More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0623 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0623  methyltransferase type 12  100 
 
 
249 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766953 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4586  methyltransferase type 12  92.37 
 
 
249 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.545494  normal  0.0935438 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0617  methyltransferase type 11  97.19 
 
 
249 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0514794  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0578  methyltransferase, putative  96.79 
 
 
249 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0633  methyltransferase, putative  84.27 
 
 
249 aa  441  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63310  hypothetical protein  83.94 
 
 
249 aa  431  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134236  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0740  methyltransferase type 11  84.27 
 
 
249 aa  430  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5512  hypothetical protein  83.13 
 
 
249 aa  425  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0641  smtA protein  81.85 
 
 
249 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07260  SAM dependent methyltransferase  79.03 
 
 
252 aa  407  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0740  smtA protein  77.73 
 
 
221 aa  340  9e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.867796  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1776  putative metallothionein SmtA  42.23 
 
 
261 aa  195  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.529612  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2568  putative metallothionein SmtA  44.18 
 
 
261 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2658  putative metallothionein SmtA  44.18 
 
 
261 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.492256  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1968  putative metallothionein SmtA  43.78 
 
 
261 aa  192  4e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.768696 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1725  methyltransferase type 11  42.8 
 
 
295 aa  187  9e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0440  methyltransferase type 12  39.92 
 
 
284 aa  187  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000034912  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2048  putative metallothionein SmtA  41.04 
 
 
261 aa  187  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.261011  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1056  putative metallothionein SmtA  40.24 
 
 
267 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0602785 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1089  putative metallothionein SmtA  40.24 
 
 
267 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0480774  normal  0.198133 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1105  putative metallothionein SmtA  40.24 
 
 
267 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.113863  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0997  putative metallothionein SmtA  40.24 
 
 
267 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.266496  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1082  putative metallothionein SmtA  39.92 
 
 
261 aa  186  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00106092  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00925  predicted S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  39.92 
 
 
261 aa  185  5e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00177111  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2722  Methyltransferase type 11  39.92 
 
 
261 aa  185  5e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000229495  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1028  putative metallothionein SmtA  39.92 
 
 
261 aa  185  5e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000016657  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2675  putative metallothionein SmtA  39.92 
 
 
261 aa  185  5e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000353459  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2403  putative metallothionein SmtA  39.92 
 
 
261 aa  185  5e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000691412  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00932  hypothetical protein  39.92 
 
 
261 aa  185  5e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00185326  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0084  SmtA protein  40.64 
 
 
259 aa  185  5e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1020  putative metallothionein SmtA  39.92 
 
 
261 aa  185  5e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000367391  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2199  putative metallothionein SmtA  39.92 
 
 
261 aa  185  5e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000201966  normal  0.110054 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1440  putative metallothionein SmtA  40.4 
 
 
258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.119507  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1024  putative metallothionein SmtA  39.84 
 
 
267 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.144274  normal  0.551504 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2560  SmtA protein  44.31 
 
 
268 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1722  putative metallothionein SmtA  42.4 
 
 
261 aa  182  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0872  methyltransferase type 11  41.96 
 
 
267 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00607117  hitchhiker  0.000000775855 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1544  methyltransferase  41.25 
 
 
295 aa  180  2e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.468935 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3149  smtA protein  41.9 
 
 
256 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.572529  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2302  putative metallothionein SmtA  42.17 
 
 
278 aa  178  8e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3316  methyltransferase type 11  39.84 
 
 
257 aa  177  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00129805  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0558  smtA protein  40.55 
 
 
260 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0558  methyltransferase type 11  40.08 
 
 
262 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3472  methyltransferase type 11  40.08 
 
 
262 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3751  Methyltransferase type 11  39.68 
 
 
257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0170338  normal  0.179038 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3807  methyltransferase type 11  39.29 
 
 
257 aa  171  9e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000356198  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3933  methyltransferase type 11  39.29 
 
 
257 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3417  methyltransferase type 12  39.76 
 
 
254 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0517  methyltransferase type 11  39.68 
 
 
257 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00131919  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0557  methyltransferase type 11  39.68 
 
 
261 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.958562  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2201  putative metallothionein SmtA  40.96 
 
 
261 aa  170  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3523  methyltransferase type 12  40 
 
 
256 aa  167  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.538759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1859  gluconate transporter  40.07 
 
