120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0845 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0806  surface adhesion protein, putative  88.46 
 
 
6310 aa  8710    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40260  hypothetical protein  34.28 
 
 
2456 aa  667    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.702086  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0830  glycoprotein  88.41 
 
 
8064 aa  8662    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51381 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3412  hypothetical protein  34.22 
 
 
2625 aa  703    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0845  hypothetical protein  100 
 
 
5451 aa  10240    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4380  hypothetical protein  75.27 
 
 
3923 aa  5121    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2903  large repetitive protein  30.63 
 
 
3721 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2886  large repetitive protein  29.52 
 
 
3824 aa  646    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.659132 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2835  VCBS repeat-containing protein  29.48 
 
 
3824 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3017  VCBS repeat-containing protein  30.14 
 
 
3739 aa  625  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2905  large repetitive protein  29.35 
 
 
3824 aa  609  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1601  hypothetical protein  30.16 
 
 
6715 aa  510  9.999999999999999e-143  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3119  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.14 
 
 
3552 aa  508  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0912825 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3709  hemolysin-type calcium-binding region  33.16 
 
 
2704 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.406778 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4113  hypothetical protein  29.32 
 
 
3562 aa  398  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0537133 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1001  C-type lectin domain-containing protein  27.68 
 
 
3325 aa  236  1e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0055  putative hemagglutinin/hemolysin-related protein  28.67 
 
 
3314 aa  220  5e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05070  putative hemagglutinin/hemolysin-related protein  29.32 
 
 
4106 aa  220  8e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1039  Fibronectin type III domain protein  30.04 
 
 
2927 aa  200  6e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.761605 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2658  hypothetical protein  28.12 
 
 
4689 aa  182  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1051  hypothetical protein  27.8 
 
 
4430 aa  153  9e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4606  large repetitive protein  23.62 
 
 
5559 aa  137  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0899  large repetitive protein  25.2 
 
 
5080 aa  137  6.999999999999999e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4656  hypothetical protein  23.8 
 
 
5559 aa  137  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4520  putative Ig domain protein  23.84 
 
 
5561 aa  134  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4605  putative Ig domain family protein  23.68 
 
 
5561 aa  134  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4512  large repetitive protein  23.76 
 
 
5561 aa  133  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2848  hemagglutinin/hemolysin-related protein  28.21 
 
 
4480 aa  114  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2063  type I secretion target repeat-containing protein  27.49 
 
 
3204 aa  114  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2392  cell wall associated biofilm protein  23.83 
 
 
2402 aa  98.2  4e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3027  hypothetical protein  30.67 
 
 
1278 aa  96.7  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1979  putative outer membrane adhesin like proteiin  24.96 
 
 
3038 aa  92  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.109352 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1448  hypothetical protein  30.95 
 
 
1019 aa  89  0.000000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6371  hypothetical protein  25.54 
 
 
3736 aa  88.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1313  hypothetical protein  28.62 
 
 
2202 aa  82.4  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1087  putative outer membrane adhesin like proteiin  34.08 
 
 
5098 aa  81.6  0.0000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000320164 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0994  hypothetical protein  28.46 
 
 
4874 aa  79.7  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0553  hypothetical protein  29.33 
 
 
500 aa  79.3  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2782  Ig domain protein group 1 domain protein  29.04 
 
 
4672 aa  79.3  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.117201 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2201  cable pili-associated 22 kDa adhesin protein  26.78 
 
 
2911 aa  78.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.266239  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0581  PKD domain protein  27.48 
 
 
1461 aa  75.5  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2914  NHL repeat-containing protein  26.87 
 
 
898 aa  68.6  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0718376  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1094  putative outer membrane adhesin like proteiin  30.74 
 
 
11716 aa  66.6  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.511917 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  36.92 
 
 
2807 aa  66.6  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  40.91 
 
 
4334 aa  65.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3066  hypothetical protein  26.66 
 
 
3925 aa  65.5  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.455665 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0563  type 1 secretion C-terminal target domain protein  35.25 
 
 
1706 aa  63.9  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2987  Fibronectin type III domain protein  27.76 
 
 
1301 aa  63.9  0.00000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0839301 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3082  peptidase domain protein  29.23 
 
 
539 aa  63.2  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0798  hypothetical protein  38.13 
 
 
1538 aa  63.5  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0284  hypothetical protein  28.74 
 
