120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0359 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0359  hypothetical protein  100 
 
 		 166 aa  336  7e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421684  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0333  hypothetical protein  95.42 
 
 		 166 aa  300  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0356  hypothetical protein  95.42 
 
 		 166 aa  300  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.685445  normal  0.682282 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4872  hypothetical protein  89.16 
 
 		 166 aa  293  7e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.685348  normal  0.205038 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5197  hypothetical protein  79.87 
 
 		 167 aa  259  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4725  hypothetical protein  76.65 
 
 		 167 aa  248  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541048  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0451  hypothetical protein  76.92 
 
 		 167 aa  248  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0567  hypothetical protein  66.07 
 
 		 169 aa  237  5e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0680548  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06040  hypothetical protein  64.52 
 
 		 234 aa  218  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0137157 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4123  hypothetical protein  56.02 
 
 		 170 aa  194  5.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2078  hypothetical protein  53.25 
 
 		 178 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.276405  normal  0.205084 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23190  hypothetical protein  49.4 
 
 		 178 aa  163  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41690  hypothetical protein  50.88 
 
 		 179 aa  160  9e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2285  hypothetical protein  51.63 
 
 		 183 aa  160  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.080209  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1762  hypothetical protein  46.43 
 
 		 178 aa  157  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3539  hypothetical protein  50 
 
 		 177 aa  157  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2083  hypothetical protein  52 
 
 		 178 aa  151  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.415599  hitchhiker  0.00412014 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3438  hypothetical protein  49.01 
 
 		 184 aa  151  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00573127  normal  0.0618334 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2332  hypothetical protein  49.01 
 
 		 178 aa  151  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1933  hypothetical protein  49.01 
 
 		 178 aa  150  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.160249  hitchhiker  0.00000000262846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1773  hypothetical protein  49.01 
 
 		 178 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.315144  hitchhiker  0.00000690981 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0099  hypothetical protein  42.59 
 
 		 175 aa  103  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0084  hypothetical protein  42.59 
 
 		 175 aa  102  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2063  hypothetical protein  35.98 
 
 		 180 aa  100  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000388438  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000112  hypothetical protein  37.76 
 
 		 227 aa  98.6  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2036  protein of unknown function DUF785  36.11 
 
 		 247 aa  98.2  5e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00734805  hitchhiker  0.0000094043 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2311  hypothetical protein  36.11 
 
 		 247 aa  98.2  5e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.13681  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2427  hypothetical protein  36.11 
 
 		 247 aa  98.2  5e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115437  normal  0.424192 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2034  hypothetical protein  36.11 
 
 		 247 aa  97.8  6e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2083  hypothetical protein  36.11 
 
 		 245 aa  97.4  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0115115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2579  hypothetical protein  35.42 
 
 		 248 aa  97.4  8e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000115581  unclonable  0.000000033287 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2370  hypothetical protein  34.36 
 
 		 251 aa  97.1  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0010262  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2084  hypothetical protein  34.72 
 
 		 274 aa  96.3  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0557102  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1847  hypothetical protein  35.53 
 
 		 239 aa  96.3  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.359209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1894  hypothetical protein  34.72 
 
 		 274 aa  95.5  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.246412 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2026  hypothetical protein  35.42 
 
 		 247 aa  95.5  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0115096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1949  hypothetical protein  34.27 
 
 		 273 aa  94.4  7e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1082  hypothetical protein  40.69 
 
 		 181 aa  92.4  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.443208  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0788  putative lipoprotein  35.92 
 
 		 222 aa  93.2  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1891  hypothetical protein  34.87 
 
 		 257 aa  92.4  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000232502  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05720  hypothetical protein  33.57 
 
 		 225 aa  92  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2188  hypothetical protein  36 
 
 		 256 aa  91.7  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000305325  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1069  hypothetical protein  40 
 
 		 189 aa  91.7  5e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.589582  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0263  hypothetical protein  40.82 
 
 		 159 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.315949 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1879  hypothetical protein  35.1 
 
 		 277 aa  90.1  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.257149  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17820  hypothetical protein  35.33 
 
 		 167 aa  89.7  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0561  hypothetical protein  36.55 
 
 		 174 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05970  hypothetical protein  36.55 
 
 		 174 aa  89  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.147073 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1883  putative lipoprotein  32.32 
 
