More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1796 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1796  aminotransferase class-III  100 
 
 
436 aa  879    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.904494  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5426  aminotransferase class-III  63.33 
 
 
442 aa  545  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341099  normal  0.107268 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0414  aminotransferase  62.74 
 
 
416 aa  526  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5225  aminotransferase class-III  61.85 
 
 
427 aa  526  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.502422  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2538  aminotransferase class-III  58.21 
 
 
434 aa  489  1e-137  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.043195  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3214  aminotransferase class-III  59.18 
 
 
433 aa  487  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2224  aminotransferase class-III  57.97 
 
 
434 aa  486  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0982  aminotransferase class-III  63.72 
 
 
436 aa  475  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1957  aminotransferase class-III  60.97 
 
 
436 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.796788  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0312  aminotransferase  60.74 
 
 
436 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1546  aminotransferase class-III  51.49 
 
 
448 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.634671  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2916  aminotransferase class-III  51.61 
 
 
448 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5905  aminotransferase class-III  52.29 
 
 
465 aa  449  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3009  aminotransferase  54.57 
 
 
443 aa  451  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2498  aminotransferase class-III  50.8 
 
 
446 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1272  aminotransferase class-III  52.58 
 
 
424 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0048  aminotransferase class-III  49.89 
 
 
458 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0067  aminotransferase class-III  50 
 
 
447 aa  435  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2403  aminotransferase class-III  50 
 
 
447 aa  437  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.634591  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4354  aminotransferase  50.94 
 
 
427 aa  419  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4438  aminotransferase class-III  52.35 
 
 
427 aa  414  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0985724  normal  0.717239 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1165  aminotransferase, class III  50.93 
 
 
427 aa  409  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1377  aminotransferase  45.65 
 
 
429 aa  370  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.427783  normal  0.27217 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3361  hypothetical protein  45.27 
 
 
1015 aa  359  4e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2397  hypothetical protein  45.27 
 
 
1015 aa  360  4e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.584295  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3343  aminotransferase class-III  49.51 
 
 
413 aa  358  9.999999999999999e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.65062 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2601  hypothetical protein  44.8 
 
 
1015 aa  356  5e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.338016  normal  0.0406059 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0891  hypothetical protein  44.05 
 
 
1049 aa  349  5e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0949  hypothetical protein  43.81 
 
 
1023 aa  347  2e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1405  hypothetical protein  43.57 
 
 
1016 aa  345  1e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.920355  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2246  aminotransferase class-III  46.89 
 
 
978 aa  339  5e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256947  normal  0.907649 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2578  hypothetical protein  42.52 
 
 
1018 aa  330  2e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.54149  normal  0.14969 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3387  hypothetical protein  40 
 
 
1003 aa  306  6e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276595  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2711  hypothetical protein  40 
 
 
994 aa  288  1e-76  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0583099  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4321  hypothetical protein  38.16 
 
 
981 aa  284  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.212999 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4610  hypothetical protein  36.45 
 
 
977 aa  280  3e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.102283  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4091  hypothetical protein  37.93 
 
 
981 aa  280  4e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.565558  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4167  hypothetical protein  37.93 
 
 
981 aa  280  4e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.989146  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4943  hypothetical protein  36.24 
 
 
966 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.870078  hitchhiker  0.0000072077 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4934  hypothetical protein  36.71 
 
 
970 aa  276  5e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5395  aminotransferase, class III  36.94 
 
 
970 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_52110  hypothetical protein  41.03 
 
 
427 aa  273  3e-72  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4154  hypothetical protein  36.64 
 
 
910 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1713  hypothetical protein  36.41 
 
 
976 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3725  hypothetical protein  36.17 
 
 
976 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2095  hypothetical protein  35.51 
 
 
967 aa  266  4e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.174405 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6010  hypothetical protein  37.16 
 
 
974 aa  261  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4205  hypothetical protein  34.88 
 
 
973 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4495  hypothetical protein  35.2 
 
 
973 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0290  hypothetical protein  35.53 
 
 
970 aa  258  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0622  aminotransferase class-III  39.05 
 
