55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1789 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1789  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  100 
 
 
179 aa  358  2e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3555  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  87.71 
 
 
173 aa  302  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2182  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  94.74 
 
 
171 aa  296  9e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3083  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  77.65 
 
 
169 aa  274  4e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2621  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  67.53 
 
 
180 aa  192  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.176786  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30710  putative activator of osmoprotectant transporter  60 
 
 
177 aa  171  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00174135  hitchhiker  0.0000189108 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1323  ProP effector  45.81 
 
 
171 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.929512  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5764  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  44.05 
 
 
224 aa  121  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733693  normal  0.933198 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6008  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  44.05 
 
 
284 aa  121  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6155  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  40.5 
 
 
398 aa  120  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.168417  normal  0.179511 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7730  ProQ, activator of osmoprotectant transporter ProP  45.16 
 
 
220 aa  119  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1492  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  41.62 
 
 
222 aa  118  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1083  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  40.43 
 
 
218 aa  114  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.316568 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0041  ProQ protein  44.09 
 
 
200 aa  114  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1453  ProP effector  44.09 
 
 
179 aa  114  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1540  ProP effector  42.11 
 
 
183 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.178573  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5820  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  42.31 
 
 
223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.231664  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6185  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  42.31 
 
 
223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.942163  normal  0.876638 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6664  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  42.31 
 
 
224 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.976014  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2615  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  44.23 
 
 
178 aa  110  8.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2177  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  41.99 
 
 
251 aa  110  9e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2080  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  42.37 
 
 
284 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0898874  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1992  putative solute/DNA competence effector  37.89 
 
 
216 aa  47.4  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1934  putative solute/DNA competence effector  32.74 
 
 
212 aa  46.2  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.854531  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3447  hypothetical protein  32.43 
 
 
279 aa  46.6  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1584  putative solute/DNA competence effector  30.08 
 
 
219 aa  45.8  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.107555  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02001  putative solute/DNA competence effector  34.38 
 
 
222 aa  46.2  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.101702  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1671  putative solute/DNA competence effector  28.57 
 
 
237 aa  45.8  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000024891  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1782  putative solute/DNA competence effector  28.57 
 
 
237 aa  45.8  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0742372  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2664  putative solute/DNA competence effector  28.57 
 
 
237 aa  45.8  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764643  normal  0.0215757 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0245  hypothetical protein  32.29 
 
 
319 aa  44.7  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2602  putative solute/DNA competence effector  33.33 
 
 
213 aa  44.7  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0133  hypothetical protein  30 
 
 
230 aa  44.7  0.0008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1844  putative solute/DNA competence effector  26.5 
 
 
243 aa  44.3  0.0009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.790888  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2140  putative solute/DNA competence effector  27.34 
 
 
252 aa  43.9  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2188  putative solute/DNA competence effector  33.33 
 
 
207 aa  43.5  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.345813  normal  0.724108 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1543  putative solute/DNA competence effector  29.06 
 
 
210 aa  44.3  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1777  putative solute/DNA competence effector  34 
 
 
214 aa  44.3  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.205752  normal  0.103228 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2118  putative solute/DNA competence effector  28.44 
 
 
236 aa  43.9  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00110468  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1672  putative solute/DNA competence effector  34 
 
 
214 aa  43.9  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000366609  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1747  putative solute/DNA competence effector  34 
 
 
214 aa  43.9  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.144322  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0307  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  35.53 
 
 
288 aa  43.5  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.406422  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1852  putative solute/DNA competence effector  27.34 
 
 
252 aa  43.1  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106932  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3812  activator of osmoprotectant transporter  29.37 
 
 
228 aa  43.1  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.31951  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2132  putative solute/DNA competence effector  32 
 
 
214 aa  43.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000562228  normal  0.054689 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1663  hypothetical protein  31.73 
 
 
121 aa  43.1  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1721  putative solute/DNA competence effector  31.68 
 
 
228 aa  42.7  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000511987  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2401  putative solute/DNA competence effector  27.52 
 
 
227 aa  42.7  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1657  hypothetical protein  31.73 
 
 
123 aa  42.7  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1033  hypothetical protein  31.52 
 
 
239 aa  42  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0842196 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1070  putative solute/DNA competence effector  28.79 
 
 
211 aa  42.4  0.004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.265506  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0862  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  30.85 
 
 
295 aa  42  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1985  putative solute/DNA competence effector  29.67 
 
 
228 aa  41.6  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000228326  hitchhiker  0.0069158 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1811  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  26.61 
 
 
232 aa  41.2  0.008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.179036  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1801  putative solute/DNA competence effector  31.31 
 
 
215 aa  40.8  0.01  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00925744  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>