 
262 aa  161  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.660589 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2185  putative metallothionein SmtA  35.98 
 
 
271 aa  160  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.166203  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0730  putative metallothionein SmtA  33.33 
 
 
259 aa  152  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0631637  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1320  putative metallothionein SmtA  36 
 
 
260 aa  150  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000108011  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003937  S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase functionally coupled to the MukBEF chromosome partitioning mechanism  34 
 
 
263 aa  149  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000294838  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01586  putative metallothionein SmtA  33.6 
 
 
263 aa  145  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2177  methyltransferase type 11  34.27 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0480419  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01900  SAM-dependent methyltransferase  33.47 
 
 
247 aa  135  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.144635  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0089  SmtA protein  40.34 
 
 
199 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1647  Methyltransferase type 12  34.56 
 
 
263 aa  89.4  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.505504 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3077  methyltransferase type 11  29.88 
 
 
252 aa  79.3  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.531691  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2941  Methyltransferase type 11  31.54 
 
 
257 aa  76.6  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000129742  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1392  type 11 methyltransferase  29.3 
 
 
245 aa  68.6  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.206555  normal  0.0445772 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0881  Methyltransferase type 11  32.08 
 
 
256 aa  67.4  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.374196 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3283  Methyltransferase type 11  35.43 
 
 
252 aa  66.2  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.48669  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1149  methyltransferase type 12  26.8 
 
 
245 aa  65.9  0.0000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1507  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  30.43 
 
 
247 aa  63.2  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.148991  normal  0.0208491 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1149  Methyltransferase type 11  29.37 
 
 
241 aa  62  0.000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000285461  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3214  Methyltransferase type 12  29.38 
 
 
265 aa  61.6  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.35564  hitchhiker  0.00217509 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2855  putative metallothionein SmtA  32.37 
 
 
252 aa  61.2  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0516683  normal  0.149663 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1401  methyltransferase type 11  31.43 
 
 
270 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.30255  hitchhiker  0.000533063 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1530  3-demethylubiquinone-9 3-O-methyltransferase  29.52 
 
 
237 aa  58.2  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4926  Methyltransferase type 11  31.28 
 
 
252 aa  57.4  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.16451  normal  0.0585071 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2186  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.78 
 
 
239 aa  56.2  0.0000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0852291  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3464  methyltransferase type 11  33.61 
 
 
249 aa  56.2  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0475337  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1398  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.18 
 
 
237 aa  55.5  0.0000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0217  UbiE/COQ5 methyltransferase  27.66 
 
 
255 aa  55.5  0.0000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0805678  normal  0.734054 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2462  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.18 
 
 
237 aa  55.5  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.331199 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2740  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.8 
 
 
238 aa  55.5  0.0000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1227  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.36 
 
 
232 aa  55.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000143556  normal  0.238391 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0464  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  29.52 
 
 
259 aa  54.7  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0272  Methyltransferase type 11  32.67 
 
 
258 aa  55.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3940  Methyltransferase type 11  27.37 
 
 
262 aa  54.7  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.524617  normal  0.24387 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02731  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.1 
 
 
235 aa  54.7  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23220  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.52 
 
 
232 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0574161  hitchhiker  0.00443225 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0947  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  31.4 
 
 
252 aa  53.5  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0162  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  25.58 
 
 
277 aa  53.5  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.466565  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3020  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  28.7 
 
 
249 aa  53.5  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.615191  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1622  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  32.08 
 
 
242 aa  53.5  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0876  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.36 
 
 
245 aa  53.9  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000138589  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3278  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.09 
 
 
238 aa  53.5  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0349494  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0194  UbiE/COQ5 methyltransferase  27.03 
 
 
253 aa  53.1  0.000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.920302  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1576  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.52 
 
 
229 aa  53.1  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0819441  unclonable  0.000000165496 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2139  Methyltransferase type 11  28.97 
 
 
240 aa  53.1  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0101077 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2260  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  30.7 
 
 
254 aa  53.1  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0516247  normal  0.429891 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0393  methyltransferase protein  48.21 
 
 
246 aa  52.8  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2029  Methyltransferase type 12  28.78 
 
 
215 aa  52.8  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1459  Methyltransferase type 11  31.13 
 
 
250 aa  52.4  0.000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>