 
448 aa  256  7e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.570795  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2580  hypothetical protein  36.47 
 
 
975 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0941  aminotransferase class-III  37.5 
 
 
431 aa  247  3e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.224071  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14780  4-aminobutyrate aminotransferase  35.14 
 
 
437 aa  246  4.9999999999999997e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0220  aminotransferase  36.21 
 
 
436 aa  228  2e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0566  4-aminobutyrate aminotransferase  32.32 
 
 
428 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4970  aminotransferase class-III  30.88 
 
 
431 aa  191  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.260445  normal  0.117498 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2104  aminotransferase class-III  31.72 
 
 
430 aa  190  4e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.939975  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4758  Acetylornithine transaminase  35.06 
 
 
418 aa  189  9e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.569005 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5089  aminotransferase class-III  33.74 
 
 
451 aa  189  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.447769  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0700  aminotransferase class-III  32.91 
 
 
421 aa  185  2.0000000000000003e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3215  aminotransferase class-III  33.02 
 
 
436 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.26914  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1957  4-aminobutyrate aminotransferase  31.44 
 
 
427 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1030  aminotransferase class-III  30.63 
 
 
431 aa  179  7e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0606808 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2754  4-aminobutyrate aminotransferase  30.14 
 
 
445 aa  178  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1757  aminotransferase  32.84 
 
 
425 aa  176  6e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.744583  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1947  aminotransferase  29.81 
 
 
433 aa  176  9e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30190  aminotransferase  32.19 
 
 
419 aa  176  9.999999999999999e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.168399  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2993  aminotransferase class-III  33.02 
 
 
436 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3926  aminotransferase class-III  30.34 
 
 
442 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3380  aminotransferase class-III  30.71 
 
 
431 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.130996  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0539  4-aminobutyrate aminotransferase  30.59 
 
 
444 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2028  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  35.24 
 
 
399 aa  173  5e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.832641  normal  0.501384 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1034  4-aminobutyrate aminotransferase  30.84 
 
 
453 aa  173  5e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0355081 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07656  conserved hypothetical protein  30.36 
 
 
452 aa  172  1e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.346872  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4418  aminotransferase class-III  31.55 
 
 
433 aa  171  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0107565 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4936  aminotransferase class-III  31.33 
 
 
433 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4452  4-aminobutyrate aminotransferase  30.91 
 
 
441 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1291  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  29.58 
 
 
393 aa  169  7e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0338748 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1532  aminotransferase  27.87 
 
 
436 aa  169  7e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4636  acetylornithine aminotransferase  33.25 
 
 
395 aa  169  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621133  normal  0.175641 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2668  aminotransferase  33.02 
 
 
457 aa  169  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2400  4-aminobutyrate aminotransferase  30.7 
 
 
430 aa  168  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.681516  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3025  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  34.74 
 
 
393 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.048422  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0686  aminotransferase  30.15 
 
 
429 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0665  aminotransferase  31.4 
 
 
433 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.459907 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4054  aminotransferase  32.05 
 
 
540 aa  167  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5282  aminotransferase class-III  31.4 
 
 
433 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3669  aminotransferase class-III  31.22 
 
 
443 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.445293  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3219  aminotransferase class-III  31.44 
 
 
442 aa  167  4e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.338952 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5409  aminotransferase class-III  34.96 
 
 
452 aa  167  4e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2675  aminotransferase  32.7 
 
 
433 aa  167  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0322  ornithine aminotransferase  30.19 
 
 
403 aa  166  6.9999999999999995e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2287  acetylornithine aminotransferase  31.97 
 
 
402 aa  166  6.9999999999999995e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.194315 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1916  Acetylornithine transaminase  30.27 
 
 
417 aa  166  9e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2626  4-aminobutyrate aminotransferase  30.98 
 
 
445 aa  166  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.805613  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3362  aminotransferase class-III  31.16 
 
 
433 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5005  aminotransferase class-III  31.16 
 
 
433 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2680  4-aminobutyrate aminotransferase  30.98 
 
 
445 aa  166  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4825  aminotransferase class-III  35.05 
 
 
446 aa  165  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00475157  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>