 
347 aa  62.8  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000141879  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2160  Hemolysin-type calcium-binding region  34.68 
 
 
3954 aa  62.8  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1161  Hemolysin-type calcium-binding region  41.18 
 
 
2537 aa  62  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3982  putative outer membrane adhesin like proteiin  30.75 
 
 
6683 aa  61.2  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4098  outer membrane adhesin like proteiin  30.75 
 
 
6662 aa  61.2  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4317  RTX toxin, putative  26.43 
 
 
2768 aa  60.8  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3923  WD-40 repeat-containing protein  21.62 
 
 
1789 aa  60.1  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.161753 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4253  fibronectin type III domain-containing protein  32.65 
 
 
680 aa  59.7  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3905  outer membrane adhesin like proteiin  30.47 
 
 
6779 aa  60.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3694  putative outer membrane adhesin like proteiin  35.53 
 
 
2507 aa  59.3  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0070  APHP domain-containing protein  25.34 
 
 
1951 aa  59.3  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0531  hypothetical protein  30.79 
 
 
850 aa  58.9  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744468  normal  0.643161 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33430  Ig-like domain-containing protein  28.39 
 
 
3230 aa  58.9  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0556  NHL repeat-containing protein  27.84 
 
 
899 aa  56.6  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2169  hypothetical protein  37.36 
 
 
637 aa  57  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.225639  normal  0.195248 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3075  outer membrane adhesin like proteiin  27.07 
 
 
3508 aa  56.6  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4114  hypothetical protein  40.67 
 
 
747 aa  56.6  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.842824 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2439  hemolysin-type calcium-binding region  33.72 
 
 
1286 aa  56.2  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.220432 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6074  hypothetical protein  25.84 
 
 
3734 aa  56.2  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4603  outer membrane adhesin like proteiin  25.64 
 
 
1867 aa  56.2  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.873009  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0797  outer membrane adhesin like proteiin  36.99 
 
 
1141 aa  55.5  0.00003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000422857  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2335  hemolysin-type calcium-binding region  30.43 
 
 
2198 aa  55.5  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0927  phosphoesterase, PA-phosphatase related  28.63 
 
 
5216 aa  54.7  0.00004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3150  hypothetical protein  30.83 
 
 
959 aa  54.7  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3642  putative outer membrane adhesin like protein  36.03 
 
 
4791 aa  53.9  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0020  hemolysin-type calcium-binding protein  34.65 
 
 
2890 aa  54.3  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1912  hypothetical protein  37.06 
 
 
709 aa  53.9  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0466434  normal  0.0319715 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3022  hypothetical protein  29.4 
 
 
3586 aa  53.9  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0783  outer membrane adhesin like proteiin  26.3 
 
 
4748 aa  53.9  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5407  hypothetical protein  27.14 
 
 
3714 aa  53.5  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4997  outer membrane protein  25.5 
 
 
4428 aa  53.5  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1665  outer membrane adhesin like proteiin  34.57 
 
 
2825 aa  53.5  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1871  Hemolysin-type calcium-binding region  37.5 
 
 
1855 aa  53.5  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0127507  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4418  hypothetical protein  29 
 
 
1207 aa  53.1  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.535259  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0105  VCBS  29.24 
 
 
1597 aa  52.8  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00289742  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1196  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  26.32 
 
 
3173 aa  53.1  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3591  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.58 
 
 
4220 aa  52.4  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3383  conserved repeat domain protein  34.48 
 
 
888 aa  52.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.466034  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4728  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.5 
 
 
2346 aa  52  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1836  NHL repeat-containing protein  37.84 
 
 
906 aa  52  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3430  hypothetical protein  27.16 
 
 
913 aa  52  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.836468  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1361  hypothetical protein  32.12 
 
 
2329 aa  52  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0713283 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1696  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.38 
 
 
1586 aa  52.4  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0006  von Willebrand factor type A  32.42 
 
 
2452 aa  51.6  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0491  outer membrane adhesin like proteiin  42.47 
 
 
7149 aa  51.2  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0756  polymorphic outer membrane protein  33.64 
 
 
2042 aa  51.2  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.442384  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2918  hypothetical protein  30.81 
 
 
714 aa  50.8  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1101  Fibronectin type III domain protein  28.68 
 
 
1462 aa  50.8  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3586  peptidoglycan-binding LysM  36.56 
 
 
352 aa  50.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0589826  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0368  cadherin  26.08 
 
 
5444 aa  50.4  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>