103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0043 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0043  tRNA-Lys  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000122965  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0042  tRNA-Lys  97.33 
 
 
75 bp  133  6e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000336952  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0023  tRNA-Lys  96.05 
 
 
76 bp  119  9e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0013  tRNA-Lys  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.882004  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t36  tRNA-Lys  90.79 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0039  tRNA-Lys  90.79 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  97.78 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.489322  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0023  tRNA-Lys  97.78 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.299591  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_722  tRNA-Lys  97.78 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0030  tRNA-Lys  90.14 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0471674  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R07  tRNA-Thr  91.67 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0011  tRNA-Asn  91.49 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00131891  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0050  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.016026  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0051  tRNA-Lys  88.46 
 
 
75 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.106867  normal  0.0466921 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0048  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000334788 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  96.77 
 
 
73 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  96.77 
 
 
73 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.027196  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  96.77 
 
 
73 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  89.36 
 
 
76 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  89.36 
 
 
76 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  89.36 
 
 
76 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0025  tRNA-Lys  96.77 
 
 
73 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0132598  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0174  tRNA-Lys  96.77 
 
 
73 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0415  tRNA-Lys  96.77 
 
 
73 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0379576  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0019  tRNA-Lys  89.36 
 
 
76 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.475559  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0075  tRNA-Lys  89.36 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0035  tRNA-Lys  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.206932  normal  0.941173 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0040  tRNA-Asn  89.36 
 
 
76 bp  54  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0275291  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  89.36 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0029  tRNA-Lys  89.13 
 
 
76 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.379837  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0030  tRNA-Lys  89.13 
 
 
73 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.455261  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14025  tRNA-Asn  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4239  tRNA-Lys  90.48 
 
 
78 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00412423  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2046  tRNA-Lys  90.48 
 
 
78 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000370287  hitchhiker  0.00336958 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0071  tRNA-Lys  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0027  tRNA-Lys  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0211133  hitchhiker  0.000000873105 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0052  tRNA-Lys  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0045  tRNA-Lys  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.315592  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0015  tRNA-Lys  89.13 
 
 
76 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.424743  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  87.72 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0027  tRNA-Lys  86.79 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lppt14  tRNA-Thr  87.5 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt14  tRNA-Thr  87.5 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0015  tRNA-Lys  96.43 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.905096  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0039  tRNA-Lys  87.5 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.163516  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0047  tRNA-Lys  87.5 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000113586  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0016  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0033  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0059  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0077  tRNA-Lys  87.5 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0006  tRNA-Asn  88.64 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.242548  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0053  tRNA-Asn  88.64 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.32132  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt44  tRNA-Lys  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.305367 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt014  tRNA-Thr  87.23 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0018476  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0037  tRNA-Lys  87.23 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.663839  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0045  tRNA-Lys  88.37 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0025  tRNA-Lys  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  87.23 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  87.23 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0032  tRNA-Asn  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172004  normal  0.954091 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0043  tRNA-Lys  87.23 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00102089  hitchhiker  0.00032415 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0045  tRNA-Lys  88.37 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.499145 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  87.23 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0060  tRNA-Lys  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0060  tRNA-Lys  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.845098  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna43  tRNA-Lys  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0022  tRNA-Lys  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0195324  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0023  tRNA-Lys  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.051511  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0047  tRNA-Lys  88.37 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0002  tRNA-Asn  87.23 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409498 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0047  tRNA-Lys  88.37 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0009  tRNA-Lys  87.23 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.66226  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0035  tRNA-Lys  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0047  tRNA-Lys  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157742  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0016  tRNA-Thr  87.23 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0049  tRNA-Thr  87.23 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0039  tRNA-Gln  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0020  tRNA-Lys  87.23 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.454268  normal  0.255497 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R85  tRNA-Asn  86.96 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000392711  normal  0.139557 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0025  tRNA-Lys  86.96 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.949692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0026  tRNA-Lys  86.96 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0062  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.209249  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0073  tRNA-Asn  85.19 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2505  tRNA-Asn  85.19 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2780  tRNA-Asn  85.19 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0095  tRNA-Asn  85.19 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2211  tRNA-Asn  85.19 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2466  tRNA-Asn  85.19 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0060  tRNA-Lys  86.96 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00479449  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0061  tRNA-Lys  86.96 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00229063  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  86.96 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0037  tRNA-Lys  86.96 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000296875  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0029  tRNA-Lys  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000384489  normal  0.924155 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0046  tRNA-Lys  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0042  tRNA-Lys  86.96 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00104158  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0035  tRNA-Asn  86.96 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0599  tRNA-Lys  93.33 
 
 
78 bp  44.1  0.004  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0078  tRNA-Lys  86.96 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0983786 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0076  tRNA-Lys  93.33 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0030  tRNA-Lys  86.96 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>