 
 
 
631 aa  931    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.436079  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2022  peptidoglycan glycosyltransferase  94.95 
 
 
667 aa  1244    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.238074  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2313  peptidoglycan glycosyltransferase  77.46 
 
 
629 aa  1013    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.124317  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4365  peptidoglycan glycosyltransferase  72.6 
 
 
631 aa  927    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.710659  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1106  penicillin-binding protein 2  69.84 
 
 
646 aa  892    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.906879  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3903  peptidoglycan glycosyltransferase  75.91 
 
 
630 aa  988    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4970  peptidoglycan glycosyltransferase  70.83 
 
 
631 aa  917    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3060  penicillin-binding protein 2  94.13 
 
 
630 aa  1204    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569181  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3798  peptidoglycan glycosyltransferase  67.41 
 
 
630 aa  892    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.624413  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4682  peptidoglycan glycosyltransferase  72.1 
 
 
629 aa  932    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0614  penicillin-binding protein 2  71.75 
 
 
629 aa  941    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12060  penicillin-binding protein 2  69.84 
 
 
646 aa  871    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4860  penicillin-binding protein 2  71.38 
 
 
629 aa  938    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493297  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08390  Peptidoglycan glycosyltransferase  64.94 
 
 
640 aa  823    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.630549  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1545  peptidoglycan glycosyltransferase  49.76 
 
 
633 aa  584  1.0000000000000001e-165  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00213347  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2413  peptidoglycan glycosyltransferase  46.04 
 
 
632 aa  563  1.0000000000000001e-159  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0462384  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2494  peptidoglycan glycosyltransferase  44.69 
 
 
645 aa  555  1e-156  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3341  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase / peptidoglycan glycosyltransferase  45.94 
 
 
619 aa  550  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.198786  normal  0.0253146 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2711  Peptidoglycan glycosyltransferase  47.39 
 
 
618 aa  542  1e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.307804  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3317  peptidoglycan glycosyltransferase  44.69 
 
 
618 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000142864  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3453  peptidoglycan glycosyltransferase  44.69 
 
 
618 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00243084  hitchhiker  0.00384932 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3275  peptidoglycan glycosyltransferase  44.69 
 
 
618 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000207443  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1092  penicillin-binding protein 2  44.69 
 
 
618 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000952492  hitchhiker  0.000000109983 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2869  peptidoglycan glycosyltransferase  44.3 
 
 
618 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000124923  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2935  peptidoglycan glycosyltransferase  44.78 
 
 
627 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0357968  normal  0.0108979 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0991  peptidoglycan glycosyltransferase  44.21 
 
 
618 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000594498  normal  0.0491088 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1056  peptidoglycan glycosyltransferase  44.21 
 
 
618 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0906078  hitchhiker  0.0072323 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0995  peptidoglycan glycosyltransferase  44.37 
 
 
618 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000900115  normal  0.206093 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1168  penicillin-binding protein 2  44.14 
 
 
618 aa  535  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2588  peptidoglycan glycosyltransferase  42.72 
 
 
610 aa  535  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0301777  normal  0.34105 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0103  penicillin-binding protein 2  48.68 
 
 
611 aa  531  1e-149  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1135  transcriptional regulator, Fis family protein  42.21 
 
 
628 aa  531  1e-149  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0373953  normal  0.889933 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2848  peptidoglycan glycosyltransferase  43.26 
 
 
626 aa  525  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.209414  hitchhiker  0.000000241166 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0699  peptidoglycan glycosyltransferase  43.73 
 
 
618 aa  528  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00364586  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1974  penicillin-binding protein 2  48.03 
 
 
626 aa  522  1e-147  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3485  peptidoglycan glycosyltransferase  44.14 
 
 
618 aa  524  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000075861  unclonable  0.000000000100578 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1560  peptidoglycan glycosyltransferase  42.77 
 
 
643 aa  523  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3708  penicillin-binding protein 2  42.97 
 
 
610 aa  519  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000241854  decreased coverage  0.000000426063 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0172  peptidoglycan glycosyltransferase  46.71 
 
 
630 aa  521  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.82525  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0855  peptidoglycan glycosyltransferase  43.41 
 
 
618 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000272636  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01217  cell division protein FtsI/penicillin-binding protein 2  42.68 
 
 
641 aa  517  1.0000000000000001e-145  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01657  cell elongation-specific transpeptidase of penicillin-binding protein 2 (peptidoglycan synthetase)  43.79 
 
 
637 aa  517  1.0000000000000001e-145  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.530513  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3149  peptidoglycan glycosyltransferase  43.79 
 
 
618 aa  512  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000790878  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0321  peptidoglycan glycosyltransferase  43.53 
 
 
637 aa  515  1e-144  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.277376  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1715  penicillin-binding protein  42.45 
 
 
652 aa  509  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1563  peptidoglycan glycosyltransferase  42.11 
 
