23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_0257 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008609  Ppro_0257  putative sex pilus assembly and synthesis protein  100 
 
 
192 aa  388  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.788798  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0320  conserved hypothetical sex pilus assembly and synthesis protein  90.62 
 
 
192 aa  356  9.999999999999999e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3781  putative sex pilus assembly and synthesis protein  45.65 
 
 
199 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.271719  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0930  putative conjugative transfer protein TraE  31.87 
 
 
192 aa  74.3  0.0000000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0844234  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6792  hypothetical protein  26.6 
 
 
203 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2315  plasmid-like conjugative transfer protein TraE  25 
 
 
188 aa  61.2  0.000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_04  conjugative transfer protein TraE  27.78 
 
 
186 aa  60.1  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1540  plasmid-like conjugative transfer protein TraE  24.83 
 
 
188 aa  59.3  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.475003  normal  0.191593 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2157  hypothetical protein  23.64 
 
 
190 aa  58.9  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2648  plasmid-like conjugative transfer protein TraE  24.54 
 
 
188 aa  57.8  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4631  type IV conjugative transfer system protein TraE  24.22 
 
 
188 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.802184 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4498  type IV conjugative transfer system protein TraE  26.47 
 
 
188 aa  55.8  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4374  type IV conjugative transfer system protein TraE  26.47 
 
 
188 aa  55.5  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.23647  normal 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4539  type IV conjugative transfer system protein TraE  26.47 
 
 
188 aa  55.5  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.369103  normal  0.416907 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4442  type IV conjugative transfer system protein TraE  26.67 
 
 
188 aa  55.1  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0365  sex pilus assembly protein  26.99 
 
 
213 aa  55.1  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0623018  normal 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4446  TraE family protein  24.84 
 
 
188 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.622638  normal 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0037  conjugal transfer pilus assembly protein TraE  26.06 
 
 
188 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4183  hypothetical protein  22.45 
 
 
197 aa  49.7  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.0000132578  hitchhiker  0.0000422379 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5366  TraE family protein  23.46 
 
 
188 aa  47.4  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.163981 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0024  hypothetical protein  22.29 
 
 
185 aa  47  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1079  type IV conjugative transfer system protein TraE  22.45 
 
 
204 aa  46.2  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360981  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4011  TraE family protein  22.67 
 
 
207 aa  43.5  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.57449  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>