40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0302 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0279  hypothetical protein  90 
 
 		 401 aa  731    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00141559  hitchhiker  0.000197761 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0297  hypothetical protein  92 
 
 		 401 aa  726    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000071449  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0302  hypothetical protein  100 
 
 		 401 aa  806    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000220682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4931  hypothetical protein  79.05 
 
 		 401 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000903966  hitchhiker  0.000000101808 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0308  hypothetical protein  68.17 
 
 		 401 aa  524  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000534116  normal  0.821712 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4915  hypothetical protein  62.87 
 
 		 423 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0218003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4273  hypothetical protein  64.16 
 
 		 412 aa  489  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.861564  hitchhiker  0.000000000308007 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5361  hypothetical protein  62.62 
 
 		 423 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04300  hypothetical protein  62.69 
 
 		 411 aa  451  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5894  hypothetical protein  61.85 
 
 		 406 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68100  hypothetical protein  66.45 
 
 		 311 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000176294  normal  0.0238566 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003882  hypothetical protein  39.25 
 
 		 398 aa  268  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.531865  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01794  hypothetical protein  39.85 
 
 		 398 aa  262  8.999999999999999e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3551  hypothetical protein  40.45 
 
 		 420 aa  261  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249465  normal  0.104352 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3657  SAM-dependent methyltransferase  42.79 
 
 		 414 aa  260  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.799058  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1496  hypothetical protein  38.13 
 
 		 398 aa  250  3e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000136846  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2737  hypothetical protein  38.29 
 
 		 473 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1509  hypothetical protein  37.14 
 
 		 426 aa  241  1e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1688  hypothetical protein  34.77 
 
 		 396 aa  236  6e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.243841  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3487  hypothetical protein  36.84 
 
 		 426 aa  234  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2038  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  40.6 
 
 		 397 aa  232  8.000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1712  hypothetical protein  39.14 
 
 		 428 aa  231  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1549  hypothetical protein  36.7 
 
 		 466 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1545  hypothetical protein  37.28 
 
 		 467 aa  230  3e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.349971  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1837  hypothetical protein  42.25 
 
 		 398 aa  228  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.16394  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1225  hypothetical protein  39.55 
 
 		 390 aa  227  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000882702  normal  0.259396 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2801  hypothetical protein  36.3 
 
 		 471 aa  227  3e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.70904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1364  hypothetical protein  36.6 
 
 		 438 aa  224  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1741  hypothetical protein  35.16 
 
 		 471 aa  223  4e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2616  hypothetical protein  37.5 
 
 		 455 aa  223  6e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1444  hypothetical protein  37.15 
 
 		 432 aa  222  8e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1579  hypothetical protein  34.98 
 
 		 477 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2716  hypothetical protein  38.07 
 
 		 456 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3160  hypothetical protein  36.48 
 
 		 406 aa  216  5e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.927544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1368  hypothetical protein  39.48 
 
 		 468 aa  210  3e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2549  hypothetical protein  36.59 
 
 		 455 aa  210  4e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1181  hypothetical protein  38.41 
 
 		 438 aa  192  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3246  hypothetical protein  29.19 
 
 		 444 aa  50.4  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0143918  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4286  hypothetical protein  29.17 
 
 		 406 aa  43.1  0.009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3988  hypothetical protein  27.78 
 
 		 406 aa  42.7  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.582259 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>