93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0962 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0962  hypothetical protein  100 
 
 
190 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0994  hypothetical protein  95.26 
 
 
190 aa  359  2e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0955  hypothetical protein  95.26 
 
 
190 aa  358  3e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4260  hypothetical protein  93.16 
 
 
190 aa  352  2e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4450  hypothetical protein  72.11 
 
 
190 aa  305  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0612162  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4144  hypothetical protein  72.63 
 
 
190 aa  284  5e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0860  hypothetical protein  69.47 
 
 
190 aa  274  6e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0873  hypothetical protein  58.73 
 
 
188 aa  230  9e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.127249  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12820  hypothetical protein  60.12 
 
 
192 aa  224  9e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57910  hypothetical protein  61.99 
 
 
190 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5032  hypothetical protein  60.82 
 
 
190 aa  215  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0247883  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3176  hypothetical protein  31.12 
 
 
196 aa  100  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0878  protein of unknown function DUF1239  31.58 
 
 
193 aa  82.4  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000052422  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2790  hypothetical protein  27.68 
 
 
183 aa  73.6  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0132705  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2712  hypothetical protein  26.88 
 
 
199 aa  68.2  0.00000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0869  hypothetical protein  28.36 
 
 
189 aa  67.4  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0900  hypothetical protein  28.36 
 
 
189 aa  67.8  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02230  hypothetical protein  30 
 
 
191 aa  62  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.83811  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3374  hypothetical protein  26.39 
 
 
186 aa  59.3  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.327659  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0729  hypothetical protein  23.96 
 
 
186 aa  58.2  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0744  hypothetical protein  26.92 
 
 
174 aa  56.6  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00899887  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0277  hypothetical protein  25.97 
 
 
188 aa  52.4  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0645797  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2227  hypothetical protein  24.03 
 
 
192 aa  52.4  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3635  hypothetical protein  25 
 
 
191 aa  50.8  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.61697  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3308  hypothetical protein  25.27 
 
 
185 aa  49.7  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00258939  normal  0.764228 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0527  hypothetical protein  27.66 
 
 
204 aa  50.1  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959289  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4237  hypothetical protein  28.57 
 
 
185 aa  50.4  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.830949  hitchhiker  0.000311603 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3812  hypothetical protein  27.54 
 
 
189 aa  47.8  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.271205  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0761  hypothetical protein  23.45 
 
 
195 aa  47.8  0.0001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1204  hypothetical protein  23.45 
 
 
195 aa  47.8  0.0001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2415  hypothetical protein  19.35 
 
 
192 aa  47.4  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.989606  normal  0.0564248 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2799  hypothetical protein  27.74 
 
 
204 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.289626 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002406  YrbK protein  24.4 
 
 
187 aa  47.4  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.152409  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0284  hypothetical protein  23.03 
 
 
188 aa  47.4  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.237745  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2788  hypothetical protein  27.1 
 
 
204 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.34645  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4540  hypothetical protein  24.57 
 
 
189 aa  47  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03661  hypothetical protein  24.4 
 
 
187 aa  47  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0729  hypothetical protein  27.27 
 
 
185 aa  46.6  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.294859 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4364  hypothetical protein  24.59 
 
 
192 aa  47  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0921262  normal  0.17011 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2174  hypothetical protein  27.1 
 
 
204 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0719  hypothetical protein  22.4 
 
 
186 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.268308 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3578  hypothetical protein  24.34 
 
 
191 aa  46.2  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3614  hypothetical protein  24.34 
 
 
191 aa  46.2  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.150228 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0444  hypothetical protein  24 
 
 
187 aa  46.2  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0689  hypothetical protein  22.4 
 
 
186 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0070869  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3509  hypothetical protein  24.34 
 
 
191 aa  46.2  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3507  hypothetical protein  24.34 
 
 
191 aa  46.2  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0710  protein of unknown function DUF1239  22.4 
 
 
186 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.673101  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0718  hypothetical protein  21.86 
 
 
186 aa  45.8  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.388737  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0508  hypothetical protein  24 
 
 
187 aa  46.2  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0565  hypothetical protein  23.97 
 
 
187 aa  46.2  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.414248  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2848  hypothetical protein  27.27 
 
 
204 aa  46.2  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3665  hypothetical protein  22.4 
 
 
186 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000851381  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3085  hypothetical protein  22.4 
 
 
185 aa  45.8  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.998708  normal  0.196935 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3676  hypothetical protein  24.34 
 
 
191 aa  45.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.228825 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2123  hypothetical protein  24.48 
 
 
187 aa  45.4  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3495  hypothetical protein  24.32 
 
 
191 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0501  hypothetical protein  24.32 
 
 
191 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  0.406896 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3571  hypothetical protein  24.32 
 
 
191 aa  45.1  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4521  hypothetical protein  24.32 
 
 
191 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.424898  normal  0.731411 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3687  hypothetical protein  24.32 
 
 
191 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3392  hypothetical protein  24.32 
 
 
191 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0508  protein of unknown function DUF1239  24.32 
 
 
191 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6118  hypothetical protein  27.4 
 
 
204 aa  44.7  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0599  protein of unknown function DUF1239  24.32 
 
 
202 aa  44.7  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0385161 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03015  hypothetical protein  24.32 
 
 
191 aa  44.7  0.0008  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3420  hypothetical protein  27.97 
 
 
193 aa  44.7  0.0008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000640178  normal  0.555707 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03064  hypothetical protein  24.32 
 
 
191 aa  44.7  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000319366  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3613  hypothetical protein  23.4 
 
 
185 aa  44.3  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.261264  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2106  hypothetical protein  24.46 
 
 
185 aa  43.9  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0139  hypothetical protein  24.34 
 
 
229 aa  43.9  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4119  hypothetical protein  24.46 
 
 
202 aa  43.9  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0492  hypothetical protein  22.34 
 
 
186 aa  43.5  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0358  hypothetical protein  22.73 
 
 
208 aa  43.1  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3104  hypothetical protein  26.71 
 
 
204 aa  42.7  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0073  hypothetical protein  26.71 
 
 
204 aa  42.7  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2945  hypothetical protein  26.71 
 
 
204 aa  42.7  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2706  hypothetical protein  26.35 
 
 
204 aa  42.7  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.039659 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3346  hypothetical protein  22.4 
 
 
186 aa  42.7  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0369087  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0676  hypothetical protein  22.4 
 
 
186 aa  42.7  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0807822  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1517  hypothetical protein  26.71 
 
 
204 aa  42.7  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0087  hypothetical protein  29.89 
 
 
190 aa  42.7  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102868  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0675  hypothetical protein  22.4 
 
 
186 aa  42.4  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.271395  normal  0.100125 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0600  hypothetical protein  26.71 
 
 
204 aa  42.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.402593  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3654  hypothetical protein  27.54 
 
 
189 aa  42.4  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0768  hypothetical protein  26.71 
 
 
204 aa  42.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0584  hypothetical protein  26.71 
 
 
204 aa  42.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0501  hypothetical protein  25.71 
 
 
187 aa  42.4  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.131901  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0489  hypothetical protein  26.71 
 
 
204 aa  42.4  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.196545  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0329  hypothetical protein  22.99 
 
 
197 aa  42.4  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.433143  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3958  hypothetical protein  21.86 
 
 
186 aa  42  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1174  hypothetical protein  24.34 
 
 
206 aa  41.6  0.007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0306  hypothetical protein  23.03 
 
 
208 aa  41.2  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>