49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1565 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3709  hypothetical protein  86.44 
 
 		 436 aa  734    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2033  hypothetical protein  86.9 
 
 		 453 aa  753    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.234826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1565  hypothetical protein  100 
 
 		 436 aa  886    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1593  rhs element Vgr protein  59.27 
 
 		 435 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000136682 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3887  Rhs element Vgr protein  45.32 
 
 		 615 aa  340  4e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.360561  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5597  Rhs element Vgr protein  41.67 
 
 		 1118 aa  318  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3479  hypothetical protein  37.79 
 
 		 522 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.928514  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3260  hypothetical protein  36.93 
 
 		 494 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.18986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3334  hypothetical protein  34.11 
 
 		 513 aa  196  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0807  hypothetical protein  29.74 
 
 		 686 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0358115  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0814  rhs element Vgr protein  31.5 
 
 		 485 aa  159  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3818  hypothetical protein  29.71 
 
 		 675 aa  159  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0711  hypothetical protein  30.1 
 
 		 698 aa  105  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06791  hypothetical protein  30.82 
 
 		 503 aa  101  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1797  hypothetical protein  28.77 
 
 		 969 aa  95.9  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4353  peptidoglycan-binding LysM  28.67 
 
 		 963 aa  92.4  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000300174 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0527  peptidoglycan-binding LysM  28.28 
 
 		 960 aa  90.5  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.711409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02034  hypothetical protein  35.71 
 
 		 720 aa  89.4  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04765  hypothetical protein  28.23 
 
 		 802 aa  77.4  0.0000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2645  hypothetical protein  31.6 
 
 		 539 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.380948 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5125  hypothetical protein  28.67 
 
 		 577 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4489  hypothetical protein  28.67 
 
 		 577 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5734  hypothetical protein  28.67 
 
 		 577 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.363284 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0662  hypothetical protein  33.1 
 
 		 357 aa  71.6  0.00000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.53388  normal  0.263798 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1512  hypothetical protein  27.63 
 
 		 768 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.448816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2698  hypothetical protein  37.8 
 
 		 800 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04689  hypothetical protein  33.33 
 
 		 740 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0313625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0989  hypothetical protein  30.23 
 
 		 791 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0937  hypothetical protein  29.28 
 
 		 530 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229754  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1584  hypothetical protein  37.9 
 
 		 769 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1609  hypothetical protein  37.9 
 
 		 769 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.186349  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1768  hypothetical protein  37.9 
 
 		 802 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1795  hypothetical protein  25.38 
 
 		 815 aa  62.8  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0209  hypothetical protein  25.57 
 
 		 726 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.16796  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2701  hypothetical protein  37.9 
 
 		 802 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1529  hypothetical protein  28.46 
 
 		 308 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.118356  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2165  hypothetical protein  26.72 
 
 		 462 aa  59.3  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02032  hypothetical protein  37.65 
 
 		 299 aa  59.3  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0454  hypothetical protein  26.8 
 
 		 733 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0142365  normal  0.307672 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3320  hypothetical protein  28.5 
 
 		 670 aa  54.7  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.166405 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1357  hypothetical protein  31.15 
 
 		 349 aa  54.7  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.518592  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0870  hypothetical protein  24.6 
 
 		 514 aa  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0826211  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21490  hypothetical protein  27.97 
 
 		 882 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0955  hypothetical protein  25 
 
 		 530 aa  47.4  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5666  hypothetical protein  25.18 
 
 		 406 aa  47.4  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.171189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2699  YD repeat protein  25.6 
 
 		 1892 aa  44.7  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.499088  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1365  Protein of unknown function DUF2235  30.63 
 
 		 341 aa  44.3  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149808  normal  0.119646 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1986  hypothetical protein  33 
 
 		 427 aa  43.5  0.008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0982  hypothetical protein  28.48 
 
 		 344 aa  43.1  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>