88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0143 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0143  endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 
284 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0145  endonuclease/exonuclease/phosphatase  98.24 
 
 
284 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.883526  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0128  endonuclease/exonuclease/phosphatase  98.24 
 
 
284 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.503703  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5100  endonuclease/exonuclease/phosphatase  92.25 
 
 
284 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0779207 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0051  endonuclease/exonuclease/phosphatase  84.51 
 
 
292 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.171004 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0267  endonuclease/exonuclease/phosphatase  85.3 
 
 
291 aa  487  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0340  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  85.3 
 
 
291 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72430  hypothetical protein  79.86 
 
 
292 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6287  hypothetical protein  85.54 
 
 
274 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0159  endonuclease/exonuclease/phosphatase  76.24 
 
 
290 aa  433  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.171713  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01980  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  76.87 
 
 
286 aa  426  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.496471  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3567  endonuclease/exonuclease/phosphatase  58.26 
 
 
286 aa  299  4e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.202667  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2849  endonuclease/exonuclease/phosphatase  51.56 
 
 
276 aa  262  4e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.942011  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3119  endonuclease/exonuclease/phosphatase  57.14 
 
 
271 aa  261  8e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.635423  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2393  endonuclease/exonuclease/phosphatase  48.24 
 
 
277 aa  249  4e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2639  endonuclease/exonuclease/phosphatase  51.42 
 
 
288 aa  240  2e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2601  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  48.61 
 
 
282 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.792599  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0093  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  46 
 
 
294 aa  229  3e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04435  endonuclease/exonuclease/phosphatase  48.16 
 
 
255 aa  226  2e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0035  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  47.79 
 
 
290 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.742577  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3406  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  45.9 
 
 
245 aa  211  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.325788  normal  0.617389 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0694  endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.13 
 
 
256 aa  205  8e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.4725  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0781  hypothetical protein  43.72 
 
 
256 aa  201  9e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2166  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.65 
 
 
286 aa  181  1e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0800  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.37 
 
 
258 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179814  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0649  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  40.08 
 
 
250 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.441021  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4697  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.85 
 
 
328 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1193  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.08 
 
 
244 aa  79.7  0.00000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.53 
 
 
328 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215897  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3513  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.94 
 
 
236 aa  66.2  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00703913  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5127  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.9 
 
 
242 aa  65.9  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.0539363 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1010  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.02 
 
 
261 aa  65.5  0.000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0900  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.48 
 
 
257 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4045  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.95 
 
 
242 aa  63.9  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2988  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.09 
 
 
282 aa  63.2  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.685317  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2555  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.95 
 
 
257 aa  63.5  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.337597  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0692  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.73 
 
 
245 aa  62  0.000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.221154  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5423  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.02 
 
 
242 aa  62  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313531  hitchhiker  0.0062358 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0791  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.93 
 
 
808 aa  62  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.548418  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2799  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.23 
 
 
244 aa  61.6  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21370  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.86 
 
 
281 aa  60.1  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4022  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.48 
 
 
271 aa  58.5  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4976  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.95 
 
 
266 aa  58.5  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000483065 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5005  hypothetical protein  26.89 
 
 
245 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2329  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.88 
 
 
248 aa  57.8  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000636938  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1188  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.39 
 
 
837 aa  57.4  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4845  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.18 
 
 
283 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.346949  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0607  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.8 
 
 
253 aa  55.8  0.0000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0962  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.63 
 
 
255 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0980  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.63 
 
 
255 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28333  normal  0.0626393 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0990  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.63 
 
 
255 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1916  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.64 
 
 
230 aa  54.7  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2394  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.6 
 
 
240 aa  53.9  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0672115  normal  0.448912 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0239  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.25 
 
 
258 aa  52.4  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.577245  normal  0.289646 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0870  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.42 
 
 
287 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282627  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5732  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.56 
 
 
300 aa  49.7  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.673881  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0383  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.27 
 
 
266 aa  49.7  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2528  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.3 
 
 
312 aa  49.3  0.00008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.772852  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0808  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.11 
 
 
257 aa  48.9  0.00009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.555445  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2527  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.4 
 
 
576 aa  48.9  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4386  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.99 
 
 
269 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3253  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.56 
 
 
253 aa  47  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.378001  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3786  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.63 
 
 
269 aa  47  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2124  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.14 
 
 
240 aa  47  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.908976 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0472  hypothetical protein  30.14 
 
 
240 aa  47  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3204  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.47 
 
 
259 aa  47  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24830  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.1 
 
 
276 aa  46.6  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.669671  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1524  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.08 
 
 
228 aa  46.2  0.0006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2702  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.39 
 
 
265 aa  46.2  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5411  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.8 
 
 
250 aa  45.8  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.746518 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4026  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.42 
 
 
265 aa  45.8  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01462  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.14 
 
 
233 aa  45.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1343  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.24 
 
 
279 aa  45.4  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591358  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6275  Metal-dependent hydrolase-like protein  29.73 
 
 
617 aa  44.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0433121  decreased coverage  0.00812081 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1034  hypothetical protein  33.33 
 
 
232 aa  44.3  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2325  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.08 
 
 
231 aa  43.9  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.415298 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2679  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.17 
 
 
282 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2865  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.75 
 
 
261 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5307  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.64 
 
 
244 aa  43.5  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1514  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.19 
 
 
246 aa  43.9  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.126297 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3760  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.63 
 
 
249 aa  43.9  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0420  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.25 
 
 
236 aa  43.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3358  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.63 
 
 
298 aa  43.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2772  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.75 
 
 
261 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.472556  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2849  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.5 
 
 
644 aa  42.7  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00190481  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2727  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.76 
 
 
246 aa  43.1  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.216689  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0846  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.63 
 
 
292 aa  42.4  0.009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3653  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.22 
 
 
249 aa  42.4  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.477132  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>