More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0967 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0967  hypothetical protein  100 
 
 
161 aa  317  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0960  hypothetical protein  98.76 
 
 
161 aa  314  3e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0999  hypothetical protein  95.65 
 
 
160 aa  278  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4255  hypothetical protein  96.89 
 
 
161 aa  277  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0878  hypothetical protein  87.01 
 
 
156 aa  250  7e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.600632  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0865  hypothetical protein  89.03 
 
 
155 aa  241  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12870  organic solvent tolerance ABC efflux transporter, substrate binding protein  80.77 
 
 
156 aa  230  5e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4139  hypothetical protein  83.23 
 
 
155 aa  230  7.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4445  mce-related protein  82.58 
 
 
155 aa  229  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57850  hypothetical protein  82.47 
 
 
157 aa  223  8e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5026  hypothetical protein  82.47 
 
 
157 aa  223  8e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2411  hypothetical protein  53.74 
 
 
154 aa  163  6.9999999999999995e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108225  normal  0.153742 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0739  Mammalian cell entry related domain protein  53.38 
 
 
152 aa  159  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.942465  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2784  ABC-type transport system involved in resistance to organic solvents periplasmic component  51.32 
 
 
155 aa  155  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.162084  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2707  hypothetical protein  53.1 
 
 
149 aa  155  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2218  hypothetical protein  51.35 
 
 
154 aa  149  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3806  Mammalian cell entry related domain protein  45.78 
 
 
214 aa  148  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0010771  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3648  Mammalian cell entry related domain protein  45.68 
 
 
190 aa  145  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1898  putative ABC transporter substrate-binding protein  52.74 
 
 
155 aa  145  3e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2747  hypothetical protein  51.35 
 
 
161 aa  145  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2768  hypothetical protein  52.7 
 
 
184 aa  144  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.422541  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1967  hypothetical protein  46.31 
 
 
166 aa  142  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.539275  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1171  hypothetical protein  50.32 
 
 
168 aa  143  1e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3120  hypothetical protein  50.68 
 
 
173 aa  142  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.771354  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0450  mce family protein  43.11 
 
 
185 aa  142  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.132036  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0514  hypothetical protein  43.11 
 
 
185 aa  142  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.449918  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1144  hypothetical protein  43.11 
 
 
185 aa  142  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2221  hypothetical protein  49.66 
 
 
153 aa  141  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.693824  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4358  hypothetical protein  44.94 
 
 
183 aa  140  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52116  normal  0.0531845 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0283  Mammalian cell entry related domain protein  43.21 
 
 
188 aa  139  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0384  Mammalian cell entry related domain protein  48.65 
 
 
152 aa  139  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.214826 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0290  Mammalian cell entry related domain protein  42.59 
 
 
188 aa  137  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.151432  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0343  hypothetical protein  49.32 
 
 
187 aa  135  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.908048  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0389  putative signal peptide protein, toluene tolerance Ttg2C-like  49.32 
 
 
181 aa  135  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3569  Mammalian cell entry related domain protein  49.66 
 
 
186 aa  135  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0424468  hitchhiker  0.0000173433 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0334  hypothetical protein  49.32 
 
 
187 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2960  signal peptide protein  48.65 
 
 
173 aa  134  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.432073  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0981  hypothetical protein  44.83 
 
 
158 aa  134  6.0000000000000005e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0395  hypothetical protein  48.65 
 
 
187 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.147868  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2691  hypothetical protein  48.65 
 
 
189 aa  134  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0995365  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0416  hypothetical protein  48.65 
 
 
189 aa  134  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.249405  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2118  hypothetical protein  45.89 
 
 
151 aa  133  9e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3572  Mce family protein  46.91 
 
 
183 aa  133  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3501  Mce family protein  46.91 
 
 
183 aa  133  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0513461  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3514  ABC transporter, inner membrane subunit  49.32 
 
 
184 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.531635  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3608  Mce family protein  46.91 
 
 
183 aa  133  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.345737 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3238  Mammalian cell entry related domain protein  47.97 
 
 
175 aa  132  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.303674  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2891  Mammalian cell entry related domain protein  47.97 
 
