182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1825 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1825  hypothetical protein  100 
 
 
145 aa  281  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272987  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2202  hypothetical protein  97.24 
 
 
145 aa  271  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3535  hypothetical protein  96.55 
 
 
145 aa  270  6e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1852  hypothetical protein  93.79 
 
 
145 aa  266  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00707673 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0684  membrane protein-like protein  72.26 
 
 
145 aa  183  7e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.766912 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2552  hypothetical protein  70.07 
 
 
144 aa  183  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.945039 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4281  hypothetical protein  67.63 
 
 
146 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2244  membrane protein-like protein  66.67 
 
 
146 aa  179  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0054372  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28510  hypothetical protein  65.52 
 
 
147 aa  173  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173571 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0335  hypothetical protein  63.12 
 
 
142 aa  172  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2487  hypothetical protein  65.44 
 
 
147 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4193  membrane protein-like protein  61.48 
 
 
143 aa  158  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.194091  normal  0.36355 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3715  membrane protein-like protein  61.48 
 
 
143 aa  158  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3220  membrane protein-like protein  59.26 
 
 
143 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.55153 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5166  membrane protein  63.72 
 
 
146 aa  155  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4069  membrane protein-like  59.26 
 
 
143 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4297  membrane protein-like protein  59.26 
 
 
143 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1716  membrane protein-like  57.86 
 
 
143 aa  154  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5610  SNARE associated Golgi protein  60.74 
 
 
144 aa  152  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.407349 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4308  membrane protein-like protein  56.83 
 
 
143 aa  149  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.266341 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2940  hypothetical protein  54.55 
 
 
143 aa  139  9e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3649  membrane protein-like protein  62.75 
 
 
116 aa  136  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.593494 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3229  transmembrane protein  54.62 
 
 
167 aa  136  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.588156  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2405  hypothetical protein  50.36 
 
 
145 aa  128  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01067  membrane protein-like protein  51.56 
 
 
132 aa  126  8.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0101097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0933  transmembrane protein  57.5 
 
 
145 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.590035 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0190  uncharacterized membrane-associated protein  48.18 
 
 
171 aa  124  5e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.421654  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0229  hypothetical protein  50.75 
 
 
143 aa  124  6e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2259  transmembrane protein  57.5 
 
 
145 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.867153  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2237  membrane protein-like protein  56.67 
 
 
145 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.564662  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0287  hypothetical protein  50.86 
 
 
140 aa  110  8.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1466  hypothetical protein  40.3 
 
 
144 aa  108  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412345  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2147  putative integral membrane protein  45.45 
 
 
139 aa  107  4.0000000000000004e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.864762  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1381  membrane protein-like protein  44.2 
 
 
146 aa  107  5e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0353  hypothetical protein  43.07 
 
 
148 aa  101  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6818  SNARE associated Golgi protein  37.5 
 
 
160 aa  100  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3561  hypothetical protein  42.25 
 
 
141 aa  98.6  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0020  SNARE associated Golgi protein  48.48 
 
 
153 aa  97.4  5e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2017  hypothetical protein  40.6 
 
 
151 aa  97.1  7e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0715199  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1225  hypothetical protein  40.27 
 
 
140 aa  97.1  7e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1779  SNARE associated Golgi protein  44.62 
 
 
144 aa  97.1  8e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.380295  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3262  hypothetical protein  40.85 
 
 
141 aa  97.1  8e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.175834  normal  0.086413 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3328  SNARE associated Golgi protein  41.67 
 
 
140 aa  96.7  9e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111498 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1070  hypothetical protein  40.85 
 
 
142 aa  96.7  9e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0381  SNARE associated Golgi protein  46.27 
 
 
162 aa  96.3  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.129917  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002528  hypothetical protein  40.56 
 
 
153 aa  95.9  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1130  hypothetical protein  40.85 
 
 
141 aa  95.9  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1096  hypothetical protein  40.85 
 
 
141 aa  95.9  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.528904  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1029  hypothetical protein  40.85 
 
 
141 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0345  hypothetical protein  45.26 
 
 
147 aa  95.1  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.141714  hitchhiker  0.00000000000399194 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1056  hypothetical protein  43.26 
 
