112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2404 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2404  antirestriction protein  100 
 
 		 125 aa  262  1e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.236455  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4227  antirestriction protein  65.49 
 
 		 184 aa  155  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0722776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0255  antirestriction protein  63.64 
 
 		 299 aa  153  8e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0574  antirestriction protein  64.66 
 
 		 304 aa  147  5e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3793  hypothetical protein  65.49 
 
 		 301 aa  142  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.462521  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1960  domain of unknown function DUF1738  62.16 
 
 		 299 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4029  peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site  62.83 
 
 		 301 aa  135  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1972  domain of unknown function DUF1738  54.78 
 
 		 362 aa  134  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0738445  normal  0.0525568 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6561  domain of unknown function DUF1738  55.86 
 
 		 306 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4973  domain of unknown function DUF1738  54.95 
 
 		 306 aa  118  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5543  domain of unknown function DUF1738  54.46 
 
 		 306 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234849  hitchhiker  0.00000802915 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6816  domain of unknown function DUF1738  54.46 
 
 		 306 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.232152  normal  0.435368 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9564  antirestriction protein  46.85 
 
 		 308 aa  107  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.211525  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5920  domain of unknown function DUF1738  49.57 
 
 		 311 aa  105  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6336  domain of unknown function DUF1738  43.59 
 
 		 297 aa  103  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0801  hypothetical protein  45.45 
 
 		 308 aa  102  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.957883 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1162  domain of unknown function DUF1738  49.06 
 
 		 299 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.287336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2959  hypothetical protein  49.58 
 
 		 312 aa  100  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409787  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_25  antirestriction protein ArdC  50.48 
 
 		 333 aa  100  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9909  antirestriction protein  46.79 
 
 		 285 aa  99.4  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1814  hypothetical protein  47.15 
 
 		 311 aa  99.4  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0306  antirestriction protein  49.55 
 
 		 288 aa  98.6  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_19  putative antirestriction protein  51.43 
 
 		 328 aa  97.8  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.366429  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4018  hypothetical protein  42.48 
 
 		 312 aa  96.7  9e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.366526  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3336  hypothetical protein  49.11 
 
 		 312 aa  95.9  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3033  DNA primase  47.32 
 
 		 320 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.828057 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8099  antirestriction protein  50.45 
 
 		 308 aa  95.5  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1461  domain of unknown function DUF1738  44.44 
 
 		 297 aa  95.1  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9173  antirestriction protein  45.95 
 
 		 310 aa  95.1  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.12033  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3741  hypothetical protein  41.59 
 
 		 310 aa  94.4  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3059  protein of unknown function DUF1738  49.07 
 
 		 316 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0021  antirestriction protein  51 
 
 		 319 aa  93.6  7e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1473  domain of unknown function DUF1738  51.09 
 
 		 314 aa  93.6  9e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4322  hypothetical protein  49.55 
 
 		 308 aa  92.8  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3034  hypothetical protein  44.95 
 
 		 300 aa  93.2  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1844  protein of unknown function DUF1738  50.45 
 
 		 285 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.900515  normal  0.779395 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4749  domain of unknown function DUF1738  45.45 
 
 		 327 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.778127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6049  hypothetical protein  49.52 
 
 		 326 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8295  domain of unknown function DUF1738  48.57 
 
 		 315 aa  91.3  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0399219  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4757  hypothetical protein  48.21 
 
 		 308 aa  90.1  9e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4138  hypothetical protein  43.4 
 
 		 320 aa  89.4  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1780  antirestriction protein  41.67 
 
 		 322 aa  89.7  1e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.114291  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1266  hypothetical protein  44.86 
 
 		 660 aa  89.7  1e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.678844  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4426  hypothetical protein  50 
 
 		 332 aa  89.7  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000360955  normal  0.236857 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4058  hypothetical protein  43.52 
 
 		 336 aa  90.1  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4123  hypothetical protein  42.59 
 
 		 335 aa  89.7  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4610  hypothetical protein  50 
 
 		 332 aa  89.7  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.939593  normal  0.41393 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  44.14 
 
 		 1077 aa  90.1  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  44.04 
 
 		 1448 aa  89  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  44.04 
 
 		 1448 aa  89  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  43.52 
 
 		 986 aa  89  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4587  hypothetical protein  50 
 
 		 434 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.37704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4401  domain of unknown function DUF1738  49.07 
 