 
175 aa  133  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.27124 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3670  Mce family protein  46.91 
 
 
183 aa  133  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0296035 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3503  Mce family protein  46.91 
 
 
183 aa  133  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.869463  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0761  Mammalian cell entry related domain protein  51.39 
 
 
145 aa  132  1.9999999999999998e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03058  predicted ABC-type organic solvent transporter  45.68 
 
 
183 aa  131  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0328967  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0514  Mammalian cell entry related domain protein  45.68 
 
 
183 aa  131  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0145877  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3577  Mce family protein  45.68 
 
 
183 aa  131  3.9999999999999996e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.45422  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3489  Mce family protein  45.68 
 
 
183 aa  131  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4515  Mce family protein  45.68 
 
 
183 aa  131  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0766033  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3386  Mce family protein  45.68 
 
 
183 aa  131  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000578801  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03009  hypothetical protein  45.68 
 
 
183 aa  131  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0277207  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3681  Mce family protein  45.68 
 
 
183 aa  131  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0116721  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0507  hypothetical protein  45.68 
 
 
183 aa  131  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.945849  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0687  hypothetical protein  43.4 
 
 
169 aa  129  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0890  Mammalian cell entry related domain protein  45.22 
 
 
156 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2399  hypothetical protein  48.63 
 
 
156 aa  128  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0239  hypothetical protein  42.86 
 
 
164 aa  125  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.852395 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3629  hypothetical protein  44.23 
 
 
187 aa  124  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.271767  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2937  hypothetical protein  45.95 
 
 
162 aa  124  6e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.887715  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1156  Mammalian cell entry related domain protein  47.95 
 
 
163 aa  123  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.482142  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0160  mce-related protein  43.92 
 
 
152 aa  122  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0339  Mammalian cell entry related domain protein  43.92 
 
 
152 aa  122  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.620596 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0097  Mammalian cell entry related domain protein  43.75 
 
 
160 aa  122  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.0000148019  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03656  hypothetical protein  45.27 
 
 
165 aa  122  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0098  hypothetical protein  44.87 
 
 
160 aa  122  3e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.334829  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3733  mce family protein  51.37 
 
 
186 aa  121  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2774  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.37 
 
 
186 aa  121  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2724  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.37 
 
 
184 aa  121  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3702  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.37 
 
 
188 aa  121  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3675  mce family protein  51.37 
 
 
189 aa  121  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.090883  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3230  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.37 
 
 
186 aa  121  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.42671  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1779  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.37 
 
 
186 aa  121  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002411  uncharacterized ABC transporter, periplasmic component YrbD  47.06 
 
 
162 aa  121  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3002  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.37 
 
 
176 aa  120  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.784047  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0319  hypothetical protein  51.16 
 
 
187 aa  120  8e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0287402  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2885  hypothetical protein  41.61 
 
 
160 aa  120  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.827962  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3257  hypothetical protein  48.65 
 
 
179 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0718  Mammalian cell entry related domain protein  47.26 
 
 
161 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0750  hypothetical protein  47.26 
 
 
161 aa  118  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0795  hypothetical protein  46.58 
 
 
168 aa  118  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0952502  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5534  hypothetical protein  45.21 
 
 
161 aa  117  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.264569  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3079  mce-related protein  46.98 
 
 
156 aa  117  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.185697 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3400  hypothetical protein  47.62 
 
 
156 aa  116  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0735  virulence factor MCE-like protein  44.87 
 
 
156 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.310055 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0559  hypothetical protein  49.01 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3099  putative ABC transport system substrate-binding protein  48.63 
 
 
160 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.369391  normal  0.460198 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3302  hypothetical protein  44.87 
 
 
157 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.132932 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3607  hypothetical protein  45.51 
 
 
156 aa  115  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03184  mce family protein  47.02 
 
 
157 aa  114  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0474  hypothetical protein  45.16 
 
 
164 aa  114  6e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000014845  unclonable  0.00000680839 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0681  hypothetical protein  45.57 
 
 
157 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.726556 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3341  hypothetical protein  45.57 
 
 
157 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0680  hypothetical protein  44.94 
 
 
157 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.665426  normal  0.0968495 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>