 		 256 aa  89  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3694  hypothetical protein  33.15 
 
 		 199 aa  88.2  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.809592  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0264  hypothetical protein  39.46 
 
 		 179 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2935  protein of unknown function DUF785  33.14 
 
 		 172 aa  88.6  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0364  hypothetical protein  39.19 
 
 		 156 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0249  hypothetical protein  38.78 
 
 		 206 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0170407 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0274  hypothetical protein  38.78 
 
 		 179 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0235  hypothetical protein  39.46 
 
 		 158 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01593  hypothetical protein  34.55 
 
 		 248 aa  85.5  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4963  hypothetical protein  38.1 
 
 		 179 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000828049 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0172  hypothetical protein  38.78 
 
 		 158 aa  84.7  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2272  hypothetical protein  34.11 
 
 		 308 aa  84.7  5e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.245228  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5940  hypothetical protein  39.04 
 
 		 166 aa  84.3  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3348  deoxyxylulose-5-phosphate synthase  32.88 
 
 		 254 aa  83.6  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00039365  normal  0.0334035 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0448  putative lipoprotein  33.8 
 
 		 227 aa  83.2  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003930  hypothetical protein  32.48 
 
 		 248 aa  83.2  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.116829  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1105  hypothetical protein  34.11 
 
 		 267 aa  82  0.000000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0731  putative lipoprotein  32.62 
 
 		 245 aa  81.6  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000365202  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2429  protein of unknown function DUF785  33.96 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2042  hypothetical protein  31.08 
 
 		 268 aa  79.3  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0580  hypothetical protein  31.03 
 
 		 194 aa  78.6  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68640  hypothetical protein  38.28 
 
 		 144 aa  74.7  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05150  hypothetical protein  34.93 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.927999  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0685  hypothetical protein  32.21 
 
 		 160 aa  73.9  0.0000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000172197  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1241  hypothetical protein  33.33 
 
 		 145 aa  73.6  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0335249  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2099  hypothetical protein  34.21 
 
 		 157 aa  73.9  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2978  hypothetical protein  37.93 
 
 		 133 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.148956  normal  0.0419539 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001873  hypothetical protein  28.12 
 
 		 626 aa  72  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23190  hypothetical protein  32.89 
 
 		 176 aa  72.4  0.000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2826  aspartyl protease  32.19 
 
 		 151 aa  70.9  0.000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.65753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00619  hypothetical protein  27.5 
 
 		 627 aa  69.3  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2411  protein of unknown function DUF785  31.17 
 
 		 153 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3700  protein of unknown function DUF785  31.17 
 
 		 153 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.382849  normal  0.337608 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1870  hypothetical protein  32.39 
 
 		 147 aa  68.6  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2101  alpha-L-glutamate ligase  34.21 
 
 		 458 aa  67.8  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00703256  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000826  hypothetical protein  32.14 
 
 		 142 aa  67.8  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00006699  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2309  hypothetical protein  31.91 
 
 		 152 aa  66.6  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1093  hypothetical protein  29.85 
 
 		 165 aa  66.6  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0452  protein of unknown function DUF785  31.69 
 
 		 149 aa  67  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.985705  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0026  hypothetical protein  29.85 
 
 		 165 aa  66.6  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1765  protein of unknown function DUF785  29.86 
 
 		 165 aa  66.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.857542 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0616  hypothetical protein  34.13 
 
 		 160 aa  66.6  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  hitchhiker  0.000000000557594 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2040  hypothetical protein  32.39 
 
 		 148 aa  65.5  0.0000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0129341 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0387  hypothetical protein  30.46 
 
 		 161 aa  64.7  0.0000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06735  hypothetical protein  30.22 
 
 		 142 aa  63.2  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0771  hypothetical protein  30.26 
 
 		 266 aa  62.8  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.104884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2582  alpha-L-glutamate ligase  28.67 
 
 		 455 aa  63.2  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.151882  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  32.87 
 
 		 456 aa  61.6  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3667  hypothetical protein  30.99 
 
 		 149 aa  60.8  0.000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000287842  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2265  hypothetical protein  29.8 
 
 		 161 aa  60.5  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0761  hypothetical protein  28.17 
 
 		 146 aa  60.1  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00218793  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2354  hypothetical protein  30.07 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00335238  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>