125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0274 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0274  hypothetical protein  100 
 
 		 179 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4963  hypothetical protein  98.32 
 
 		 179 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000828049 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0249  hypothetical protein  98.32 
 
 		 206 aa  360  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0170407 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0264  hypothetical protein  97.21 
 
 		 179 aa  353  6.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0172  hypothetical protein  87.01 
 
 		 158 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0263  hypothetical protein  85 
 
 		 159 aa  281  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.315949 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0235  hypothetical protein  86.36 
 
 		 158 aa  280  7.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5940  hypothetical protein  75.95 
 
 		 166 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0364  hypothetical protein  74.51 
 
 		 156 aa  244  4e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05150  hypothetical protein  78.62 
 
 		 148 aa  240  6e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.927999  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68640  hypothetical protein  77.61 
 
 		 144 aa  216  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2099  hypothetical protein  49.29 
 
 		 157 aa  135  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2101  alpha-L-glutamate ligase  45.8 
 
 		 458 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00703256  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0761  hypothetical protein  44.68 
 
 		 146 aa  125  4.0000000000000003e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00218793  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0452  protein of unknown function DUF785  44.76 
 
 		 149 aa  124  9e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.985705  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0245  hypothetical protein  45.71 
 
 		 154 aa  122  4e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.206911  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2582  alpha-L-glutamate ligase  39.46 
 
 		 455 aa  121  6e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.151882  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1765  protein of unknown function DUF785  41.01 
 
 		 165 aa  119  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.857542 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  41.54 
 
 		 456 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2309  hypothetical protein  43.28 
 
 		 152 aa  117  7e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23190  hypothetical protein  43.17 
 
 		 176 aa  115  3e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1870  hypothetical protein  40.74 
 
 		 147 aa  115  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  42.11 
 
 		 459 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3341  ribosomal protein S6 modification protein  41.13 
 
 		 471 aa  114  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0616  hypothetical protein  43.08 
 
 		 160 aa  113  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  hitchhiker  0.000000000557594 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0387  hypothetical protein  41.04 
 
 		 161 aa  112  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2826  aspartyl protease  40.14 
 
 		 151 aa  112  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.65753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2040  hypothetical protein  38.36 
 
 		 148 aa  111  5e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0129341 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2354  hypothetical protein  39.47 
 
 		 163 aa  111  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00335238  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2034  transglutaminase-like  40.71 
 
 		 145 aa  110  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.693403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0685  hypothetical protein  39.44 
 
 		 160 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000172197  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2641  hypothetical protein  36.88 
 
 		 143 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0769  SSU ribosomal protein S6P modification protein  42.47 
 
 		 471 aa  107  7.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.974202  normal  0.327706 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0613  protein of unknown function DUF785  39.44 
 
 		 146 aa  107  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.583928 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1211  hypothetical protein  37.23 
 
 		 143 aa  106  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.435819  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1550  hypothetical protein  43.07 
 
 		 164 aa  105  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2265  hypothetical protein  41.04 
 
 		 161 aa  105  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06735  hypothetical protein  41.91 
 
 		 142 aa  105  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3700  protein of unknown function DUF785  41.43 
 
 		 153 aa  105  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.382849  normal  0.337608 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000826  hypothetical protein  40.71 
 
 		 142 aa  105  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00006699  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2411  protein of unknown function DUF785  41.43 
 
 		 153 aa  105  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3667  hypothetical protein  38.24 
 
 		 149 aa  104  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000287842  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000112  hypothetical protein  38.78 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3666  hypothetical protein  39.42 
 
 		 141 aa  100  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1241  hypothetical protein  47.48 
 
 		 145 aa  98.6  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0335249  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5197  hypothetical protein  37.24 
 
 		 167 aa  94  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3694  hypothetical protein  33.97 
 
 		 199 aa  93.2  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.809592  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00714  aspartyl protease  36.92 
 
 		 144 aa  91.3  7e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05720  hypothetical protein  35.81 
 
 		 225 aa  90.5  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0333  hypothetical protein  39.19 
 
 		 166 aa  87.8  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0356  hypothetical protein  39.19 
 
