More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1100 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1100  peptide chain release factor 2  100 
 
 		 304 aa  627  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4227  peptide chain release factor 2  97.37 
 
 		 304 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358427  normal  0.979482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4122  peptide chain release factor 2  95.72 
 
 		 304 aa  603  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3371  peptide chain release factor 2  92.43 
 
 		 378 aa  579  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0518428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1437  peptide chain release factor 2  89.77 
 
 		 382 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33798  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16510  putative peptide chain release factor 2  90.43 
 
 		 332 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1310  peptide chain release factor 2  86.18 
 
 		 329 aa  549  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.496606  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1500  hypothetical protein  87.03 
 
 		 293 aa  531  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1059  peptide chain release factor 2  91.43 
 
 		 280 aa  531  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.304083  normal  0.661851 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39400  peptide chain release factor 2  82.86 
 
 		 280 aa  496  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2271  peptide chain release factor 2  74.26 
 
 		 310 aa  478  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1461  peptide chain release factor 2  72.28 
 
 		 364 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3423  hypothetical protein  71.62 
 
 		 365 aa  464  9.999999999999999e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0838102  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02723  peptide chain release factor 2  71.62 
 
 		 365 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.139498  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0801  hypothetical protein  71.62 
 
 		 365 aa  458  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000691536  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0818  peptide chain release factor 2  71.62 
 
 		 365 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0882  peptide chain release factor 2  71.29 
 
 		 365 aa  457  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.989751  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1216  peptide chain release factor 2  71.29 
 
 		 347 aa  458  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000777998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3024  peptide chain release factor 2  71.62 
 
 		 365 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3050  peptide chain release factor 2  71.62 
 
 		 365 aa  458  9.999999999999999e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0923  peptide chain release factor 2  71.29 
 
 		 310 aa  457  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.340647  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3297  hypothetical protein  68.98 
 
 		 365 aa  455  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0819  peptide chain release factor 2  72.28 
 
 		 349 aa  454  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0281018 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0982  hypothetical protein  71.29 
 
 		 364 aa  451  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0421  hypothetical protein  69.31 
 
 		 365 aa  452  1.0000000000000001e-126  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0834  peptide chain release factor 2  72.67 
 
 		 349 aa  453  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0864  peptide chain release factor 2  69.31 
 
 		 365 aa  449  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0648  peptide chain release factor 2  69.31 
 
 		 365 aa  449  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0194  peptide chain release factor 2  68.9 
 
 		 299 aa  447  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.109294  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00072  peptide chain release factor 2  69.41 
 
 		 329 aa  444  1e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0793  peptide chain release factor 2  67.33 
 
 		 331 aa  437  9.999999999999999e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0725  peptide chain release factor 2  68.65 
 
 		 332 aa  440  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159955  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0582  peptide chain release factor 2  70.3 
 
 		 320 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0811  peptide chain release factor 2  69.62 
 
 		 293 aa  437  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3492  peptide chain release factor 2  69.31 
 
 		 352 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4083  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  67 
 
 		 365 aa  437  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.963626  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1742  hypothetical protein  74.56 
 
 		 335 aa  436  1e-121  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3615  peptide chain release factor 2  69.31 
 
 		 352 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.927758 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3050  peptide chain release factor 2  69.31 
 
 		 352 aa  435  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3420  hypothetical protein  69.31 
 
 		 365 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0826  peptide chain release factor 2  68.98 
 
 		 352 aa  435  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0335049 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3197  peptide chain release factor 2  68.98 
 
 		 352 aa  435  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.710234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0838  peptide chain release factor 2  69.31 
 
 		 325 aa  435  1e-121  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.725639 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0872  peptide chain release factor 2  69.31 
 
 		 352 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3429  peptide chain release factor 2  67.99 
 
 		 329 aa  435  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00883546 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0840  peptide chain release factor 2  69.31 
 
 		 352 aa  432  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1742  hypothetical protein  74.22 
 
 		 335 aa  433  1e-120  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3297  peptide chain release factor 2  68.65 
 
 		 352 aa  432  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0756  peptide chain release factor 2  69.28 
 
 		 293 aa  432  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.393199  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2878  peptide chain release factor 2  70.63 
 
 		 364 aa  433  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0302  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  69.97 
 
 		 365 aa  429  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0939  hypothetical protein  67.99 
 