 
664 aa  509  1e-143  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.167338  normal  0.439071 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004222  penicillin-binding protein 2 (PBP-2)  42.88 
 
 
638 aa  511  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000026113  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0317  peptidoglycan glycosyltransferase  44.94 
 
 
646 aa  511  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3021  penicillin-binding protein 2  42.22 
 
 
631 aa  503  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00366199  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1849  penicillin-binding protein 2  42.05 
 
 
631 aa  502  1e-141  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1745  peptidoglycan glycosyltransferase  42.6 
 
 
662 aa  504  1e-141  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.371842  normal  0.361926 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1329  penicillin-binding protein 2  43.65 
 
 
617 aa  498  1e-140  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1326  penicillin-binding protein 2  44 
 
 
617 aa  501  1e-140  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0800  peptidoglycan glycosyltransferase  42.16 
 
 
678 aa  501  1e-140  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0101369  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2949  penicillin-binding protein 2  42.22 
 
 
631 aa  501  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.151032  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0473  penicillin-binding protein 2  41.44 
 
 
638 aa  492  9.999999999999999e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0538731  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0664  penicillin-binding protein  41.5 
 
 
612 aa  493  9.999999999999999e-139  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000164685  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1513  cell elongation specific D,D-transpeptidase  41.67 
 
 
615 aa  494  9.999999999999999e-139  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0564593  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0742  penicillin-binding protein 2  42.35 
 
 
633 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.302066  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0756  penicillin-binding protein 2  42.35 
 
 
633 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.151758  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0800  penicillin-binding protein 2  42.35 
 
 
633 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.590609  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0696  penicillin-binding protein 2  42.35 
 
 
633 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.982712  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1181  penicillin-binding protein 2  42.06 
 
 
634 aa  489  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.142913  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3920  peptidoglycan glycosyltransferase  43.09 
 
 
673 aa  490  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0616  penicillin-binding protein 2  42.35 
 
 
633 aa  489  1e-137  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000054384  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0682  penicillin-binding protein 2  42.35 
 
 
633 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000220235  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0985  penicillin-binding protein 2  41.33 
 
 
625 aa  491  1e-137  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1092  penicillin-binding protein 2  41.84 
 
 
634 aa  491  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00604  transpeptidase involved in peptidoglycan synthesis (penicillin-binding protein 2)  42.35 
 
 
633 aa  488  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0219544  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2991  penicillin-binding protein 2  42.35 
 
 
633 aa  488  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000298209  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0113  peptidoglycan glycosyltransferase  42.5 
 
 
636 aa  487  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00593  hypothetical protein  42.35 
 
 
633 aa  488  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0186683  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3010  penicillin-binding protein 2  42.35 
 
 
633 aa  488  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000210034  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0655  penicillin-binding protein 2  42.35 
 
 
633 aa  488  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000471681  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1170  penicillin-binding protein 2  42.18 
 
 
633 aa  485  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.117814  normal  0.171214 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0724  penicillin-binding protein 2  42.35 
 
 
633 aa  488  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000167121  normal  0.141878 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0661  penicillin-binding protein 2  42.35 
 
 
633 aa  488  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000749016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0687  penicillin-binding protein 2  42.35 
 
 
633 aa  488  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000614363  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3150  penicillin-binding protein 2  42.06 
 
 
634 aa  488  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0887106  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0178  putative penicillin-binding protein  41.8 
 
 
809 aa  483  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0159  penicillin-binding protein 2  41.42 
 
 
802 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.799571  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0363  penicillin-binding protein 2  41.8 
 
 
803 aa  483  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6464  peptidoglycan glycosyltransferase  41.56 
 
 
761 aa  485  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2371  penicillin-binding protein 2  41.42 
 
 
802 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.4187  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0143  penicillin-binding protein 2  41.77 
 
 
802 aa  485  1e-135  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0145949  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1271  penicillin-binding protein 2  44.14 
 
 
627 aa  483  1e-135  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2291  penicillin-binding protein 2  41.42 
 
 
802 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.396249  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1201  penicillin-binding protein 2  41.32 
 
 
631 aa  483  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.621118  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2788  penicillin-binding protein 2  41.42 
 
 
802 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0167  putative penicillin-binding protein  41.35 
 
 
803 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.900799  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2964  penicillin-binding protein 2  41.16 
 
 
636 aa  480  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2499  peptidoglycan glycosyltransferase  41.48 
 
 
765 aa  482  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3129  penicillin-binding protein 2  41.48 
 
 
760 aa  481  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3113  peptidoglycan glycosyltransferase  41.48 
 
 
765 aa  482  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.527872  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3168  peptidoglycan glycosyltransferase  41.32 
 
 
764 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00456215  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1607  peptidoglycan glycosyltransferase  43.53 
 
 
650 aa  476  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.188503  normal  0.818335 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>