More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1907 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2305  patatin  97.4 
 
 		 348 aa  692    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00029553 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1907  patatin  100 
 
 		 346 aa  706    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.331125  hitchhiker  0.00000758802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1747  patatin  93.06 
 
 		 346 aa  671    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000400605 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3464  patatin  97.11 
 
 		 346 aa  689    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000102358 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4027  patatin  87.72 
 
 		 345 aa  609  1e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.353324  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43300  hypothetical protein  75.8 
 
 		 345 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.882188  normal  0.835077 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3633  hypothetical protein  75.51 
 
 		 345 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.320568  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2456  patatin  76.45 
 
 		 336 aa  530  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10170  FabD/lysophospholipase-like protein  69.01 
 
 		 329 aa  464  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.280701  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1570  patatin  46.8 
 
 		 360 aa  308  1.0000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2469  patatin  46.38 
 
 		 347 aa  298  1e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.504238  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2126  patatin  42.77 
 
 		 304 aa  266  5e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.375829  hitchhiker  0.00774444 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2071  Patatin  41.57 
 
 		 325 aa  251  2e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.157936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11081  hypothetical protein  42.09 
 
 		 360 aa  250  3e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000132492  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4392  patatin  38.48 
 
 		 344 aa  241  1e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4170  patatin  38.48 
 
 		 344 aa  241  1e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.300364  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4236  patatin  38.48 
 
 		 344 aa  241  1e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.478955 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4687  patatin  39.02 
 
 		 333 aa  238  1e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.257253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1481  Patatin  39.66 
 
 		 339 aa  236  3e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.018305  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0488  patatin  35.78 
 
 		 313 aa  223  4.9999999999999996e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000268881  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2030  patatin  39.14 
 
 		 333 aa  219  6e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.220697 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2826  patatin-like phospholipase family protein  45.75 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1844  patatin-like protein of phospholipase family protein  36.09 
 
 		 291 aa  204  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.164556 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2188  putative phospholipase  50.28 
 
 		 293 aa  199  7e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2995  patatin  51.09 
 
 		 326 aa  195  1e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1593  Patatin  50.27 
 
 		 340 aa  193  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4504  patatin  48.73 
 
 		 293 aa  192  8e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1469  patatin  32.65 
 
 		 323 aa  179  4.999999999999999e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.434308  normal  0.0917321 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02066  Alpha-beta superfamily hydrolase  32.18 
 
 		 341 aa  179  5.999999999999999e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.191393  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1274  hypothetical protein  32.94 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136358 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2451  patatin  33.63 
 
 		 343 aa  176  6e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000295185 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2202  hypothetical protein  31.42 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1719  hypothetical protein  32.05 
 
 		 314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00963629  normal  0.824632 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1907  hypothetical protein  32.05 
 
 		 314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.163252  normal  0.264575 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1383  hypothetical protein  32.05 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.117761  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01210  hypothetical protein  32.05 
 
 		 314 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.287845  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2415  Patatin  32.05 
 
 		 314 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000138692  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01220  hypothetical protein  32.05 
 
 		 314 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.237609  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2393  hypothetical protein  32.05 
 
 		 314 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000191972 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2444  patatin  33.03 
 
 		 312 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1399  hypothetical protein  32.05 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1342  hypothetical protein  32.05 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00416031  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0455  patatin  32.93 
 
 		 323 aa  171  1e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1673  Patatin  31.95 
 
 		 316 aa  170  4e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.797589  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2279  hypothetical protein  30.09 
 
 		 303 aa  170  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1960  hypothetical protein  32.16 
 
 		 300 aa  170  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2082  patatin  31.66 
 
 		 316 aa  168  1e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00726346  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2309  hypothetical protein  39.73 
 
 		 300 aa  169  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1014  hypothetical protein  40.76 
 
 		 292 aa  167  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2063  patatin  31.75 
 
 		 327 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.340331  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0981  hypothetical protein  40.76 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1881  hypothetical protein  30.86 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.256375  normal  0.486913 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1574  hypothetical protein  30.86 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1391  hypothetical protein  30.86 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.4061  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1887  hypothetical protein  30.86 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.261271  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3593  patatin  32.04 
 
 		 335 aa  166  5e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0017391  normal  0.0781992 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1944  hypothetical protein  30.86 
 
 		 301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0963  hypothetical protein  32.22 
 
 		 335 aa  164  3e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12534  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2884  Patatin  34.9 
 
 		 315 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1978  hypothetical protein  29.45 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5212  hypothetical protein  32.16 
 
 		 343 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0388322 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2623  patatin  34.14 
 
 		 328 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0385483  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5557  patatin  32.15 
 
 		 323 aa  162  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5123  Patatin  31.55 
 
 		 354 aa  160  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1418  patatin  44.63 
 
 		 333 aa  159  6e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.84629  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1793  patatin  34.29 
 
 		 343 aa  159  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.810977 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0457  patatin  31.38 
 
 		 322 aa  159  9e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.98723  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4178  patatin  31.86 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.222124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2711  hypothetical protein  29.2 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.415635  hitchhiker  0.000234517 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0164  patatin  30.21 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3052  patatin  31.33 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.443611  normal  0.0107165 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2697  Patatin  32.52 
 
 		 315 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00646422  hitchhiker  0.0000697088 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1683  patatin  32.52 
 
 		 315 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.234772  normal  0.666571 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1646  patatin  32.52 
 
 		 315 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.183698  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1661  patatin  32.52 
 
 		 315 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3119  Patatin  32.11 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0057  hypothetical protein  31.42 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2605  patatin  43.09 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1538  patatin  43.46 
 
 		 320 aa  149  5e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.546797  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2662  patatin  31.02 
 
 		 368 aa  149  6e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.31003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1595  patatin  30.96 
 
 		 310 aa  149  6e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.613745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3230  patatin  30.15 
 
 		 352 aa  149  7e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.000670188  normal  0.378234 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1647  patatin  32.7 
 
 		 373 aa  149  9e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2836  hypothetical protein  42.55 
 
 		 315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2443  patatin  43.09 
 
 		 315 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2513  patatin  43.09 
 
 		 315 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191978 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1324  patatin  28.7 
 
 		 348 aa  147  3e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0353  Patatin  30.65 
 
 		 321 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.016762 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2160  patatin  42.7 
 
 		 314 aa  146  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18662  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1077  hypothetical protein  42.7 
 
 		 315 aa  146  6e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1043  hypothetical protein  42.7 
 
 		 315 aa  146  6e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.175435  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2155  patatin  28.91 
 
 		 345 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0598189 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3892  Patatin  28.91 
 
 		 343 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1553  Patatin  31.93 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2928  putative patatin-like phospholipase  31.93 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.793052  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3270  patatin  28.91 
 
 		 390 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00368888 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1002  patatin  30.38 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1650  patatin  27.75 
 
 		 347 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2263  patatin  30.99 
 
 		 352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.622551  normal  0.202768 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2538  Patatin  30.7 
 
 		 352 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.54485 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>