235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_2964 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008609  Ppro_2964  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 74 aa  155  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000866292  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2051  host factor Hfq  78.38 
 
 		 74 aa  130  5e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.5698699999999994e-20  hitchhiker  0.000000013657 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1999  hfq protein  78.38 
 
 		 74 aa  130  7.999999999999999e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000129035  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0991  RNA chaperone Hfq  78.38 
 
 		 76 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000748773  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1772  RNA chaperone Hfq  75.68 
 
 		 74 aa  127  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000203944  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3280  RNA chaperone Hfq  75.68 
 
 		 74 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0980  RNA chaperone Hfq  75.68 
 
 		 74 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000000997875  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1306  uncharacterized host factor I protein  72.6 
 
 		 77 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.97567e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2103  RNA-binding protein Hfq  57.38 
 
 		 75 aa  71.6  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 92 aa  69.3  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1223  RNA-binding protein Hfq  55.74 
 
 		 74 aa  68.9  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000846944  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2131  RNA chaperone Hfq  48.48 
 
 		 80 aa  69.3  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.187321  normal  0.0262415 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  47.62 
 
 		 86 aa  68.2  0.00000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  46.88 
 
 		 83 aa  68.2  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  51.52 
 
 		 86 aa  68.2  0.00000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  46.97 
 
 		 80 aa  67.4  0.00000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  46.88 
 
 		 84 aa  66.6  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1086  host factor Hfq  53.03 
 
 		 89 aa  66.6  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.374835  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  50.77 
 
 		 80 aa  66.2  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  45.45 
 
 		 85 aa  65.5  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  43.28 
 
 		 83 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  51.52 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2013  RNA chaperone Hfq  55.38 
 
 		 92 aa  65.1  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  47.76 
 
 		 80 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  47.76 
 
 		 80 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1105  RNA-binding protein Hfq  48.48 
 
 		 96 aa  65.1  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2769  RNA chaperone Hfq  48.53 
 
 		 83 aa  65.1  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.731681  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0121  RNA chaperone Hfq  45.59 
 
 		 88 aa  64.7  0.0000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000257179  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 82 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07540  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 84 aa  64.7  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 82 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  51.67 
 
 		 86 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3478  RNA-binding protein Hfq  54.1 
 
 		 74 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000029119  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1490  RNA-binding protein Hfq  54.1 
 
 		 74 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000177401  normal  0.0133073 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3740  RNA-binding protein Hfq  54.1 
 
 		 74 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000182671  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3559  RNA-binding protein Hfq  54.1 
 
 		 74 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3458  RNA-binding protein Hfq  54.1 
 
 		 74 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000205772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3472  RNA-binding protein Hfq  54.1 
 
 		 74 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100846  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  51.67 
 
 		 86 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3842  RNA-binding protein Hfq  54.1 
 
 		 74 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000757377  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  51.67 
 
 		 86 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3763  RNA-binding protein Hfq  54.1 
 
 		 74 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632531  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2390  RNA-binding protein Hfq  54.1 
 
 		 74 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000174663  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3722  RNA-binding protein Hfq  54.1 
 
 		 74 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.2599e-36 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0573  RNA chaperone Hfq  48.48 
 
 		 89 aa  64.3  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174076  hitchhiker  0.000000000517763 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3812  RNA-binding protein Hfq  54.1 
 
 		 74 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000446161  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  51.67 
 
 		 86 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 86 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  51.67 
 
 		 90 aa  64.3  0.0000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0058  RNA-binding protein Hfq  51.52 
 
 		 92 aa  63.9  0.0000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0070  RNA-binding protein Hfq  51.52 
 
 		 92 aa  63.9  0.0000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4341  host factor Hfq  51.72 
 
 		 96 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  42.42 
 
 		 82 aa  63.9  0.0000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002259  RNA-binding protein Hfq  46.97 
 
 		 87 aa  63.5  0.0000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.912109  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2758  RNA-binding protein Hfq  46.97 
 
 		 87 aa  63.5  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269118  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  51.47 
 
 		 98 aa  63.5  0.0000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  46.97 
 
 		 82 aa  63.2  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00094  RNA-binding protein Hfq  46.97 
 
 		 87 aa  63.2  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  46.97 
 
 		 89 aa  62.8  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1884  RNA chaperone Hfq  47.46 
 
 		 88 aa  63.2  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3311  RNA chaperone Hfq  46.97 
 
 		 85 aa  62.8  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486536  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1471  RNA-binding protein Hfq  51.67 
 
 		 91 aa  63.5  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1559  RNA chaperone Hfq  47.46 
 
 		 88 aa  63.2  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192347  unclonable  0.0000000000337191 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2632  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 81 aa  62.8  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.101159  unclonable  0.00000000000321627 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  49.23 
 
 		 82 aa  63.5  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  46.97 
 
 		 94 aa  63.2  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0603  host factor-I protein  46.97 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3893  RNA chaperone Hfq  46.97 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0570071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1286  RNA chaperone Hfq  48.53 
 
 		 80 aa  62.4  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.519898  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0566  RNA chaperone Hfq  46.97 
 
 		 92 aa  62.4  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0286817  normal  0.207792 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2667  RNA-binding protein Hfq  48.33 
 
 		 86 aa  62.8  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1277  host factor Hfq  48.33 
 
 		 83 aa  62.4  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94018  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3767  RNA chaperone Hfq  46.97 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00011566  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0598  RNA-binding protein Hfq  46.97 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00147514  hitchhiker  0.00000962833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3432  RNA-binding protein Hfq  46.97 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.528645  normal  0.0945438 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  46.15 
 
 		 85 aa  62.8  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0597  RNA-binding protein Hfq  46.97 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.448781  hitchhiker  0.00000118044 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0797  RNA chaperone Hfq  46.97 
 
 		 93 aa  62.4  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733569  hitchhiker  0.00597566 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0558  RNA chaperone Hfq  46.97 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00283933  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3280  RNA chaperone Hfq  46.97 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00627762  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3710  RNA chaperone Hfq  46.97 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.42469  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04039  RNA-binding protein Hfq  49.21 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0456989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  49.21 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4758  RNA-binding protein Hfq  46.97 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4942  hfq protein  44.59 
 
 		 86 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4722  RNA-binding protein Hfq  46.97 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0572  RNA-binding protein Hfq  44.59 
 
 		 86 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.753589 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0523  RNA-binding protein Hfq  50.88 
 
 		 86 aa  62  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0178415  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  49.21 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4629  RNA-binding protein Hfq  46.97 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  49.21 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04001  hypothetical protein  49.21 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0345418  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0355  RNA-binding protein Hfq  46.97 
 
 		 103 aa  61.6  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0252672  hitchhiker  0.00389143 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  49.21 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0535  RNA-binding protein Hfq  46.97 
 
 		 99 aa  61.6  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000282638  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3238  RNA chaperone Hfq  46.97 
 
 		 77 aa  62  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  49.21 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0431  RNA-binding protein Hfq  46.97 
 
 		 102 aa  62  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  49.21 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4639  RNA-binding protein Hfq  46.97 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.139289  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>