112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0768 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0768  outer membrane lipoprotein LolB  100 
 
 
205 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0724  outer membrane lipoprotein LolB  99.51 
 
 
205 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0758  outer membrane lipoprotein LolB  99.02 
 
 
205 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4459  outer membrane lipoprotein LolB  99.51 
 
 
205 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.855114  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0946  outer membrane lipoprotein LolB  86.34 
 
 
205 aa  371  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.562833  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1106  outer membrane lipoprotein LolB  84.88 
 
 
205 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4751  outer membrane lipoprotein LolB  81.46 
 
 
205 aa  358  3e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.208461  normal  0.129995 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1057  outer membrane lipoprotein LolB  74.51 
 
 
204 aa  321  5e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0342955  normal  0.469069 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61740  outer membrane lipoprotein LolB  78.05 
 
 
205 aa  319  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00215048 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5317  outer membrane lipoprotein LolB  77.07 
 
 
205 aa  317  6e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41500  outer membrane lipoprotein LolB  76.24 
 
 
208 aa  297  6e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.263625  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1526  outer membrane lipoprotein LolB  45.12 
 
 
214 aa  145  4.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.191238  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2363  outer membrane lipoprotein LolB  35.12 
 
 
208 aa  125  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0525  outer membrane lipoprotein LolB  38.8 
 
 
231 aa  124  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0058  outer membrane lipoprotein LolB  34.85 
 
 
210 aa  122  5e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.945413  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2028  outer membrane lipoprotein LolB  34.85 
 
 
210 aa  122  5e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0512  outer membrane lipoprotein LolB  37.88 
 
 
201 aa  121  6e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3602  outer membrane lipoprotein LolB  30.15 
 
 
192 aa  121  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0266005  normal  0.277706 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1166  outer membrane lipoprotein LolB  31.5 
 
 
221 aa  113  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.965253  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3254  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
209 aa  109  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.216885  normal  0.0301472 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0281  outer membrane lipoprotein LolB  36.84 
 
 
200 aa  108  6e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0589  hypothetical protein  32.47 
 
 
199 aa  100  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0608  hypothetical protein  31.96 
 
 
199 aa  99.8  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0680  outer membrane lipoprotein LolB  32.28 
 
 
200 aa  99  4e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0991  outer membrane lipoprotein LolB  36.36 
 
 
203 aa  97.1  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.389925  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0385  outer membrane lipoprotein LolB  34.64 
 
 
186 aa  95.9  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0388895 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0587  outer membrane lipoprotein LolB  30 
 
 
247 aa  94.7  8e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0343  outer membrane lipoprotein LolB  28.21 
 
 
216 aa  89.7  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.447592 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0788  outer membrane lipoprotein LolB  26.67 
 
 
203 aa  86.7  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3625  outer membrane lipoprotein LolB  32.03 
 
 
200 aa  86.3  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01248  outer membrane lipoprotein LolB  29.55 
 
 
212 aa  80.5  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0344  outer membrane lipoprotein LolB  35.62 
 
 
207 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0391337  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2568  outer membrane lipoprotein LolB  32.02 
 
 
207 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00716093  normal  0.193169 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3128  outer membrane lipoprotein LolB  31.21 
 
 
219 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000339408  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0279  outer membrane lipoprotein LolB  27.32 
 
 
207 aa  79.3  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0918  outer membrane lipoprotein LolB  27.23 
 
 
203 aa  79  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.126701  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0252  outer membrane lipoprotein LolB  27.32 
 
 
207 aa  78.6  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.171162  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1054  outer membrane lipoprotein LolB, putative  25.63 
 
 
202 aa  78.2  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.478428  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0174  hypothetical protein  31.32 
 
 
212 aa  76.6  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00862833 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4131  outer membrane lipoprotein LolB  33.58 
 
 
211 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.184636  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04545  outer membrane lipoprotein LolB  30.94 
 
 
217 aa  77  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.866316  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004205  outer membrane lipoprotein LolB precursor  26.7 
 
 
203 aa  75.9  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000360033  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1910  outer membrane lipoprotein LolB  30.2 
 
 
207 aa  75.5  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0427332  normal  0.728098 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1974  outer membrane lipoprotein LolB  30.2 
 
 
207 aa  75.5  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.356364  normal  0.962813 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1360  outer membrane lipoprotein LolB  30.2 
 
 
207 aa  75.5  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000530906  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1544  outer membrane lipoprotein LolB  30.2 
 
 
207 aa  75.5  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0381388  normal  0.080998 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0913  outer membrane lipoprotein LolB  27.64 
 
 
203 aa  75.5  0.0000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0456939  normal  0.470725 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3728  Outer membrane lipoprotein LolB  29.13 
 
 
190 aa  75.1  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.19888 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0187  outer membrane lipoprotein LolB  28.81 
 
 
212 aa  75.1  0.0000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.305755  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1916  outer membrane lipoprotein LolB  30.2 
 