 		 332 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.505635  normal  0.161946 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4483  ArdC gene in pSa(IncW plasmid)-like  49.55 
 
 		 308 aa  88.2  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00889579  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5261  hypothetical protein  41.07 
 
 		 311 aa  88.2  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.798907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0128  antirestriction protein  51.09 
 
 		 321 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4588  hypothetical protein  42.48 
 
 		 304 aa  88.2  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  42.73 
 
 		 1580 aa  88.2  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3779  hypothetical protein  42.48 
 
 		 294 aa  87.4  5e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.694827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0395  hypothetical protein  41.67 
 
 		 344 aa  87.8  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.877999  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0427  antirestriction protein  44.33 
 
 		 313 aa  87.4  6e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4545  hypothetical protein  45.37 
 
 		 295 aa  86.7  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3213  antirestriction protein-like  41.32 
 
 		 325 aa  85.5  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5500  domain of unknown function DUF1738  44.76 
 
 		 297 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.348911 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2121  antirestriction protein; ArdC  45.37 
 
 		 317 aa  85.1  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3581  hypothetical protein  47.71 
 
 		 284 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3814  hypothetical protein  47.62 
 
 		 321 aa  84.7  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0877775  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7703  putative ardC antirestriction protein  45.37 
 
 		 317 aa  84.7  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.166875 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3690  antirestriction protein  40.18 
 
 		 323 aa  84.7  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3149  hypothetical protein  45.79 
 
 		 318 aa  84  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5558  domain of unknown function DUF1738  46.67 
 
 		 338 aa  84  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.476412  normal  0.0470037 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2282  antirestriction protein; ArdC  44.04 
 
 		 313 aa  83.6  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.365104 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0279  putative conjugal transfer antirestriction protein  46.49 
 
 		 308 aa  84  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3326  putative ardC antirestriction protein  44.44 
 
 		 318 aa  84  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7394  putative ardC antirestriction protein  44.44 
 
 		 319 aa  83.6  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.615073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2455  domain of unknown function DUF1738  41.67 
 
 		 280 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000230581  unclonable  0.000000000352571 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1544  hypothetical protein  42.99 
 
 		 320 aa  82.8  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0398449 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1223  hypothetical protein  44.44 
 
 		 320 aa  82.4  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.909972  normal  0.983 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3512  hypothetical protein  44.44 
 
 		 320 aa  82.4  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.126742  normal  0.925711 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  40.54 
 
 		 1495 aa  81.6  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1648  domain of unknown function DUF1738  41.82 
 
 		 410 aa  81.3  0.000000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4521  domain of unknown function DUF1738  47.27 
 
 		 326 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000111703  normal  0.206085 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4417  domain of unknown function DUF1738  47.27 
 
 		 326 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000308922  normal  0.463356 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3932  hypothetical protein  44.95 
 
 		 300 aa  80.9  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2664  replication primases  42.24 
 
 		 300 aa  80.5  0.000000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.927231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6843  domain of unknown function DUF1738  39.66 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.896751  normal  0.17936 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2363  domain of unknown function DUF1738  41.12 
 
 		 275 aa  79.3  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2408  domain of unknown function DUF1738  36.84 
 
 		 313 aa  79.3  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0038447  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2529  hypothetical protein  43.93 
 
 		 384 aa  77.8  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0713703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0381  putative ArdC antirestriction protein  45.45 
 
 		 312 aa  77.4  0.00000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2009  antirestriction protein-like protein  47.73 
 
 		 147 aa  77.4  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.538486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0527  hypothetical protein  63.46 
 
 		 242 aa  75.9  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.989296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0539  hypothetical protein  42.59 
 
 		 322 aa  75.1  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6717  domain of unknown function DUF1738  39.64 
 
 		 319 aa  74.3  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323608  normal  0.58549 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5347  antirestriction protein-like protein  42.7 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.642698 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0639  hypothetical protein  38.32 
 
 		 276 aa  72  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013518  Sterm_4151  domain of unknown function DUF1738  33.94 
 
 		 296 aa  71.6  0.000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3568  antirestriction protein; ArdC  43.52 
 
 		 316 aa  70.5  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.883646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3921  antirestriction protein; ArdC  42.59 
 
 		 316 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0034  putative DNA replication primase  39.45 
 
 		 682 aa  67.8  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000123462  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>