85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1125 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1125  lipoprotein  100 
 
 		 132 aa  270  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.719915  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1519  putative lipoprotein  96.97 
 
 		 132 aa  263  5e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.345658  normal  0.713007 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4204  hypothetical protein  96.97 
 
 		 132 aa  263  5e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.40853 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4099  lipoprotein  93.18 
 
 		 132 aa  253  7e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1083  putative lipoprotein  71.21 
 
 		 132 aa  185  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.547742 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1465  putative lipoprotein  63.64 
 
 		 132 aa  174  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.160617  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16840  putative lipoprotein  62.88 
 
 		 132 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004013  lipoprotein-related protein  43.06 
 
 		 144 aa  111  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0582  putative lipoprotein  44.78 
 
 		 143 aa  108  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000375847  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1471  hypothetical protein  45.08 
 
 		 133 aa  104  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0482642  hitchhiker  0.000540477 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01451  hypothetical protein  41.67 
 
 		 144 aa  100  9e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3205  hypothetical protein  42.28 
 
 		 143 aa  99.8  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0205729  unclonable  0.0000000149917 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2552  hypothetical protein  47.9 
 
 		 133 aa  99.4  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2785  hypothetical protein  40.6 
 
 		 133 aa  97.8  5e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0379372  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3082  lipoprotein-related protein  46.09 
 
 		 141 aa  96.7  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.185373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0121  hypothetical protein  42.61 
 
 		 149 aa  92.8  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1675  hypothetical protein  39.52 
 
 		 125 aa  93.2  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1394  hypothetical protein  39.52 
 
 		 144 aa  92.8  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.031757  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2773  hypothetical protein  38.84 
 
 		 144 aa  90.5  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.474482  hitchhiker  0.00136931 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2666  hypothetical protein  38.84 
 
 		 144 aa  90.1  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000306187  normal  0.191163 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1492  hypothetical protein  36.22 
 
 		 139 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000310821  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1487  hypothetical protein  36.22 
 
 		 139 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0816292  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2859  hypothetical protein  36.22 
 
 		 139 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00929385  hitchhiker  0.00000000043608 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1523  hypothetical protein  36.22 
 
 		 139 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0159792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2599  hypothetical protein  38.84 
 
 		 144 aa  89.4  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000664036  hitchhiker  0.00000856257 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1519  hypothetical protein  46.15 
 
 		 116 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2593  protein of unknown function DUF306 Meta and HslJ  39.23 
 
 		 267 aa  84.3  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1373  hypothetical protein  40 
 
 		 136 aa  84  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0504546 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3700  hypothetical protein  44.44 
 
 		 161 aa  84  7e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1327  hypothetical protein  45.28 
 
 		 116 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0545015 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1969  putative lipoprotein  40.86 
 
 		 162 aa  75.9  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.612911  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1194  hypothetical protein  43.69 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3147  hypothetical protein  36.64 
 
 		 246 aa  75.1  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.075945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0686  hypothetical protein  37.04 
 
 		 297 aa  73.6  0.0000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0695  hypothetical protein  37.04 
 
 		 267 aa  73.2  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0568  hypothetical protein  35.51 
 
 		 189 aa  70.9  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0509  putative lipoprotein  35.51 
 
 		 189 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0525  putative lipoprotein  35.51 
 
 		 189 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0465904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0506  putative lipoprotein  35.51 
 
 		 189 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000703673  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0515  putative lipoprotein  35.51 
 
 		 189 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.335784  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3156  conserved hypothetical protein  41.05 
 
 		 190 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.858149  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3075  putative lipoprotein  36.63 
 
 		 173 aa  68.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000475601  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3216  putative lipoprotein  36.63 
 
 		 173 aa  68.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.696284  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3035  hypothetical protein  36.63 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.288853  normal  0.111602 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0543  putative lipoprotein  41.49 
 
 		 185 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00409  hypothetical protein  41.05 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0530  putative lipoprotein  41.05 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0489  putative lipoprotein  41.05 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0497  putative lipoprotein  41.05 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00405  predicted outer membrane lipoprotein  41.05 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3162  glycoprotein/polysaccharide metabolism  41.05 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1112  putative lipoprotein  39.42 
 
 		 163 aa  68.2  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000897823  hitchhiker  0.00000162029 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0921  glycoprotein/polysaccharide metabolism  37.5 
 
 		 189 aa  67.8  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.226366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2630  hypothetical protein  37.72 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.427988 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4709  putative lipoprotein  35 
 
 		 144 aa  65.1  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1548  protein of unknown function DUF306, Meta and HslJ  37.04 
 
 		 305 aa  65.1  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00510236 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0115  protein of unknown function DUF306 Meta and HslJ  35.24 
 
 		 478 aa  63.2  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0115  hypothetical protein  35.24 
 
 		 478 aa  63.2  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2470  protein of unknown function DUF306 Meta and HslJ  34.96 
 
 		 282 aa  61.6  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0121591  normal  0.0239407 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1467  hypothetical protein  26.52 
 
 		 129 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000434659  decreased coverage  0.0000172083 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1063  lipoprotein  34.65 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3279  hypothetical protein  35.65 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.529844  normal  0.627727 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3248  lipoprotein  35.63 
 
 		 194 aa  57.8  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3054  lipoprotein  32.35 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0385716  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3209  hypothetical protein  25.76 
 
 		 131 aa  52.4  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000120435  unclonable  0.0000000114703 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2555  hypothetical protein  23.44 
 
 		 130 aa  49.7  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0212  hypothetical protein  28.69 
 
 		 176 aa  49.7  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0108  hypothetical protein  32.22 
 
 		 153 aa  48.1  0.00004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2790  hypothetical protein  28.97 
 
 		 132 aa  47.4  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0273206  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1913  hypothetical protein  25.47 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2721  hypothetical protein  25.42 
 
 		 133 aa  46.2  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.921595  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1620  hypothetical protein  26.42 
 
 		 134 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1369  hypothetical protein  25 
 
 		 135 aa  45.4  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.741634  normal  0.126231 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0266  hypothetical protein  33.96 
 
 		 136 aa  44.7  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0743  hypothetical protein  31.82 
 
 		 288 aa  44.7  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3278  protein of unknown function DUF306 Meta and HslJ  30.93 
 
 		 280 aa  43.9  0.0008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4560  protein of unknown function DUF306, Meta and HslJ  27.66 
 
 		 284 aa  43.5  0.0009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.98407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1695  hypothetical protein  25.47 
 
 		 134 aa  43.5  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.362042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1671  hypothetical protein  24 
 
 		 142 aa  42.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000194021  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1135  protein of unknown function DUF306 Meta and HslJ  37.08 
 
 		 234 aa  42.7  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.566591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3930  protein of unknown function DUF306, Meta and HslJ  29.9 
 
 		 274 aa  41.6  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1541  hypothetical protein  23.71 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.686411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2835  hypothetical protein  23.71 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.849691  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2960  hypothetical protein  23.71 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.946654  normal  0.485074 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2817  hypothetical protein  23.71 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.323587  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>