 
138 aa  94.7  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.58639 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1034  hypothetical protein  36.62 
 
 
141 aa  95.1  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03488  hypothetical protein  41.67 
 
 
153 aa  95.1  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0493  hypothetical protein  44.96 
 
 
134 aa  94.7  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0030  membrane protein-like protein  42.54 
 
 
153 aa  94.7  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0561299  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3064  hypothetical protein  40.85 
 
 
141 aa  94.4  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1327  hypothetical protein  38.03 
 
 
140 aa  94  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0199997 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2982  hypothetical protein  40.14 
 
 
141 aa  93.6  8e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3162  hypothetical protein  39.86 
 
 
141 aa  92.8  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3169  hypothetical protein  44.6 
 
 
142 aa  92  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0441375  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0641  inner membrane protein  42.03 
 
 
143 aa  91.3  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.346096  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02544  conserved inner membrane protein  43.48 
 
 
142 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0995  conserved hypothetical protein  43.48 
 
 
142 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000205167  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3935  hypothetical protein  43.48 
 
 
142 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.809511 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02509  hypothetical protein  43.48 
 
 
142 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0129195  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2811  hypothetical protein  43.48 
 
 
142 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000161283  hitchhiker  0.000505734 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1018  hypothetical protein  43.48 
 
 
142 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0859423  hitchhiker  0.00416875 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0986  hypothetical protein  36.62 
 
 
142 aa  90.1  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000995466  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0846  hypothetical protein  41.38 
 
 
142 aa  89.4  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797425  hitchhiker  0.00000218061 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2825  hypothetical protein  43.48 
 
 
142 aa  89.4  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000883213  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4633  hypothetical protein  38.81 
 
 
156 aa  89  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2910  hypothetical protein  40.85 
 
 
181 aa  89.4  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2972  hypothetical protein  43.48 
 
 
142 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000189151  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1579  hypothetical protein  38.57 
 
 
156 aa  88.6  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49497  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3614  membrane protein-like protein  40.44 
 
 
149 aa  87.4  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3187  hypothetical protein  42.75 
 
 
142 aa  87  7e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000058062  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3548  membrane protein-like protein  40.44 
 
 
149 aa  86.3  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0487  putative transmembrane protein  39.31 
 
 
160 aa  86.7  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.528398  normal  0.0272623 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3361  hypothetical protein  38.4 
 
 
160 aa  85.5  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.276443  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2938  hypothetical protein  45.16 
 
 
141 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000195475  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2969  hypothetical protein  45.16 
 
 
141 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0101702  hitchhiker  0.00077012 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3004  hypothetical protein  45.16 
 
 
141 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.055399  hitchhiker  0.00004287 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3021  hypothetical protein  45.16 
 
 
141 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0161641  hitchhiker  0.00000846709 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1129  hypothetical protein  40 
 
 
162 aa  84.3  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0566076  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0892  hypothetical protein  41.3 
 
 
142 aa  84.3  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000438982  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3370  hypothetical protein  41.3 
 
 
142 aa  84.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000974791  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3587  hypothetical protein  38.73 
 
 
202 aa  84.3  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.428384 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3235  hypothetical protein  41.3 
 
 
142 aa  84.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000052813  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3878  hypothetical protein  41.84 
 
 
140 aa  82  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0892  hypothetical protein  40 
 
 
160 aa  82.4  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.241646 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3128  hypothetical protein  44.35 
 
 
141 aa  81.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00306238  normal  0.0197186 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3029  hypothetical protein  41.41 
 
 
181 aa  81.6  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.332295 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0328  putative transmembrane protein  35.93 
 
 
193 aa  80.5  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1561  hypothetical protein  36 
 
 
178 aa  80.1  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3208  hypothetical protein  38.69 
 
 
142 aa  79.3  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000592602  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0343  hypothetical protein  35.93 
 
 
193 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.38894  normal  0.477555 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1119  hypothetical protein  39.42 
 
 
142 aa  79.3  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000563823  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3374  hypothetical protein  35.71 
 
 
138 aa  79.3  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0535  putative transmembrane protein  36.23 
 
 
160 aa  78.2  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1217  hypothetical protein  38.41 
 
 
144 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.323612  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>