 		 166 aa  87.8  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.685445  normal  0.682282 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0448  putative lipoprotein  34.32 
 
 		 227 aa  87  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1933  hypothetical protein  37.18 
 
 		 178 aa  87  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.160249  hitchhiker  0.00000000262846 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1879  hypothetical protein  36.67 
 
 		 277 aa  86.7  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.257149  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0359  hypothetical protein  38.78 
 
 		 166 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421684  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1773  hypothetical protein  36.91 
 
 		 178 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.315144  hitchhiker  0.00000690981 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4123  hypothetical protein  34.9 
 
 		 170 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4872  hypothetical protein  37.41 
 
 		 166 aa  84.3  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.685348  normal  0.205038 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2332  hypothetical protein  37.18 
 
 		 178 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3438  hypothetical protein  37.18 
 
 		 184 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00573127  normal  0.0618334 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2083  hypothetical protein  35.81 
 
 		 178 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.415599  hitchhiker  0.00412014 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1762  hypothetical protein  34.9 
 
 		 178 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23190  hypothetical protein  35.81 
 
 		 178 aa  82.8  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2285  hypothetical protein  35.81 
 
 		 183 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.080209  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3539  hypothetical protein  36.49 
 
 		 177 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41690  hypothetical protein  36.49 
 
 		 179 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0788  putative lipoprotein  34.69 
 
 		 222 aa  81.3  0.000000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0580  hypothetical protein  38.39 
 
 		 194 aa  80.9  0.000000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06040  hypothetical protein  36.36 
 
 		 234 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0137157 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2078  hypothetical protein  33.33 
 
 		 178 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.276405  normal  0.205084 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0771  hypothetical protein  35.62 
 
 		 266 aa  79  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.104884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0567  hypothetical protein  34.9 
 
 		 169 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0680548  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3348  deoxyxylulose-5-phosphate synthase  34.84 
 
 		 254 aa  77.4  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00039365  normal  0.0334035 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1883  putative lipoprotein  35.37 
 
 		 256 aa  75.1  0.0000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2042  hypothetical protein  34.71 
 
 		 268 aa  74.3  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1082  hypothetical protein  34.09 
 
 		 181 aa  73.6  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.443208  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6088  protein of unknown function DUF785  34.11 
 
 		 162 aa  73.6  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4725  hypothetical protein  33.11 
 
 		 167 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0731  putative lipoprotein  36.62 
 
 		 245 aa  72.4  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000365202  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1686  hypothetical protein  33.61 
 
 		 141 aa  72.4  0.000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01593  hypothetical protein  32.87 
 
 		 248 aa  72  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1069  hypothetical protein  38.14 
 
 		 189 aa  71.2  0.000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.589582  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2063  hypothetical protein  30.66 
 
 		 180 aa  71.2  0.000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000388438  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2429  protein of unknown function DUF785  33.09 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17820  hypothetical protein  33.93 
 
 		 167 aa  69.3  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0451  hypothetical protein  31.79 
 
 		 167 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003930  hypothetical protein  31.47 
 
 		 248 aa  67  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.116829  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2272  hypothetical protein  35.51 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.245228  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02455  hypothetical protein  32.23 
 
 		 152 aa  67.4  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2935  protein of unknown function DUF785  32.65 
 
 		 172 aa  65.5  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1894  hypothetical protein  34.9 
 
 		 274 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.246412 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2084  hypothetical protein  34.9 
 
 		 274 aa  64.7  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0557102  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1105  hypothetical protein  35.94 
 
 		 267 aa  63.5  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1949  hypothetical protein  35.29 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0099  hypothetical protein  31.51 
 
 		 175 aa  63.2  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0084  hypothetical protein  31.29 
 
 		 175 aa  63.2  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2026  hypothetical protein  31.51 
 
 		 247 aa  62  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0115096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2370  hypothetical protein  35.48 
 
 		 251 aa  61.6  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0010262  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0561  hypothetical protein  36.04 
 
 		 174 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2034  hypothetical protein  33.09 
 
 		 247 aa  60.8  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>