 
207 aa  75.1  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00275751  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0724  outer membrane lipoprotein LolB  33.33 
 
 
219 aa  74.7  0.0000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.639372 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0317  outer membrane lipoprotein LolB  32.84 
 
 
210 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0182895  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0587  outer membrane lipoprotein LolB  32.09 
 
 
210 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.178798  hitchhiker  0.00290914 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2462  outer membrane lipoprotein LolB  31.76 
 
 
207 aa  72.8  0.000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00307032  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0291  outer membrane lipoprotein LolB  32.21 
 
 
204 aa  72.4  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2068  outer membrane lipoprotein LolB  31.18 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000433771  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1988  outer membrane lipoprotein LolB  31.25 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.253229  hitchhiker  0.00995537 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2103  outer membrane lipoprotein LolB  32.39 
 
 
240 aa  71.2  0.000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0502243  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0397  outer membrane lipoprotein LolB  28.48 
 
 
209 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000178523  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1373  outer membrane lipoprotein LolB  28.35 
 
 
207 aa  71.2  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.52349e-16  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01184  outer membrane lipoprotein LolB precursor  28.35 
 
 
207 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.21984  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2438  outer membrane lipoprotein LolB  28.35 
 
 
207 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000243213  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01194  hypothetical protein  28.35 
 
 
207 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.148307  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2914  outer membrane lipoprotein LolB  28.43 
 
 
216 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000324286  normal  0.441694 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1314  outer membrane lipoprotein LolB  28.35 
 
 
207 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000110519  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1357  outer membrane lipoprotein LolB  28.35 
 
 
207 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000990201  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2181  outer membrane lipoprotein LolB  30.59 
 
 
207 aa  70.1  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.865932  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2417  outer membrane lipoprotein LolB  28.35 
 
 
207 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00771642  hitchhiker  0.000457793 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1690  outer membrane lipoprotein LolB  28.35 
 
 
207 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000307213  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1933  outer membrane lipoprotein LolB  27.84 
 
 
207 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000607555  normal  0.239463 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3739  outer membrane lipoprotein LolB  26.77 
 
 
214 aa  68.2  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.137488  normal  0.709521 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1758  outer membrane lipoprotein LolB  27.33 
 
 
211 aa  67.8  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000519306  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2565  outer membrane lipoprotein LolB  24.54 
 
 
218 aa  67  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1854  outer membrane lipoprotein LolB  27 
 
 
206 aa  67  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.233451  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3461  outer membrane lipoprotein LolB  26.4 
 
 
218 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0667609  normal  0.949201 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0694  outer membrane lipoprotein LolB  26.77 
 
 
214 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.1425  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3616  outer membrane lipoprotein LolB  26.77 
 
 
214 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0409991  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3548  outer membrane lipoprotein LolB  26.73 
 
 
214 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.434882  hitchhiker  0.0000361379 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2339  outer membrane lipoprotein LolB  25.91 
 
 
203 aa  65.5  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0799  outer membrane lipoprotein LolB  25.76 
 
 
214 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000308164  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3555  putative outer membrane lipoprotein LolB  24.34 
 
 
215 aa  63.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.460457  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3171  outer membrane lipoprotein LolB  26.4 
 
 
214 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00520564  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0767  outer membrane lipoprotein LolB  26.4 
 
 
214 aa  63.2  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000782252  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3687  outer membrane lipoprotein LolB  30.63 
 
 
213 aa  63.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0163127  normal  0.471305 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2209  outer membrane lipoprotein LolB  30.2 
 
 
216 aa  63.5  0.000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00128485  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2383  outer membrane lipoprotein LolB  28.4 
 
 
218 aa  63.5  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.571518 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2763  outer membrane lipoprotein LolB, putative  28.4 
 
 
218 aa  63.5  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0795  outer membrane lipoprotein LolB  24.64 
 
 
214 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000501463  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2120  outer membrane lipoprotein LolB  29.56 
 
 
218 aa  61.6  0.000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00000299  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2070  outer membrane lipoprotein LolB  29.41 
 
 
206 aa  60.8  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00533994  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0721  outer membrane lipoprotein LolB  25.63 
 
 
203 aa  60.5  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0885014  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2860  outer membrane lipoprotein LolB  29.1 
 
 
206 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00718915  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2409  outer membrane lipoprotein LolB  26.67 
 
 
207 aa  60.5  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2718  outer membrane lipoprotein LolB  29.1 
 
 
201 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000827751  normal  0.448755 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3835  outer membrane lipoprotein LolB  24.15 
 
 
214 aa  58.9  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2116  outer membrane lipoprotein LolB  26.15 
 
 
207 aa  57.4  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454723  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2186  outer membrane lipoprotein LolB  28.36 
 
 
206 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2800  outer membrane lipoprotein LolB  28.36 
 
 
206 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0768098  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0515  outer membrane lipoprotein LolB  28.36 
 
 
206 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00665146  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2811  outer membrane lipoprotein LolB  28.36 
 
 
206 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>