67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0021 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0021  tRNA-Glu  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0015  tRNA-Glu  100 
 
 		 77 bp  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00567316  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0040  tRNA-Glu  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000576677  normal  0.10261 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t31  tRNA-Glu  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00120069  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0027  tRNA-Glu  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139828  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0047  tRNA-Glu  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00511598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0023  tRNA-Glu  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000272439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0007  tRNA-Glu  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0050  tRNA-Glu  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.199689  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0018  tRNA-Glu  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05430  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000667739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0005  tRNA-Glu  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0029  tRNA-Glu  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.259025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0031  tRNA-Glu  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0288989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0020  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0004  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0054  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0186416  hitchhiker  0.00098617 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0083  tRNA-Glu  89.83 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0043  tRNA-Glu  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0981603  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0033  tRNA-Glu  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0516198  hitchhiker  0.000000402532 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0039  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022733  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0066  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000193579  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0065  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0003  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0763147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0061  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0057  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0059  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.327246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0002  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.509318 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0039  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0012  tRNA-Glu  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0014  tRNA-Glu  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.807422  normal  0.0868676 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0012  tRNA-Glu  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0011  tRNA-Glu  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000477421 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0013  tRNA-Glu  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.330262 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1796  tRNA-Glu  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0006  tRNA-Glu  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0052  tRNA-Glu  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.662201 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0023  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.294422  unclonable  0.0000000304821 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0008  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0007  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0034  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.187046  normal  0.0177267 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0064  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0044  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0060  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.222014  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08980  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000013154 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0023  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0770759  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0023  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0024  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.229893  normal  0.201113 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0022  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.572486  hitchhiker  0.00000059439 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0019  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01850  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.068843  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0062  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.216976  normal  0.206697 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0046  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1596  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000039166  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0021  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0041  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119319  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0007  tRNA-Glu  85.71 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.866877  hitchhiker  0.000537745 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0015  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0034  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0033  tRNA-Glu  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000114551  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0060  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.790027  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0017  tRNA-Glu  89.13 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0003  tRNA-Asp  89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.541849 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0058  tRNA-Asp  89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0063  tRNA-Asp  89.47 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.453793  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>