27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2712 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2712  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 134 aa  275  1e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1798  XRE family transcriptional regulator  53.73 
 
 		 135 aa  140  7e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.853866  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1808  XRE family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 135 aa  116  9.999999999999999e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0459623  normal  0.163421 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1480  transcriptional regulator, XRE family  57.32 
 
 		 134 aa  113  7.999999999999999e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.204155  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4822  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.77 
 
 		 90 aa  59.3  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.246959  normal  0.144196 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2419  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.33 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1519  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 97 aa  55.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.37865  normal  0.680818 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0351  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  38.89 
 
 		 111 aa  50.4  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.598178  normal  0.107212 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1851  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 160 aa  48.5  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0938  helix-turn-helix domain-containing protein  30.67 
 
 		 155 aa  45.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4943  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 82 aa  43.9  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358741  normal  0.505342 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 212 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 115 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  38 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 68 aa  42  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3281  transcriptional regulator, XRE family  30.49 
 
 		 173 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.871806 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2818  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 		 173 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 76 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 200 aa  41.2  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 112 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3749  helix-turn-helix domain protein  29.63 
 
 		 138 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06171  RNA polymerase sigma-54 factor  47.83 
 
 		 467 aa  41.2  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00995  RNA polymerase sigma-54 factor  47.83 
 
 		 467 aa  41.2  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.580928  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 		 67 aa  40.4  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 		 81 aa  40.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 95 aa  40  0.01  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6741  putative transcriptional regulator  45.65 
 
 		 58 aa  40  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0202746  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>