 		 365 aa  431  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0179192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0479  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  65.68 
 
 		 365 aa  430  1e-119  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0796  peptide chain release factor 2  65.68 
 
 		 354 aa  429  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.570581  normal  0.0161038 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3128  peptide chain release factor 2  68.98 
 
 		 352 aa  427  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0150596  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004438  peptide chain release factor 2  75.77 
 
 		 260 aa  429  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1823  peptide chain release factor 2  67 
 
 		 374 aa  429  1e-119  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.366518  normal  0.288697 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1805  peptide chain release factor 2  68.32 
 
 		 354 aa  426  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00959  hypothetical protein  75 
 
 		 260 aa  425  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0397  peptide chain release factor 2  68.04 
 
 		 302 aa  422  1e-117  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0456  peptide chain release factor 2  65.79 
 
 		 338 aa  423  1e-117  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.454858  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02770  Protein chain release factor B, RF-2  72.7 
 
 		 282 aa  417  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0501014  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0921  peptide chain release factor 2  63.37 
 
 		 349 aa  415  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.181333  normal  0.893084 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0049  peptide chain release factor 2  67.93 
 
 		 291 aa  416  9.999999999999999e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1072  peptide chain release factor 2  63.37 
 
 		 357 aa  413  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1963  peptide chain release factor 2  64.69 
 
 		 367 aa  413  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1884  peptide chain release factor 2  62.71 
 
 		 459 aa  412  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.344526  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1036  peptide chain release factor 2  63.37 
 
 		 357 aa  412  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.178506 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2274  peptide chain release factor 2  61.84 
 
 		 310 aa  410  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2590  peptide chain release factor 2, programmed  62.38 
 
 		 367 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1699  peptide chain release factor 2  62.38 
 
 		 367 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822154  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2844  peptide chain release factor 2  62.38 
 
 		 325 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.247067 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2644  peptide chain release factor 2  62.38 
 
 		 367 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1449  peptide chain release factor 2  62.17 
 
 		 359 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.768033 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3265  peptide chain release factor 2  63.16 
 
 		 386 aa  404  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.337928  hitchhiker  0.000000190914 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2248  hypothetical protein  63.04 
 
 		 367 aa  401  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5960  peptide chain release factor 2  62.17 
 
 		 391 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1360  peptide chain release factor 2  68.65 
 
 		 348 aa  403  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2154  peptide chain release factor 2  61.84 
 
 		 406 aa  401  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0694962  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2117  peptide chain release factor 2  62.17 
 
 		 391 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.223622  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2135  peptide chain release factor 2  62.17 
 
 		 391 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.215067 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2758  peptide chain release factor 2  63.04 
 
 		 367 aa  401  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5423  peptide chain release factor 2  61.84 
 
 		 391 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2570  peptide chain release factor 2  61.51 
 
 		 417 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0324776  normal  0.0245297 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1030  peptide chain release factor 2 protein  61.33 
 
 		 300 aa  396  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.235991  normal  0.771675 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1645  peptide chain release factor 2  68.09 
 
 		 289 aa  396  1e-109  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3791  hypothetical protein  61.06 
 
 		 367 aa  396  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.914403  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1766  peptide chain release factor 2  61 
 
 		 300 aa  393  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.015531 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1847  peptide chain release factor 2  62 
 
 		 300 aa  392  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.194461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2773  peptide chain release factor 2  60.73 
 
 		 355 aa  394  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1069  peptide chain release factor 2  61.06 
 
 		 347 aa  392  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0486  peptide chain release factor 2  59.54 
 
 		 349 aa  390  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.289866  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0960  hypothetical protein  61.06 
 
 		 367 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0655613 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1476  peptide chain release factor 2  72.31 
 
 		 260 aa  389  1e-107  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0780074  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0895  hypothetical protein  60.73 
 
 		 367 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0852209 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1562  peptide chain release factor 2  63.21 
 
 		 280 aa  384  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0271557  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1471  peptide chain release factor 2  59.21 
 
 		 349 aa  387  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1151  peptide chain release factor 2  60.73 
 
 		 381 aa  385  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1153  peptide chain release factor 2  66.94 
 
 		 248 aa  368  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449488  normal  0.0907567 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2027  peptide chain release factor 2  67.34 
 
 		 248 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>