More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1149 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1149  ribosome recycling factor  100 
 
 		 185 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1594  ribosome recycling factor  97.84 
 
 		 185 aa  360  6e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.409738  normal  0.821893 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4183  ribosome recycling factor  97.84 
 
 		 185 aa  360  6e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4079  ribosome recycling factor  94.05 
 
 		 185 aa  351  4e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.330007 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3050  ribosome recycling factor  89.19 
 
 		 185 aa  330  6e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.672962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17100  ribosome recycling factor  70.27 
 
 		 185 aa  270  7e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1486  ribosome recycling factor  69.73 
 
 		 185 aa  268  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0107069  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38960  ribosome recycling factor  71.35 
 
 		 185 aa  265  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0566  ribosome recycling factor  66.49 
 
 		 185 aa  252  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.395524  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2594  ribosome recycling factor  65.41 
 
 		 187 aa  246  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00709219  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1537  ribosome recycling factor  64.32 
 
 		 185 aa  244  6.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.874625  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1346  ribosome recycling factor  64.32 
 
 		 185 aa  244  8e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000999324  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1104  ribosome recycling factor  63.24 
 
 		 185 aa  236  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.343198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002749  ribosome recycling factor  64.32 
 
 		 185 aa  231  4.0000000000000004e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000016264  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1275  ribosome recycling factor  59.46 
 
 		 185 aa  230  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00110727  normal  0.535196 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03234  ribosome recycling factor  62.7 
 
 		 185 aa  229  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1848  ribosome recycling factor  62.7 
 
 		 185 aa  225  3e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000201497  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2424  ribosome recycling factor  61.62 
 
 		 185 aa  225  3e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00108894  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  61.2 
 
 		 185 aa  224  6e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3432  ribosome recycling factor  59.56 
 
 		 185 aa  221  7e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000874312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1016  ribosome recycling factor  59.56 
 
 		 185 aa  221  7e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000122168  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1069  ribosome recycling factor  59.56 
 
 		 185 aa  221  7e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00702897  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3787  ribosome recycling factor  60.11 
 
 		 185 aa  220  9e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158477 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  60.54 
 
 		 185 aa  218  3.9999999999999997e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2978  ribosome recycling factor  60.66 
 
 		 185 aa  217  7e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1801  ribosome recycling factor  56.22 
 
 		 184 aa  217  7.999999999999999e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0761482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  57.84 
 
 		 185 aa  216  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0944  ribosome recycling factor  59.56 
 
 		 185 aa  216  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2638  ribosome recycling factor  56.22 
 
 		 185 aa  216  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000456907  normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2705  ribosome recycling factor  56.22 
 
 		 185 aa  216  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000841959  hitchhiker  0.00246061 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0570  ribosome recycling factor  56.22 
 
 		 185 aa  215  2.9999999999999998e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0496987  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1632  ribosome recycling factor  56.22 
 
 		 185 aa  214  4e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1860  ribosome recycling factor  56.22 
 
 		 185 aa  214  5e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.747676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2812  ribosome recycling factor  55.68 
 
 		 185 aa  214  5e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000100926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3162  ribosome recycling factor  58.47 
 
 		 185 aa  214  8e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0860569  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1494  ribosome recycling factor  58.1 
 
 		 185 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2632  ribosome recycling factor  55.14 
 
 		 185 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000751677  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2545  ribosome recycling factor  60 
 
 		 196 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3357  ribosome recycling factor  57.92 
 
 		 185 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.229017  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1713  ribosome recycling factor  55.68 
 
 		 184 aa  211  3.9999999999999995e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.634528  normal  0.959645 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  56.76 
 
 		 185 aa  211  5.999999999999999e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0710  ribosome recycling factor  58.47 
 
 		 185 aa  210  7e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0332878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1282  ribosome recycling factor  55.14 
 
 		 185 aa  211  7e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000366075  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  56.76 
 
 		 185 aa  210  7.999999999999999e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00170  ribosome releasing factor  57.38 
 
 		 185 aa  210  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148385  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3431  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 185 aa  210  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000510427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00169  hypothetical protein  57.38 
 
 		 185 aa  210  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.160878  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0165  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 185 aa  210  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000948857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3488  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 185 aa  210  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00730416  normal  0.367592 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0174  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 185 aa  210  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00802553  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0183  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 185 aa  210  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0176  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 185 aa  210  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000066149  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0182  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 185 aa  210  1e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000723298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1351  ribosome recycling factor  54.05 
 
 		 185 aa  209  2e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000717676  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  57.61 
 
 		 186 aa  208  3e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1534  ribosome recycling factor  54.05 
 
 		 184 aa  208  3e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0202403 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0241  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 185 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.743934 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0257  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 185 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.585226 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0244  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 185 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0259  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 185 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00118776  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0241  ribosome recycling factor  57.38 
 
 		 185 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.331553 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2882  ribosome recycling factor  54.1 
 
 		 185 aa  208  4e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000396733  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1484  ribosome recycling factor  52.97 
 
 		 185 aa  208  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000709639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1448  ribosome recycling factor  52.97 
 
 		 185 aa  208  4e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000214173  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1451  ribosome recycling factor  58.38 
 
 		 185 aa  208  4e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.166496  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1453  ribosome recycling factor  52.43 
 
 		 185 aa  208  5e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000049819  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2030  ribosome recycling factor  57.07 
 
 		 186 aa  208  5e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2899  ribosome recycling factor  52.43 
 
 		 185 aa  208  5e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000932331  normal  0.103531 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1557  ribosome recycling factor  52.43 
 
 		 185 aa  207  7e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135969  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3278  ribosome recycling factor  54.59 
 
 		 185 aa  206  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000213543  hitchhiker  0.000283754 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0362  ribosome recycling factor  54.59 
 
 		 190 aa  206  1e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0327  ribosome recycling factor  54.59 
 
 		 190 aa  206  1e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  55.14 
 
 		 185 aa  206  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  57.07 
 
 		 186 aa  206  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  56.52 
 
 		 186 aa  206  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1273  ribosome recycling factor  51.89 
 
 		 185 aa  205  3e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0235676  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2847  ribosome recycling factor  57.61 
 
 		 186 aa  205  4e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1463  ribosome recycling factor  54.59 
 
 		 185 aa  204  4e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.318607  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3158  ribosome recycling factor  52.97 
 
 		 185 aa  204  5e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000691666  normal  0.144971 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0510  ribosome recycling factor  57.14 
 
 		 186 aa  204  5e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0317856  normal  0.376064 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1448  ribosome recycling factor  56.59 
 
 		 186 aa  204  7e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1260  ribosome recycling factor  55.98 
 
 		 186 aa  204  8e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  55.98 
 
 		 186 aa  204  8e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  55.98 
 
 		 186 aa  204  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1142  ribosome recycling factor  52.97 
 
 		 185 aa  204  8e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000869669  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  55.43 
 
 		 186 aa  202  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0611  ribosome recycling factor  56.76 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106434  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1252  ribosome recycling factor  54.59 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.538826  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  54.89 
 
 		 186 aa  201  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  54.89 
 
 		 186 aa  201  5e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  54.89 
 
 		 186 aa  201  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  54.89 
 
 		 186 aa  200  8e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01128  ribosome recycling factor  54.05 
 
 		 185 aa  200  9.999999999999999e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.291437  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  54.89 
 
 		 186 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  54.89 
 
 		 186 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  54.89 
 
 		 186 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  54.35 
 
 		 186 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  54.89 
 
 		 186 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  54.89 
 
 		 186 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  54.89 
 
 		 186 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>